| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 前言 | 第18-19页 |
| 文献综述 | 第19-36页 |
| 第一章 表观遗传学和 DNA 甲基化研究概述 | 第19-30页 |
| 1.1 表观遗传学研究概述 | 第19-20页 |
| 1.1.1 表观遗传学与表观遗传 | 第19页 |
| 1.1.2 表观遗传学的研究内容及其特点 | 第19-20页 |
| 1.2 表观遗传学所涉及的主要机制 | 第20-24页 |
| 1.2.1 DNA 甲基化 | 第20-21页 |
| 1.2.2 非编码 RNA 调控! | 第21-23页 |
| 1.2.3 组蛋白修饰 | 第23-24页 |
| 1.2.4 染色质重塑 | 第24页 |
| 1.3 DNA 甲基化抑制基因表达的机制 | 第24-25页 |
| 1.4 DNA 甲基化的生物学功能 | 第25-26页 |
| 1.4.1 维持基因组稳定 | 第25页 |
| 1.4.2 调控基因表达 | 第25页 |
| 1.4.3 参与其它表观遗传学修饰 | 第25页 |
| 1.4.4 调节动物生长发育 | 第25页 |
| 1.4.5 影响杂种优势 | 第25-26页 |
| 1.4.6 影响老化 | 第26页 |
| 1.5 DNA 甲基化的检测方法 | 第26-29页 |
| 1.5.1 DNA 甲基化与 CpG 岛 | 第26页 |
| 1.5.2 全基因组甲基化模式（pattern）与甲基化谱（profiling）分析 | 第26-27页 |
| 1.5.3 候选基因特异位点甲基化水平分析 | 第27-29页 |
| 1.6 小结 | 第29-30页 |
| 第二章 印迹基因 IGF2 和转录因子 ZBED6 研究概述 | 第30-36页 |
| 2.1 IGF2 基因的研究概述 | 第30-31页 |
| 2.1.1 IGFs 系统的组成及其生物学功能 | 第30页 |
| 2.1.2 IGF2 基因的印迹调控现象 | 第30-31页 |
| 2.1.3 IGF2 基因与肌肉生长发育的关系 | 第31页 |
| 2.2 ZBED6 基因的研究概述 | 第31-35页 |
| 2.2.1 锌指蛋白的结构与功能 | 第31-32页 |
| 2.2.2 ZBED 基因家族成员概述 | 第32-33页 |
| 2.2.3 ZBED6 基因的发现 | 第33-35页 |
| 2.2.4 ZBED6 基因的功能 | 第35页 |
| 2.3 小结 | 第35-36页 |
| 实验研究 | 第36-174页 |
| 第三章 黄牛肌肉生长发育相关甲基化基因的筛选及其功能鉴定 | 第36-89页 |
| 3.1 材料与方法 | 第37-41页 |
| 3.1.1 试验动物 | 第37页 |
| 3.1.2 样品采集 | 第37页 |
| 3.1.3 RNA 的提取、检测和 cDNA 合成 | 第37页 |
| 3.1.4 DNA 的提取与检测 | 第37-38页 |
| 3.1.5 实时定量 PCR（QPCR）分析 | 第38-39页 |
| 3.1.6 MeDIP-Seq 文库制备流程 | 第39-40页 |
| 3.1.7 MeDIP-Seq 信息分析流程 | 第40-41页 |
| 3.2 MeDIP-Seq 高通量信息分析 | 第41-44页 |
| 3.2.1 MeDIP-Seq 数据处理 | 第41-42页 |
| 3.2.2 MeDIP-Seq 序列与参考序列的比对 | 第42页 |
| 3.2.3 MeDIP-Seq 数据的全基因组分布趋势 | 第42页 |
| 3.2.4 MeDIP-Seq 数据高甲基化富集区域（Peak）分析 | 第42-43页 |
| 3.2.5 基于高甲基化富集区域（Peak）的两个样品间差异性分析 | 第43-44页 |
| 3.3 MeDIP-Seq 和 RNA-Seq 的联合分析 | 第44-46页 |
| 3.3.1 Reads 在基因组上的比对情况及分布 | 第44页 |
| 3.3.2 全基因组水平上基因表达与甲基化的分布规律 | 第44-45页 |
| 3.3.3 各表达水平基因在基因及附近区域的甲基化修饰 | 第45页 |
| 3.3.4 各类甲基化修饰区域基因的平均表达水平 | 第45页 |
| 3.3.5 样品间基因甲基化修饰对表达的调控 | 第45-46页 |
| 3.3.6 两样品间甲基化与表达呈负相关的基因的功能分析 | 第46页 |
| 3.4 MeDIP-Seq 高通量测序结果与分析 | 第46-65页 |
| 3.4.1 牛基因组 DNA 样品的检测 | 第46-47页 |
| 3.4.2 MeDIP-Seq 数据处理 | 第47页 |
| 3.4.3 MeDIP-Seq 序列与参考序列的比对 | 第47页 |
| 3.4.4 MeDIP-Seq 测序数据全基因组分布趋势 | 第47-53页 |
