| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 目录 | 第13-17页 |
| 文献综述 | 第17-44页 |
| 第一章 转录组与转录组学研究概述 | 第17-29页 |
| 1.1 后基因组时代的转录组与转录组学 | 第17-18页 |
| 1.1.1 后基因组时代 | 第17页 |
| 1.1.2 转录组与转录组学 | 第17-18页 |
| 1.2 主要高通量测序平台 | 第18-22页 |
| 1.2.1 Illumina/Solexa 测序 | 第18-19页 |
| 1.2.2 ABI/SOLiD 测序 | 第19-20页 |
| 1.2.3 Roche/454 测序 | 第20-21页 |
| 1.2.4 主要高通量测序平台比较 | 第21-22页 |
| 1.3 转录组测序原理和试验流程 | 第22-23页 |
| 1.4 转录组测序的基本数据处理与生物信息分析内容 | 第23-25页 |
| 1.4.1 常用的数据处理软件名称及网址 | 第23-24页 |
| 1.4.2 转录组测序的基本数据处理与分析内容 | 第24-25页 |
| 1.5 动物转录组研究 | 第25-29页 |
| 1.5.1 家畜转录组研究 | 第25-26页 |
| 1.5.2 家禽转录组研究 | 第26-27页 |
| 1.5.3 水产动物转录组研究 | 第27-29页 |
| 第二章 蛋白质组学研究概述 | 第29-43页 |
| 2.1 蛋白质组学产生的科学背景 | 第29页 |
| 2.2 蛋白质组学研究中的主要技术 | 第29-38页 |
| 2.2.1 同位素标记相对和绝对定量技术 | 第29-31页 |
| 2.2.2 双向凝胶电泳 | 第31-32页 |
| 2.2.3 双向差异凝胶电泳 | 第32-33页 |
| 2.2.4 高效液相色谱 | 第33-34页 |
| 2.2.5 蛋白质芯片 | 第34-36页 |
| 2.2.6 同位素亲和标签技术 | 第36-37页 |
| 2.2.7 蛋白质组学相关的生物信息学 | 第37-38页 |
| 2.3 动物蛋白质组学的研究进展 | 第38-43页 |
| 2.3.1 家畜蛋白质组研究 | 第38-41页 |
| 2.3.2 家禽蛋白质组研究 | 第41页 |
| 2.3.3 水产动物蛋白质组研究 | 第41-43页 |
| 第三章 研究目的和意义 | 第43-44页 |
| 实验研究 | 第44-162页 |
| 第四章 牛背最长肌转录组测序差异表达基因的筛选 | 第44-90页 |
| 4.1 材料与方法 | 第44-57页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第44-45页 |
| 4.1.2 数据分析方法 | 第45-47页 |
| 4.1.3 试验方法 | 第47-56页 |
| 4.1.4 主要试剂 | 第56页 |
| 4.1.5 主要仪器 | 第56-57页 |
| 4.2 结果与分析 | 第57-85页 |
| 4.2.1 RNA质量检测 | 第57-58页 |
| 4.2.2 下机数据质控与过滤 | 第58页 |
| 4.2.3 测序评估 | 第58-62页 |
| 4.2.4 基因覆盖度统计结果 | 第62-63页 |
| 4.2.5 差异表达基因的筛选 | 第63-64页 |
| 4.2.6 GO功能注释 | 第64-69页 |
| 4.2.7 KEGG pathway通路分析 | 第69-70页 |
| 4.2.8 差异表达基因的实时定量验证 | 第70-79页 |
| 4.2.9 肌肉和脂肪组织中特异性表达的差异基因 | 第79-85页 |
| 4.3 讨论 | 第85-89页 |
| 4.3.1 样本的选择 | 第85-86页 |
| 4.3.2 测序质量评估 | 第86页 |
| 4.3.3 差异表达基因的筛选 | 第86-87页 |
| 4.3.4 GO功能注释 | 第87-88页 |
| 4.3.5 KEGG pathway通路 | 第88页 |
| 4.3.6 差异基因定量验证与组织特异性基因鉴定 | 第88-89页 |
| 4.4 小结 | 第89-90页 |
| 第五章 基因结构优化、预测新转录本和可变剪接分析 | 第90-99页 |
| 5.1 材料与方法 | 第90-92页 |
| 5.1.1 材料 | 第90页 |
| 5.1.2 基因结构优化方法 | 第90页 |
| 5.1.3 预测新转录本方法 | 第90页 |
| 5.1.4 可变剪接分析方法 | 第90-92页 |
| 5.2 结果与分析 | 第92-96页 |
| 5.2.1 基因结构优化结果 | 第92-94页 |
| 5.2.2 预测新转录本结果 | 第94-95页 |
| 5.2.3 可变剪接分析结果 | 第95-96页 |
| 5.3 讨论 | 第96-97页 |
| 5.3.1 关于基因结构优化 | 第96页 |
| 5.3.2 关于新转录本的预测 | 第96-97页 |
| 5.3.3 牛和其它生物体内的可变剪接事件 | 第97页 |
| 5.4 小结 | 第97-99页 |
| 第六章 牛肌肉生长发育相关基因的SNP推定及其群体验证研究 | 第99-123页 |
| 6.1 材料和方法 | 第99-105页 |
| 6.1.1 材料 | 第99页 |
| 6.1.2 数据分析方法 | 第99页 |
