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基于高通量测序技术的胰腺癌环状RNA分子的筛查及鉴定

摘要第4-7页
abstract第7-11页
英文略缩语第12-17页
第一部分 :高通量测序技术初步筛查胰腺癌候选环状RNA第17-54页
    1 前言第17-18页
    2 实验材料与方法第18-21页
        2.1 实验材料第18-19页
            2.1.1 收集组织标本第18-19页
            2.1.2 组织标本的准备第19页
        2.2 实验方法第19-21页
            2.2.1 建库测序流程第19页
            2.2.2 生物信息分析流程第19-21页
    3 结果第21-49页
        3.1 原始测序数据第21-22页
        3.2 测序错误率分布检查第22-26页
        3.3 测序数据质量情况汇总第26-27页
        3.4 circRNA的鉴定第27-29页
        3.5 circRNA的长度分布第29页
        3.6 circRNA的来源统计第29-30页
        3.7 circRNA的表达及差异表达第30-39页
            3.7.1 circRNA的表达水平分析第30-31页
            3.7.2 circRNA表达量TPM密度分布图第31-32页
            3.7.3 circRNA差异表达分析结果第32-33页
            3.7.4 差异circRNA筛选第33-36页
            3.7.5 差异circRNA聚类分析第36页
            3.7.6 样本间公共及特有的circRNA维恩图第36-39页
        3.8 差异circRNA来源基因富集分析第39-46页
            3.8.1 来源基因GO富集分析第39-42页
            3.8.2 来源基因KEGG富集分析第42-46页
        3.9 miRNA结合位点分析第46页
        3.10 以hsa_circ_0006215为中心,通过高通量测序联合生物信息学分析circRNA-miRNA-mRNA互作网络第46-49页
    4 讨论第49-52页
    5 结论第52-54页
第二部分 :胰腺癌组织及血液中验证候选环状RNA第54-72页
    1 前言第54-55页
    2 实验材料与方法第55-64页
        2.1 主要试剂和仪器及耗材第55页
            2.1.1 主要试剂第55页
            2.1.2 主要仪器及耗材第55页
        2.2 步骤与方法第55-64页
            2.2.1 组织和血液样本收集第55-56页
            2.2.2 组织标本的RNA提取第56页
            2.2.3 血液标本的RNA提取第56-57页
            2.2.4 测RNA浓度和纯度第57页
            2.2.5 完整性检测第57页
            2.2.6 Sanger测序第57-58页
            2.2.7 RT-qPCR第58-60页
            2.2.8 miRNA反转录第60-62页
            2.2.9 westernblot检测组织蛋白的表达第62-63页
            2.2.10 统计学处理第63-64页
    3 结果第64-68页
        3.1 提取RNA的质量验证第64页
        3.2 Sanger测序结果第64-65页
        3.3 RT-qPCR结果第65-66页
        3.4 Western blot 检测结果第66-68页
    4 讨论第68-71页
    5 结论第71-72页
第三部分 :通过体外细胞实验对hsa_circ_0006215,微小RNA及其靶基因的研究第72-89页
    1 前言第72-73页
    2 实验材料与方法第73-80页
        2.1 主要试剂和仪器及耗材第73-74页
            2.1.1 主要试剂第73页
            2.1.2 主要仪器及耗材第73-74页
        2.2 步骤与方法第74-80页
            2.2.1 研究对象和分组第74页
            2.2.2 细胞培养第74页
            2.2.3 细胞传代第74页
            2.2.4 细胞计数第74页
            2.2.5 慢病毒的包装第74-75页
            2.2.6 RT-qPCR第75-76页
            2.2.7 miRNA反转录第76-77页
            2.2.8 CCK-8法检测细胞增殖第77-78页
            2.2.9 流式细胞(FCM)法检测细胞凋亡第78页
            2.2.10 Transwell法检测细胞迁移能力第78页
            2.2.11 westernblot检测细胞蛋白的表达第78-79页
            2.2.12 统计学分析第79-80页
    3 结果第80-85页
        3.1 PANC-1细胞株的转染效率第80页
        3.2 RT-qPCR结果第80-81页
        3.3 CCK-8检测细胞增殖能力结果第81-82页
        3.4 流式细胞技术(FCM)结果第82页
        3.5 Transwell实验结果第82-83页
        3.6 Westernblot检测结果第83-85页
    4 讨论第85-88页
    5 结论第88-89页
本研究创新性的自我评价第89-90页
参考文献第90-98页
综述第98-116页
    参考文献第109-116页
在学期间科研成绩第116-117页
致谢第117-118页
个人简历第118页

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