| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 细菌小RNA研究进展 | 第13-20页 |
| 1.1.1 细菌小RNA的发现历史 | 第13页 |
| 1.1.2 鉴定细菌小RNA的方法 | 第13-15页 |
| 1.1.3 细菌小RNA的分类 | 第15-16页 |
| 1.1.4 细菌小RNA的生物学功能 | 第16-20页 |
| 1.2 黄单胞菌小RNA的研究进展 | 第20-25页 |
| 1.2.1 黄单胞菌简介 | 第20页 |
| 1.2.2 十字花科黑腐病菌简介 | 第20-21页 |
| 1.2.3 黄单胞菌属致病机理研究概况 | 第21-24页 |
| 1.2.4 黄单胞菌小RNA研究概况 | 第24-25页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第25-27页 |
| 第二章 材料与方法 | 第27-50页 |
| 2.1 本研究所用的供试菌株和质粒 | 第27-29页 |
| 2.2 本研究所有用的引物 | 第29-33页 |
| 2.3 常用抗生素 | 第33-34页 |
| 2.4 培养基、培养条件和菌种保藏 | 第34-35页 |
| 2.4.1 培养基 | 第34页 |
| 2.4.2 菌株培养 | 第34页 |
| 2.4.3 菌种保藏 | 第34-35页 |
| 2.5 常用试剂和溶剂的配制 | 第35-37页 |
| 2.6 细菌总DNA的提取 | 第37页 |
| 2.7 质粒DNA的提取 | 第37-38页 |
| 2.7.1 快速碱裂解法 | 第37-38页 |
| 2.7.2 试剂盒提取法 | 第38页 |
| 2.8 常规PCR | 第38-39页 |
| 2.8.1 引物设计 | 第38页 |
| 2.8.2 模板的制备 | 第38页 |
| 2.8.3 PCR反应体系 | 第38-39页 |
| 2.8.4 反应条件 | 第39页 |
| 2.9 琼脂糖凝胶电泳 | 第39页 |
| 2.10 DNA片段的纯化和回收 | 第39-40页 |
| 2.11 DNA的酶切 | 第40页 |
| 2.12 DNA片段的连接 | 第40-41页 |
| 2.13 转化实验 | 第41-42页 |
| 2.13.1 化转感受态细胞的制备 | 第41页 |
| 2.13.2 化学转化法 | 第41-42页 |
| 2.14 三亲本结合实验 | 第42页 |
| 2.15 缺失突变体的构建 | 第42-43页 |
| 2.16 过量表达株的构建 | 第43页 |
| 2.17 菌株的表型检测 | 第43-45页 |
| 2.17.1 胞外多糖的平板检测 | 第43页 |
| 2.17.2 胞外酶的平板检测 | 第43-44页 |
| 2.17.3 游动性检测 | 第44页 |
| 2.17.4 生物膜形成检测 | 第44页 |
| 2.17.5 重金属耐受能力检测 | 第44页 |
| 2.17.6 酸碱胁迫平板检测 | 第44页 |
| 2.17.7 致病性检测 | 第44-45页 |
| 2.17.8 过敏性(HR)反应检测 | 第45页 |
| 2.18 细菌总RNA的提取 | 第45-47页 |
| 2.18.1 实验前的准备工作及注意事项 | 第45-46页 |
| 2.18.2 Trizol法提取总RNA | 第46页 |
| 2.18.3 SDS酸酚法提取总RNA | 第46-47页 |
| 2.19 RNA的质量和定量 | 第47页 |
| 2.20 总RNA中DNA的去除 | 第47-48页 |
| 2.21 总RNA中小片段RNA分子的回收 | 第48页 |
| 2.22 半定量RT-PCR | 第48-50页 |
| 2.22.1 第一链cDNA的合成 | 第48-49页 |
| 2.22.2 半定量RT-PCR | 第49-50页 |
| 第三章 候选小RNA的验证及其转录方向的确定 | 第50-63页 |
| 3.1 本工作研究的小RNA信息 | 第50-51页 |
| 3.2 候选小RNA的验证 | 第51-59页 |
| 3.2.1 RT-PCR验证候选小RNA的原理 | 第51-52页 |
| 3.2.2 候选小RNA是否存在的验证结果 | 第52-56页 |
| 3.2.3 半定量RT-PCR验证小RNA在酸碱影响下的差异表达 | 第56-59页 |
| 3.3 小RNA转录方向的确定 | 第59-61页 |
| 3.3.1 链特异性RT-PCR鉴定小RNA转录方向的原理 | 第60页 |
| 3.3.2 鉴定小RNA转录方向的结果 | 第60-61页 |
| 3.4 小RNA在Xcc 8004基因组内的位置 | 第61-63页 |
| 第四章 小RNA的生物学功能鉴定 | 第63-110页 |
| 4.1 鉴定小RNA功能的策略 | 第63页 |
| 4.2 小RNA缺失突变体的构建 | 第63-69页 |
| 4.2.1 小RNA缺失突变体的构建策略 | 第63-64页 |
| 4.2.2 小RNA缺失突变体的构建过程 | 第64-69页 |
| 4.3 小RNA过量表达株的构建 | 第69-74页 |
| 4.3.1 构建小RNA过量表达株的策略 | 第69-70页 |
| 4.3.2 小RNA过量表达株的构建过程 | 第70-74页 |
| 4.4 小RNA缺失突变体和过量表达菌株的表型分析 | 第74-110页 |
| 4.4.1 生长情况检测 | 第75-86页 |
| 4.4.2 酸碱的耐受能力检测 | 第86-88页 |
| 4.4.3 胞外多糖和胞外酶的检测 | 第88-90页 |
| 4.4.4 SDS和NaCl的耐受力检测 | 第90-93页 |
| 4.4.5 重金属耐受能力检测 | 第93-102页 |
| 4.4.6 游动能力检测 | 第102-104页 |
| 4.4.7 生物膜形成检测 | 第104-105页 |
| 4.4.8 对寄主植物致病性检测 | 第105-108页 |
| 4.4.9 对非寄主植物的HR反应检测 | 第108-110页 |
| 第五章 总结与讨论 | 第110-113页 |
| 5.1 总结 | 第110页 |
| 5.2 讨论 | 第110-113页 |
| 5.2.1 关于候选小RNA的验证 | 第110-111页 |
| 5.2.2 关于小RNA缺失突变体和过量表达株及其表型检测 | 第111-112页 |
| 5.2.3 关于研究小RNA生物学功能的方法 | 第112页 |
| 5.2.4 关于酸碱耐受性在黄单胞菌中的研究 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-120页 |
| 致谢 | 第120-121页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第121页 |
