| 中文摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 第一章 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第10-20页 |
| 1.1.1 环肽纳米管简介 | 第10-13页 |
| 1.1.2 单一溶剂相中环肽纳米管研究进展 | 第13-17页 |
| 1.1.3 水/油界面分子动力学模拟研究进展 | 第17-20页 |
| 1.2 课题的提出及研究内容和目标 | 第20-22页 |
| 参考文献 | 第22-26页 |
| 第二章 分子动力学模拟理论基础及研究方法 | 第26-44页 |
| 2.1 分子动力学（Molecular dynamics，MD）模拟简介 | 第26-27页 |
| 2.2 分子动力学模拟基本原理 | 第27-35页 |
| 2.2.1 牛顿运动方程及Verlet算法 | 第27-29页 |
| 2.2.2 分子力场（Force field，FF） | 第29-31页 |
| 2.2.3 分子动力学模拟常用系综 | 第31-32页 |
| 2.2.4 能量最小化（Energy minimization，EM） | 第32-33页 |
| 2.2.5 分子动力学模拟中的边界条件及最近影像 | 第33-34页 |
| 2.2.6 时间步长 | 第34-35页 |
| 2.2.7 分子动力学模拟的一般步骤 | 第35页 |
| 2.3 分子动力学模拟常用软件―NAMD和VMD简介 | 第35-36页 |
| 2.4 分子动力学模拟中的数据分析方案 | 第36-42页 |
| 2.4.1 氢键作用 | 第36-37页 |
| 2.4.2 体系能量 | 第37-38页 |
| 2.4.3 均方根偏差（Root mean square deviation，RMSD) | 第38-39页 |
| 2.4.4 环肽纳米管沿z轴方向的质心位置 | 第39-40页 |
| 2.4.5 π-π堆叠相互作用中的参数R_(cen)和 θ | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-44页 |
| 第三章 七个不同亲/疏水性环肽纳米管的分子动力学模拟 | 第44-60页 |
| 3.1 引言 | 第44-45页 |
| 3.2 模型构建和模拟细节 | 第45-50页 |
| 3.2.1 模型的构建 | 第45页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟参数设置 | 第45-46页 |
| 3.2.3 体系平衡的判定 | 第46-48页 |
| 3.2.4 芳核 π-π堆叠相互作用 | 第48-50页 |
| 3.3 七个不同亲/疏水性环肽纳米管的结构和性质 | 第50-55页 |
| 3.3.1 管长和管径 | 第50-51页 |
| 3.3.2 肽管的氢键结构 | 第51-55页 |
| 3.3.3 各环肽子结构的倾斜 | 第55页 |
| 3.4 本章小结 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-60页 |
| 第四章 亲/疏水性环肽纳米管在水/己烷界面行为的分子动力学模拟 | 第60-85页 |
| 4.1 引言 | 第60-61页 |
| 4.2 体系构建和研究方法 | 第61-65页 |
| 4.2.1 体系的构建 | 第61-63页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟参数设置 | 第63页 |
| 4.2.3 体系平衡的判定 | 第63-65页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第65-82页 |
| 4.3.1 界面行为 | 第65-73页 |
| 4.3.1.1 环肽纳米管在界面的结构改变 | 第65-69页 |
| 4.3.1.2 环肽纳米管在界面的稳定性 | 第69-71页 |
| 4.3.1.3 各个环肽纳米管偏离界面的程度 | 第71-73页 |
| 4.3.2 氢键相互作用分析 | 第73-77页 |
| 4.3.2.1 环肽子结构间的骨架氢键和侧链氢键 | 第73-75页 |
| 4.3.2.2 环肽纳米管与水相间的氢键作用 | 第75-77页 |
| 4.3.3 静电和范德华相互作用能分析 | 第77-82页 |
| 4.3.3.1 水相与己烷相间的相互作用 | 第77-78页 |
| 4.3.3.2 环肽子结构与己烷相间的相互作用 | 第78-79页 |
| 4.3.3.3 环肽子结构与水相间的相互作用 | 第79-80页 |
| 4.3.3.4 环肽子结构间的相互作用 | 第80-82页 |
| 4.4 本章小结 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-85页 |
| 全文结论 | 第85-87页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第87-88页 |
| 致谢 | 第88-89页 |