| 6.1.3 试验方法 | 第99-105页 |
| 6.2 结果与分析 | 第105-120页 |
| 6.2.1 SNP的推定 | 第105-106页 |
| 6.2.2 推定SNP的验证 | 第106-120页 |
| 6.3 讨论 | 第120-121页 |
| 6.3.1 转录组测序数据的SNP挖掘 | 第120页 |
| 6.3.2 SNP验证 | 第120-121页 |
| 6.3.3 SNP 基因分型与生长和胴体性状的关联分析 | 第121页 |
| 6.4 小结 | 第121-123页 |
| 第七章 牛背最长肌组织中蛋白质iTRAQ标记与鉴定 | 第123-139页 |
| 7.1 材料与方法 | 第123-131页 |
| 7.1.1 材料 | 第123页 |
| 7.1.2 蛋白质提取 | 第123-124页 |
| 7.1.3 Bradford法蛋白质浓度定量 | 第124页 |
| 7.1.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳分离和检测蛋白质 | 第124-126页 |
| 7.1.5 丙酮沉淀蛋白质 | 第126页 |
| 7.1.6 蛋白质的还原，封闭及酶解 | 第126-127页 |
| 7.1.7 iTRAQ标记样品 | 第127页 |
| 7.1.8 合并标记好的样品 | 第127页 |
| 7.1.9 脱盐 | 第127-128页 |
| 7.1.10 第一维强阳离子柱分离肽段 | 第128页 |
| 7.1.11 第二维反相液相色谱 | 第128页 |
| 7.1.12 样品上质谱仪 | 第128-129页 |
| 7.1.13 质谱鉴定 | 第129页 |
| 7.1.14 数据库的选择与搜索 | 第129-130页 |
| 7.1.15 主要试剂 | 第130页 |
| 7.1.16 主要仪器 | 第130-131页 |
| 7.2 结果与分析 | 第131-136页 |
| 7.2.1 定量蛋白质 | 第131-132页 |
| 7.2.2 SDS-PAGE电泳检测蛋白质 | 第132页 |
| 7.2.3 质量评估鉴定 | 第132-133页 |
| 7.2.4 蛋白质基本鉴定信息 | 第133-134页 |
| 7.2.5 蛋白质相对分子质量分布 | 第134页 |
| 7.2.6 肽段序列长度分布 | 第134-135页 |
| 7.2.7 肽段序列覆盖度 | 第135-136页 |
| 7.2.8 鉴定肽段数量分布 | 第136页 |
| 7.3 讨论 | 第136-137页 |
| 7.3.1 制备高质量的蛋白质样品 | 第136-137页 |
| 7.3.2 同位素标记相对和绝对定量技术 | 第137页 |
| 7.3.3 蛋白质数据库的选择对蛋白质组鉴定的影响 | 第137页 |
| 7.4 结论 | 第137-139页 |
| 第八章 牛背最长肌组织中差异表达蛋白的筛选与功能注释 | 第139-155页 |
| 8.1 材料与方法 | 第139-140页 |
| 8.1.1 试验材料 | 第139页 |
| 8.1.2 差异蛋白统计 | 第139页 |
| 8.1.3 GO基因本体论功能注释 | 第139页 |
| 8.1.4 COG蛋白相邻类的聚簇 | 第139-140页 |
| 8.1.5 KEGG Pathway代谢通路分析 | 第140页 |
| 8.2 结果与分析 | 第140-150页 |
| 8.2.1 差异表达蛋白的筛选 | 第140-142页 |
| 8.2.2 所有蛋白的GO功能注释 | 第142-144页 |
| 8.2.3 差异蛋白的GO富集分析 | 第144-146页 |
| 8.2.4 COG注释 | 第146-147页 |
| 8.2.5 所有蛋白的KEGG Pathway代谢通路注释 | 第147-148页 |
| 8.2.6 差异蛋白的KEGG Pathway富集分析 | 第148-150页 |
| 8.3 讨论 | 第150-153页 |
| 8.3.1 动物肌肉差异蛋白的研究 | 第150-151页 |
| 8.3.2 差异蛋白发挥的生物功能 | 第151-153页 |
| 8.4 小结 | 第153-155页 |
| 第九章 蛋白质组和转录组数据的联合分析 | 第155-160页 |
| 9.1 材料与方法 | 第155页 |
| 9.1.1 材料 | 第155页 |
| 9.1.2 差异蛋白与基因关联性分析 | 第155页 |
| 9.1.3 两样品间表达模式聚类 | 第155页 |
| 9.2 结果与分析 | 第155-158页 |
| 9.2.1 蛋白组与转录组结果关联 | 第155-156页 |
| 9.2.2 差异蛋白与基因关联性分析 | 第156页 |
| 9.2.3 蛋白组与转录组表达模式聚类分析 | 第156-158页 |
| 9.3 讨论 | 第158-159页 |
| 9.4 小结 | 第159-160页 |
| 第十章 结论与创新点及下一步研究内容 | 第160-162页 |
| 10.1 结论 | 第160-161页 |
| 10.2 创新点 | 第161页 |
| 10.3 下一步研究内容 | 第161-162页 |
| 参考文献 | 第162-171页 |
| 附录 | 第171-212页 |
| 致谢 | 第212-213页 |
| 个人简介 | 第213-215页 |
