| 符号说明 | 第4-8页 |
| 摘要 | 第8-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 引言 | 第11-17页 |
| 1.1 现代测序技术及进展 | 第11页 |
| 1.1.1 测序技术的发展 | 第11页 |
| 1.1.2 测序数据量的增长 | 第11页 |
| 1.2 比较基因组学的研究现状 | 第11-12页 |
| 1.3 分子标记 | 第12-16页 |
| 1.3.1 不基于已知序列的标记 | 第12-13页 |
| 1.3.1.1 RFLP | 第12页 |
| 1.3.1.2 RAPD | 第12-13页 |
| 1.3.1.3 AFLP | 第13页 |
| 1.3.2 基于已知序列的标记 | 第13-15页 |
| 1.3.2.1 SSR | 第13-14页 |
| 1.3.2.2 ILP | 第14-15页 |
| 1.3.2.3 SNP | 第15页 |
| 1.3.3 联合标记的应用 | 第15-16页 |
| 1.4 生物数据库的发展 | 第16-17页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-23页 |
| 2.1 试验材料 | 第17-18页 |
| 2.1.1 序列来源 | 第17页 |
| 2.1.2 试验材料 | 第17-18页 |
| 2.2 试验方法 | 第18-23页 |
| 2.2.1 全基因组 SSR 标记的开发 | 第18-19页 |
| 2.2.1.1 SSR 位点的分析 | 第18-19页 |
| 2.2.1.2 SSR 标记的分析 | 第19页 |
| 2.2.2 IP 标记的开发 | 第19-21页 |
| 2.2.2.1 内含子信息统计 | 第19-20页 |
| 2.2.2.2 IP 标记的分析 | 第20页 |
| 2.2.2.3 PIP 标记的开发 | 第20页 |
| 2.2.2.4 IP 数据的分析 | 第20-21页 |
| 2.2.2.5 IP 和 SSR 重叠率的计算 | 第21页 |
| 2.2.3 SNP 标记的开发及验证 | 第21-22页 |
| 2.2.3.1 SNP 标记的开发 | 第21页 |
| 2.2.3.2 SNP 标记的验证 | 第21-22页 |
| 2.2.4 两种水稻病原的全基因组关联标记的开发及应用 | 第22-23页 |
| 2.2.4.1 全基因组关联标记的开发 | 第22页 |
| 2.2.4.2 全基因组关联标记的试验验证 | 第22-23页 |
| 2.2.5 构建数据库 | 第23页 |
| 3 结果与分析 | 第23-38页 |
| 3.1 分子标记的开发 | 第23页 |
| 3.2 禾本科中 SSR 特性 | 第23-28页 |
| 3.2.1 开发结果分析 | 第23-24页 |
| 3.2.2 SSR 位点分析 | 第24-27页 |
| 3.2.3 禾本科通用标记的分析 | 第27-28页 |
| 3.3 SSR 和 IP 联合应用分析 | 第28-35页 |
| 3.3.1 SSR 特性分析 | 第28-29页 |
| 3.3.2 内含子信息统计 | 第29页 |
| 3.3.3 SSR 和 IP 标记的联合分析 | 第29-31页 |
| 3.3.4 IP 和 SSR 的重叠率 | 第31-32页 |
| 3.3.5 IP 和 SSR 的联合应用 | 第32-33页 |
| 3.3.6 IP 和 SSR 标记的均匀分布 | 第33-35页 |
| 3.4 烟草中 SNP 的开发 | 第35-36页 |
| 3.4.1 新开发的 SNP | 第35-36页 |
| 3.4.2 SNP 扫描结果的分析统计 | 第36页 |
| 3.4.3 SNP 结果的验证 | 第36页 |
| 3.5 水稻两种病原的全基因组关联标记的分析 | 第36-37页 |
| 3.5.1 新标记开发 | 第36-37页 |
| 3.5.2 标记的共线性分析 | 第37页 |
| 3.5.4 标记的验证 | 第37页 |
| 3.6 数据库的构建 | 第37-38页 |
| 3.6.1 SSR 和 IP 联合应用数据库 | 第37页 |
| 3.6.2 禾本科 SSR 数据库 | 第37页 |
| 3.6.3 烟草 SNP 数据库 | 第37-38页 |
| 3.6.4 水稻两种病原鉴别标记数据库 | 第38页 |
| 4 讨论 | 第38-40页 |
| 4.1 基于已知序列的分子标记的开发 | 第38-39页 |
| 4.2 SSR 的丰度与重组率正相关 | 第39页 |
| 4.3 禾本科 SSR 的特性分析 | 第39页 |
| 4.4 IP 和 SSR 的联合应用 | 第39-40页 |
| 4.5 烟草 SNP 开发的有效性及意义 | 第40页 |
| 4.6 水稻病原全基因组关联标记的应用与价值 | 第40页 |
| 4.7 分子标记数据库的应用与更新 | 第40页 |
| 5 结论 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-47页 |
| 附录 | 第47-56页 |
| 致谢 | 第56页 |