| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-26页 |
| 1.1 杨树概述 | 第9-10页 |
| 1.2 减数分裂重组 | 第10-13页 |
| 1.2.1 减数分裂重组的机制和产物 | 第10-12页 |
| 1.2.2 植物中减数分裂重组研究进展 | 第12-13页 |
| 1.3 林木遗传连锁图谱 | 第13-15页 |
| 1.3.1 遗传连锁图谱构建原理 | 第13-14页 |
| 1.3.2 林木遗传作图存在的问题 | 第14-15页 |
| 1.4 分子标记 | 第15-18页 |
| 1.4.1 分子标记的发展 | 第15-16页 |
| 1.4.2 SNP标记及其应用 | 第16-18页 |
| 1.5 高通量测序技术 | 第18-24页 |
| 1.5.1 二代测序技术的发展 | 第18-19页 |
| 1.5.2 高通量测序技术的应用 | 第19-20页 |
| 1.5.3 全基因组重测序策略 | 第20-21页 |
| 1.5.4 高通量测序的数据分析方法及软件 | 第21-22页 |
| 1.5.5 第三代测序技术的发展 | 第22-24页 |
| 1.6 本课题研究的目的与意义 | 第24-26页 |
| 第二章 材料与方法 | 第26-38页 |
| 2.1 植物材料 | 第26-27页 |
| 2.2 样品DNA的提取和纯化 | 第27-28页 |
| 2.3 重测序文库制备和Illumina测序 | 第28-30页 |
| 2.3.1 基因组DNA打断 | 第28页 |
| 2.3.2 末端修复加A以及接头连接 | 第28-29页 |
| 2.3.3 切胶回收选取片段和SOLEX-PCR扩增 | 第29-30页 |
| 2.3.4 文库纯化和质检 | 第30页 |
| 2.4 原始数据获取以及评估 | 第30-31页 |
| 2.5 原始数据获的质量控制 | 第31-32页 |
| 2.6 测序数据比对至参考基因组 | 第32-33页 |
| 2.7 亲本单倍型分型和连接 | 第33-35页 |
| 2.7.1 构建亲本单倍型 | 第33-34页 |
| 2.7.2 筛选 1:1 分离比位点 | 第34页 |
| 2.7.3 单倍型连接 | 第34-35页 |
| 2.8 子代基因型识别和单倍型推断 | 第35-36页 |
| 2.9 重组事件发掘及统计 | 第36页 |
| 2.10 基因转换与偏分离现象 | 第36-38页 |
| 2.10.1 基因转换事件高频重组区域识别 | 第37页 |
| 2.10.2 分子标记分离分析 | 第37-38页 |
| 第三章 结果与分析 | 第38-55页 |
| 3.1 测序数据质量评估 | 第38-39页 |
| 3.1.1 碱基质量评估 | 第38-39页 |
| 3.1.2 碱基类型分布评估 | 第39页 |
| 3.2 原始数据的质量控制 | 第39-41页 |
| 3.3 序列比对和筛选 | 第41-43页 |
| 3.4 构建亲本单倍型块 | 第43-46页 |
| 3.5 子代基因型识别和单倍型判断 | 第46-47页 |
| 3.6 基因转换事件的识别 | 第47-49页 |
| 3.7 交叉事件的识别 | 第49-54页 |
| 3.8 基因转换与偏分列关系验证 | 第54-55页 |
| 3.8.1 高频重组区域识别 | 第54页 |
| 3.8.2 SNP标记分离分析 | 第54-55页 |
| 第四章 结论与展望 | 第55-58页 |
| 4.1 研究结论 | 第55-56页 |
| 4.2 存在问题与展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-65页 |
| 附录1 Perl程序代码 | 第65-77页 |
| 附录2 使用的Linux命令 | 第77-79页 |