| 中文摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第9-33页 |
| 1.1 胚胎早期发育与表观遗传 | 第9-20页 |
| 1.1.1 早期胚胎发育 | 第9-11页 |
| 1.1.2 表观遗传概述 | 第11-14页 |
| 1.1.3 受精过程的表观遗传重编程 | 第14-17页 |
| 1.1.4 PGC发育中的表观遗传重编程 | 第17-20页 |
| 1.2 体细胞诱导重编程与表观遗传重编程 | 第20-25页 |
| 1.2.1 体细胞重编程 | 第20-22页 |
| 1.2.2 iPS诱导过程研究 | 第22-23页 |
| 1.2.3 iPS诱导的表观遗传重编程 | 第23-25页 |
| 1.3 DNA修饰的调节与Tet家族的功能 | 第25-33页 |
| 1.3.1 Tet家族概况 | 第25-27页 |
| 1.3.2 Tet参与DNA的去甲基化 | 第27-28页 |
| 1.3.3 5hmC的分布与生物学功能 | 第28-29页 |
| 1.3.4 Tet蛋白的功能研究 | 第29-30页 |
| 1.3.5 Tet蛋白在体外重编程中的研究进展 | 第30-33页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第33-75页 |
| 2.1 实验材料与设备 | 第33-36页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第33页 |
| 2.1.2 仪器设备 | 第33-35页 |
| 2.1.3 抗体与其他 | 第35-36页 |
| 2.2 过表达与基因沉默体系 | 第36-46页 |
| 2.2.1 超级感受态制备 | 第36-37页 |
| 2.2.2 Tet1过表达载体的构建 | 第37-41页 |
| 2.2.3 过表达载体的点突变 | 第41页 |
| 2.2.4 shRNA表达载体的构建 | 第41-42页 |
| 2.2.5 病毒组装与感染 | 第42-44页 |
| 2.2.6 过表达与沉默效率检测 | 第44页 |
| 2.2.7 试剂与溶液 | 第44-46页 |
| 2.3 iPS诱导体系的建立 | 第46-57页 |
| 2.3.1 初次诱导体系 | 第47-49页 |
| 2.3.2 四倍体囊胚互补实验 | 第49-53页 |
| 2.3.3 二次诱导体系的建立 | 第53-54页 |
| 2.3.4 试剂与溶液 | 第54-57页 |
| 2.4 二次重编程效率与转录组分析 | 第57-63页 |
| 2.4.1 建立平行诱导的二次重编程系统 | 第57页 |
| 2.4.2 重编程效率检测 | 第57-59页 |
| 2.4.3 重编程的基因表达分析 | 第59-62页 |
| 2.4.4 重编程的表达谱分析 | 第62-63页 |
| 2.4.5 试剂与溶液 | 第63页 |
| 2.5 DNA修饰总量测定 | 第63-67页 |
| 2.5.1 DNA提取 | 第63-64页 |
| 2.5.2 DNA斑点杂交 | 第64-65页 |
| 2.5.3 DNA修饰的免疫荧光染色 | 第65-66页 |
| 2.5.4 液相色谱-质谱联用分析 | 第66页 |
| 2.5.5 试剂与溶液 | 第66-67页 |
| 2.6 重编程过程表观修饰分析 | 第67-74页 |
| 2.6.1 亚硫酸氢钠测序法 | 第67-70页 |
| 2.6.2 hMedip/Medip-seq | 第70-72页 |
| 2.6.3 hMedip/Medip PCR | 第72-73页 |
| 2.6.4 染色体免疫共沉淀 | 第73页 |
| 2.6.5 试剂和溶液 | 第73-74页 |
| 2.7 数据分析 | 第74-75页 |
| 第三章 实验结果 | 第75-117页 |
| 3.1 Tet1促进体细胞重编程 | 第75-81页 |
| 3.1.1 Tet1在诱导重编程中被激活 | 第75-76页 |
| 3.1.2 Tet1功能分析的平台 | 第76-78页 |
| 3.1.3 Tet1可以促进诱导重编程 | 第78-80页 |
| 3.1.4 小结与讨论 | 第80-81页 |
| 3.2 Tet1参与OSKM诱导中内源Oct4的激活 | 第81-88页 |
| 3.2.1 Oct4的激活依赖于去甲基化 | 第81-83页 |
| 3.2.2 Tet1促进Oct4 R-DMRs的羟甲基化 | 第83-84页 |
| 3.2.3 Tet1促进Oct4的去甲基化和重新激活 | 第84-86页 |
| 3.2.4 Tet1缺陷影响Oct4激活 | 第86页 |
| 3.2.5 小结与讨论 | 第86-88页 |
| 3.3 Tet1参与TSKM诱导中内源Oct4的激活 | 第88-98页 |
| 3.3.1 TSKM二次重编程系统 | 第88-89页 |
| 3.3.2 TSKM诱导重编程的动态过程 | 第89-91页 |
| 3.3.3 Tet1可以促进TSKM体系的重编程 | 第91-92页 |
| 3.3.4 Tet1主导TSKM诱导中Oct4的去甲基化 | 第92-96页 |
| 3.3.5 小结与讨论 | 第96-98页 |
| 3.4 TSKM诱导重编程中表达谱的转变 | 第98-104页 |
| 3.4.1 TSKM二次诱导的中间状态 | 第98-100页 |
| 3.4.2 TSKM二次诱导的表达谱转变 | 第100-101页 |
| 3.4.3 TSKM诱导中表达改变的基因 | 第101-102页 |
| 3.4.4 小结与讨论 | 第102-104页 |
| 3.5 TSKM诱导重编程中DNA修饰的重构 | 第104-117页 |
| 3.5.1 TSKM二次重编程中5mC和5hmC的总量变化 | 第104-105页 |
| 3.5.2 TSKM诱导重编程中5mC和5hmC的重构 | 第105-108页 |
| 3.5.3 诱导中间状态的基因转录与DNA修饰相关 | 第108-110页 |
| 3.5.4 DNA羟甲基化参与多能性基因的激活 | 第110-114页 |
| 3.5.5 DNA修饰转变参与ES活性调节区域的激活 | 第114-115页 |
| 3.5.6 小结与讨论 | 第115-117页 |
| 第四章 总结与讨论 | 第117-127页 |
| 参考文献 | 第127-136页 |
| 附录 | 第136-140页 |
| 致谢 | 第140-143页 |
| 博士期间发表论文 | 第143页 |