| 3.4.5 MeDIP-Seq 数据高甲基化富集区域（Peak）分析 | 第53-58页 |
| 3.4.6 基于高甲基化区域（Peak）的多样品间甲基化差异性分析 | 第58-65页 |
| 3.5 MeDIP-Seq 和 RNA-Seq 测序结果及其联合分析 | 第65-86页 |
| 3.5.1 Reads 在基因组上的比对情况及分布 | 第65-67页 |
| 3.5.2 全基因组水平上基因表达与甲基化的分布规律 | 第67-69页 |
| 3.5.3 各表达水平基因在基因及附近区域的甲基化修饰 | 第69-71页 |
| 3.5.4 各类甲基化修饰区域基因的平均表达水平 | 第71-73页 |
| 3.5.5 样品间基因甲基化修饰对表达的调控 | 第73-75页 |
| 3.5.6 两样品间甲基化与表达呈负相关的基因的功能分析 | 第75-78页 |
| 3.5.7 两样品间启动子区甲基化与表达呈负相关的基因的 QPCR 验证分析 | 第78-86页 |
| 3.6 讨论 | 第86-87页 |
| 3.7 小结 | 第87-89页 |
| 第四章 黄牛 IGF2 和 ZBED6 基因 mRNA 表达及其与 DNA 甲基化水平相关性研究 | 第89-106页 |
| 4.1 材料与方法 | 第89-96页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第89页 |
| 4.1.2 样品采集 | 第89-90页 |
| 4.1.3 RNA 的提取、检测和 cDNA 合成 | 第90页 |
| 4.1.4 DNA 的提取与检测 | 第90页 |
| 4.1.5 实时定量 PCR（QPCR）分析 | 第90页 |
| 4.1.6 亚硫酸氢盐测序 PCR（BSP） | 第90-92页 |
| 4.1.7 结合重亚硫酸盐处理和酶切（COBRA）分析 | 第92-96页 |
| 4.1.8 统计分析 | 第96页 |
| 4.2 结果 | 第96-104页 |
| 4.2.1 实时定量 PCR（QPCR）分析 | 第96-98页 |
| 4.2.2 亚硫酸氢盐测序 PCR（BSP）分析 | 第98-102页 |
| 4.2.3 结合重亚硫酸盐处理和酶切（COBRA）分析 | 第102-104页 |
| 4.3 讨论 | 第104-105页 |
| 4.4 小结 | 第105-106页 |
| 第五章 黄牛 IGF2 和 ZBED6 基因 SNPs 检测及其与生长性状的效应分析 | 第106-122页 |
| 5.1 材料与方法 | 第106-109页 |
| 5.1.1 实验动物 | 第106-107页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第107-108页 |
| 5.1.3 候选基因 SNPs 的筛查 | 第108页 |
| 5.1.4 资料的统计与分析 | 第108-109页 |
| 5.2 结果与分析 | 第109-120页 |
| 5.2.1 候选基因DNA池测序分析 | 第109页 |
| 5.2.2 利用Forced PCR-RFLP检测SNPs | 第109-112页 |
| 5.2.3 候选基因SNPs的群体遗传参数分析 | 第112-113页 |
| 5.2.4 候选基因SNPs的连锁不平衡和单倍型分析 | 第113-116页 |
| 5.2.5 候选基因SNPs与生长性状的关联分析 | 第116-119页 |
| 5.2.6 候选基因SNPs组合基因型与生长性状的关联分析 | 第119-120页 |
| 5.3 讨论 | 第120-121页 |
| 5.4 小结 | 第121-122页 |
| 第六章 转录因子 ZBED6 对 IGF2 基因转录调控研究 | 第122-144页 |
| 6.1 材料与方法 | 第122-133页 |
| 6.1.1 试验材料 | 第122-123页 |
| 6.1.2 试验仪器 | 第123页 |
| 6.1.3 试剂配制 | 第123页 |
| 6.1.4 生物信息学分析转录因子结合位点 | 第123页 |
| 6.1.5 双色荧光报告载体的构建 | 第123-129页 |
| 6.1.6 过表达载体的构建 | 第129-131页 |
| 6.1.7 细胞培养和转染 | 第131-132页 |
| 6.1.8 荧光素酶活性分析 | 第132页 |
| 6.1.9 实时定量 PCR（QPCR）分析 | 第132-133页 |
| 6.1.10 Western Blot 分析 | 第133页 |
| 6.1.11 统计分析 | 第133页 |
| 6.2 结果 | 第133-142页 |
| 6.2.1 ZBED6 基因启动子区域转录因子分析 | 第133-134页 |
| 6.2.2 ZBED6 基因启动子区域活性分析 | 第134-137页 |
