| 致谢 | 第5-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-37页 |
| 1.1 引言 | 第13-14页 |
| 1.2 DNA测序技术 | 第14-21页 |
| 1.2.1 DNA测序技术的发展 | 第14-15页 |
| 1.2.2 DNA测序原理 | 第15-18页 |
| 1.2.3 第三代DNA测序技术 | 第18-19页 |
| 1.2.4 DNA测序成本 | 第19-21页 |
| 1.3 植物细胞器基因组学研究 | 第21-33页 |
| 1.3.1 植物细胞器起源、结构及其功能 | 第21-23页 |
| 1.3.2 叶绿体基因组结构及其特点 | 第23-25页 |
| 1.3.3 线粒体基因组结构及其特点 | 第25-28页 |
| 1.3.4 植物细胞器基因组片段转移 | 第28-30页 |
| 1.3.5 植物细胞器基因组进化 | 第30-31页 |
| 1.3.6 植物细胞器在植物系统发育研究中的应用 | 第31-33页 |
| 1.4 植物细胞器基因组测序方法 | 第33-37页 |
| 1.4.1 植物细胞器基因组测序现状 | 第33-34页 |
| 1.4.2 植物细胞器基因组测序方法 | 第34-35页 |
| 1.4.3 新一代测序技术在植物细胞器中应用 | 第35-37页 |
| 第二章 454测序平台在植物细胞器基因组学中应用 | 第37-54页 |
| 2.1 454测序平台及组装特点 | 第37-41页 |
| 2.2 植物细胞器基因组测序组装流程 | 第41-43页 |
| 2.3 牛耳草454及SOLID平台测序数据 | 第43-45页 |
| 2.4 牛耳草全基因组组装 | 第45-46页 |
| 2.5 牛耳草叶绿体基因组的组装 | 第46-48页 |
| 2.6 牛耳草线粒体基因组的组装 | 第48-51页 |
| 2.7 植物细胞器叶绿体及线粒体最小测序量 | 第51-54页 |
| 第三章 牛耳草细胞器比较基因组学研究 | 第54-75页 |
| 3.1 牛耳草研究背景 | 第54-55页 |
| 3.2 牛耳草叶绿体基因组特征 | 第55-58页 |
| 3.3 牛耳草线粒体基因组特征 | 第58-61页 |
| 3.4 牛耳草线粒体基因组结构动态性 | 第61-64页 |
| 3.5 牛耳草在植物中的进化位置 | 第64-66页 |
| 3.6 植物叶绿体比较基因组研究 | 第66-68页 |
| 3.7 植物线粒体比较基因组研究 | 第68-70页 |
| 3.8 植物叶绿体基因组片段转移至线粒体基因组 | 第70-72页 |
| 3.9 植物叶绿体基因组TRNA转移至线粒体基因组 | 第72-73页 |
| 3.10 植物细胞器基因组进化过程中基因的获取与丢失 | 第73-75页 |
| 第四章 沙特阿拉伯水稻细胞器基因组测序及分析 | 第75-96页 |
| 4.1 沙特阿拉伯水稻全基因测序数据 | 第75-78页 |
| 4.2 沙特阿拉伯水稻细胞器基因组组装 | 第78-81页 |
| 4.3 沙特阿拉伯水稻细胞器基因组特征 | 第81-84页 |
| 4.4 沙特阿拉伯水稻叶绿基因组变异 | 第84-87页 |
| 4.5 沙特阿拉伯水稻叶绿体基因组反向互补序列变异(RCV) | 第87-88页 |
| 4.6 沙特阿拉伯水稻线粒体基因组变异 | 第88-90页 |
| 4.7 沙特阿拉伯水稻线粒体DNA重组 | 第90-92页 |
| 4.8 沙特阿拉伯水稻细胞器基因组中微卫星序列 | 第92-94页 |
| 4.9 沙特阿拉伯水稻起源 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-104页 |
| 附表一：牛耳草叶绿体及线粒体基因组基因种类 | 第104-106页 |
| 附表二：15种植物线粒体基因及其特征比较 | 第106-108页 |
| 附表三：牛耳草线粒体基因组中种内单核苷酸多态性 | 第108-113页 |
| 附表四：本研究中叶绿体及线粒体比较的15种植物信息 | 第113-114页 |
| 附表五：12种植物叶绿体基因及其特征比较 | 第114-118页 |
| 附表六：牛耳草线粒体基因组中CP-DERIVED序列比对 | 第118-120页 |
| 附表七：11种植物中叶绿体及线粒体基因组TRNA比较 | 第120-122页 |
| 附表八：发表论文 | 第122页 |
