生物压缩数据库工具的开发与应用
| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 第一章 背景介绍 | 第7-12页 |
| 1.1 生物信息系统的应用 | 第7-8页 |
| 1.2 生物数据的特性 | 第8-9页 |
| 1.3 生物数据的储存方法 | 第9-10页 |
| 1.4 GZQ 工具的基本设想 | 第10-12页 |
| 第2章 生物数据的压缩 | 第12-20页 |
| 2.1 常用压缩算法 | 第12-14页 |
| 2.1.1 行程长度编码 | 第12页 |
| 2.1.2 熵编码 | 第12-13页 |
| 2.1.3 局部匹配编码 | 第13页 |
| 2.1.4 字典编码 | 第13-14页 |
| 2.1.5 Burrows–Wheeler 转换 | 第14页 |
| 2.2 生物序列压缩算法 | 第14-16页 |
| 2.2.1 核苷酸序列的压缩 | 第14-15页 |
| 2.2.2 蛋白质序列的压缩 | 第15-16页 |
| 2.3 生物序列的压缩算法测试 | 第16-19页 |
| 2.4 生物注释数据的压缩 | 第19页 |
| 2.5 本章小结 | 第19-20页 |
| 第3章 生物压缩数据库工具的实现 | 第20-37页 |
| 3.1 GZQ 数据库结构 | 第21-22页 |
| 3.2 压缩模块 | 第22页 |
| 3.3 索引模块 | 第22-23页 |
| 3.4 视图模块 | 第23-25页 |
| 3.5 查询模块 | 第25-36页 |
| 3.5.1 数据库定义语句 | 第27-30页 |
| 3.5.2 数据库操作语句 | 第30-35页 |
| 3.5.3 数据库管理语句 | 第35-36页 |
| 3.6 本章小结 | 第36-37页 |
| 第4章 生物压缩数据库工具的应用 | 第37-43页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第37-38页 |
| 4.2 压缩测试 | 第38-40页 |
| 4.3 解压测试 | 第40-41页 |
| 4.4 搜索测试 | 第41-42页 |
| 4.5 本章小结 | 第42-43页 |
| 第5章 结果讨论 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-47页 |
| 附录1 各测试数据库的查询语句 | 第47-54页 |
| 附录2 GZQ 工具的API 和库 | 第54-60页 |
| 附录3 GZQ 工具的使用 | 第60-64页 |
| 致谢 | 第64-66页 |