| 6.2.3 IGF2 基因定点突变重组体启动子活性分析 | 第137页 |
| 6.2.4 过表达 ZBED6 对 IGF2 启动子活性的影响 | 第137-139页 |
| 6.2.5 不同单倍型个体 ZBED6 和 IGF2 表达量比较 | 第139-140页 |
| 6.2.6 ZBED6 对 IGF2 转录调控的影响 | 第140-142页 |
| 6.3 讨论 | 第142-143页 |
| 6.4 小结 | 第143-144页 |
| 第七章 ZBED6 基因腺病毒干扰载体的构建及其功能研究 | 第144-161页 |
| 7.1 材料与方法 | 第144-153页 |
| 7.1.1 试验材料 | 第144-145页 |
| 7.1.2 试验仪器 | 第145页 |
| 7.1.3 pDsRed1-N1-ZBED6 表达载体的构建 | 第145-148页 |
| 7.1.4 pENTR/CMV-GFP/U6-shRNA 载体的构建 | 第148-151页 |
| 7.1.5 有效 shRNA 序列的筛选 | 第151页 |
| 7.1.6 重组 ZBED6-shRNA 腺病毒载体构建与鉴定 | 第151-152页 |
| 7.1.7 重组 shRNA 腺病毒包装、扩增及滴度测定 | 第152页 |
| 7.1.8 重组 shRNA 腺病毒的滴度测定 | 第152页 |
| 7.1.9 最佳感染强度的确定 | 第152-153页 |
| 7.1.10 牛原代肌肉细胞的培养 | 第153页 |
| 7.1.11 重组 shRNA 腺病毒干扰效果研究 | 第153页 |
| 7.2 结果与分析 | 第153-160页 |
| 7.2.1 pDsRed1-N1-ZBED6 载体的构建 | 第153页 |
| 7.2.2 pENTR/CMV-GFP/U6-shRNA 载体的构建 | 第153-155页 |
| 7.2.3 有效 shRNA 的筛选 | 第155-156页 |
| 7.2.4 重组 shRNA 腺病毒载体的包装及扩增 | 第156-157页 |
| 7.2.5 重组 shRNA 腺病毒滴度测定 | 第157-158页 |
| 7.2.6 最佳感染强度的确定 | 第158页 |
| 7.2.7 重组 shRNA 腺病毒载体的干扰效率 | 第158页 |
| 7.2.8 重组 shRNA 腺病毒载体干扰效果研究 | 第158-160页 |
| 7.3 讨论 | 第160页 |
| 7.4 小结 | 第160-161页 |
| 第八章 ZBED6 基因腺病毒过表达载体的构建及其功能研究 | 第161-172页 |
| 8.1 材料与方法 | 第161-166页 |
| 8.1.1 试验材料 | 第161-162页 |
| 8.1.2 试验仪器 | 第162页 |
| 8.1.3 腺病毒穿梭载体 pAdTrack/CMV-ZBED6 构建 | 第162-164页 |
| 8.1.4 腺病毒穿梭载体 Pme I 线性化 | 第164页 |
| 8.1.5 腺病毒穿梭载体与骨架载体 pAdEasy-1 的重组 | 第164-166页 |
| 8.1.6 重组腺病毒 Ad-ZBED6 的包装与扩增 | 第166页 |
| 8.1.7 重组腺病毒 Ad-ZBED6 滴度测定 | 第166页 |
| 8.1.8 最佳感染强度的确定 | 第166页 |
| 8.1.9 重组腺病毒 Ad-ZBED6 的功能研究 | 第166页 |
| 8.2 结果与分析 | 第166-171页 |
| 8.2.1 穿梭载体 pAdTrack/CMV-ZBED6 的构建 | 第166页 |
| 8.2.2 重组质粒 Ad-ZBED6 的 Pac I 酶切鉴定 | 第166-167页 |
| 8.2.3 腺病毒载体 Ad-ZBED6 的包装及扩增 | 第167-168页 |
| 8.2.4 重组过表达腺病毒滴度测定 | 第168-169页 |
| 8.2.5 最佳感染强度的确定 | 第169页 |
| 8.2.6 重组腺病毒 Ad-ZBED6 的超表达效率 | 第169页 |
| 8.2.7 重组腺病毒 Ad-ZBED6 的功能研究 | 第169-171页 |
| 8.3 讨论 | 第171页 |
| 8.4 小结 | 第171-172页 |
| 第九章 结论与创新点 | 第172-174页 |
| 9.1 结论 | 第172-173页 |
| 9.2 创新点 | 第173-174页 |
| 参考文献 | 第174-187页 |
| 附录（第三章） | 第187-228页 |
| 附录（第四章） | 第228-230页 |
| 附录（第五章） | 第230-256页 |
| 附录（第六章） | 第256-281页 |
| 附录（第七章） | 第281-287页 |
| 缩略词 | 第287-289页 |
| 致谢 | 第289-290页 |
| 个人简介 | 第290-293页 |
