| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-39页 |
| 1 课题的提出 | 第13-14页 |
| 2 前人研究进展 | 第14-37页 |
| 2.1 无融合生殖与柑橘珠心胚研究 | 第14-19页 |
| 2.1.1 无融合生殖类型与意义 | 第14-15页 |
| 2.1.2 无融合生殖分子机理研究 | 第15-17页 |
| 2.1.3 柑橘珠心胚研究进展 | 第17-19页 |
| 2.2 植物体细胞胚发生 | 第19-26页 |
| 2.2.1 植物体细胞胚发生简介 | 第19-20页 |
| 2.2.2 体细胞胚发生分子调控机制研究进展 | 第20-25页 |
| 2.2.2.1 与体细胞胚发生相关的几类重要基因 | 第20-22页 |
| 2.2.2.2 体细胞胚发生的转录调控机制 | 第22-24页 |
| 2.2.2.3 体细胞胚发生的表观调控机制 | 第24-25页 |
| 2.2.3 柑橘体细胞胚发生研究进展 | 第25-26页 |
| 2.3 植物miRNA与miR156功能研究进展 | 第26-37页 |
| 2.3.1 植物miRNA生物合成与作用机制 | 第26-27页 |
| 2.3.2 植物miRNA功能研究进展 | 第27-28页 |
| 2.3.3 miRNA与植物胚发育 | 第28-30页 |
| 2.3.4 miR156功能研究进展 | 第30-35页 |
| 2.3.4.1 调控植物发育时期转变 | 第32-33页 |
| 2.3.4.2 调控植物生长发育 | 第33-34页 |
| 2.3.4.3 参与逆境响应 | 第34页 |
| 2.3.4.4 调控其他方面 | 第34-35页 |
| 2.3.5 园艺作物中miR156研究进展 | 第35-37页 |
| 3 本研究的目的与内容 | 第37-39页 |
| 第二章 柑橘珠心胚起始相关miRNA挖掘与鉴定 | 第39-66页 |
| 1 引言 | 第39-40页 |
| 2 材料与方法 | 第40-46页 |
| 2.1 实验材料 | 第40-41页 |
| 2.2 实验方法 | 第41-46页 |
| 2.2.1 实验方案设计 | 第41-42页 |
| 2.2.2 小分子RNA文库构建与高通量测序 | 第42页 |
| 2.2.3 测序数据的处理分析 | 第42页 |
| 2.2.4 miRNA的鉴定及其靶基因预测 | 第42-43页 |
| 2.2.5 miRNA差异表达分析及实时荧光定量PCR验证 | 第43-44页 |
| 2.2.6 转录组数据优化分析 | 第44-45页 |
| 2.2.7 烟草瞬时表达系统验证miRNA介导靶基因的剪切 | 第45-46页 |
| 3 结果与分析 | 第46-61页 |
| 3.1 sRNA测序结果的初步统计分析 | 第46-47页 |
| 3.2 已知和新的miRNA鉴定 | 第47-50页 |
| 3.3 差异表达miRNA鉴定及qRT-PCR验证 | 第50-52页 |
| 3.4 miRNA靶基因预测 | 第52-53页 |
| 3.5 转录组mRNA-seq测序数据优化分析 | 第53-55页 |
| 3.5.1 差异表达基因分析 | 第53-54页 |
| 3.5.2 差异表达基因GO功能富集分析 | 第54-55页 |
| 3.6 sRNA-seq与mRNA-seq关联分析 | 第55-56页 |
| 3.7 miRN23-5p与其靶基因在单多胚品种胚珠中表达模式分析 | 第56-61页 |
| 4 讨论 | 第61-66页 |
| 4.1 柑橘胚珠与其他组织miRNA比较 | 第61-62页 |
| 4.2 逆境响应可能促进珠心胚起始 | 第62-63页 |
| 4.3 miRNA在珠心胚起始发生过程中可能的作用 | 第63-64页 |
| 4.4 离体与活体条件下体细胞胚发生的比较 | 第64-66页 |
| 第三章 csi-miR156a调控体细胞胚发生作用机理研究 | 第66-110页 |
| 1 引言 | 第66-67页 |
| 2 材料与方法 | 第67-77页 |
| 2.1 实验材料 | 第67-68页 |
| 2.2 实验方法 | 第68-77页 |
| 2.2.1 miR156基因编码区全长克隆与序列分析 | 第68-69页 |
| 2.2.2 SPL基因干涉载体构建 | 第69页 |
| 2.2.3 愈伤组织遗传转化 | 第69-70页 |
| 2.2.4 转基因愈伤系的PCR检测与GUS染色 | 第70页 |
| 2.2.5 透射电镜观察与淀粉含量测定 | 第70页 |
| 2.2.6 体细胞胚诱导与体胚发生能力比较 | 第70-71页 |
| 2.2.7 RNA提取与目的基因表达分析 | 第71页 |
| 2.2.8 SPL亚细胞定位分析 | 第71-72页 |
| 2.2.9 SPL转录激活活性分析 | 第72-73页 |
| 2.2.10 酵母双杂交筛选互作蛋白 | 第73-74页 |
| 2.2.11 SPL与潜在互作蛋白点对点验证 | 第74-75页 |
| 2.2.12 双分子荧光互补技术（BiFC）验证SPL与其它蛋白互作 | 第75页 |
| 2.2.13 转基因愈伤高级数字表达谱（DGE）数据分析 | 第75-77页 |
| 3 结果与分析 | 第77-103页 |
| 3.1 csi-miR156a编码基因全长克隆与序列分析 | 第77-79页 |
| 3.2 csi-miR156a超量表达系的获得 | 第79-80页 |
| 3.3 csi-miR156a超量表达愈伤系体胚发生能力分析 | 第80-83页 |
| 3.4 miR156靶基因SPLs表达水平变化 | 第83-85页 |
| 3.5 CsSPL3与CsSPL14序列与进化分析 | 第85-86页 |
| 3.6 CsSPL3与CsSPL14亚细胞定位分析 | 第86-88页 |
| 3.7 CsSPL3与CsSPL14转录激活分析 | 第88页 |
| 3.8 CsSPL3与CsSPL14干涉愈伤系的获得 | 第88-89页 |
| 3.9 CsSPL3与CsSPL14干涉愈伤系体胚发生能力分析 | 第89-90页 |
| 3.10 csi-miR156a超量表达导致转录组水平的变化 | 第90-96页 |
| 3.10.1 表达谱数据初步分析 | 第90-91页 |
| 3.10.2 基因差异表达及其功能富集分析 | 第91-94页 |
| 3.10.3 逆境相关的差异表达基因在转基因系体胚发生过程中表达模式 | 第94-96页 |
| 3.11 酵母双杂交筛选SPL互作蛋白 | 第96-101页 |
| 3.11.1 酵母双杂交文库构建 | 第96-97页 |
| 3.11.2 SPL钓饵载体自激活以及毒性检测 | 第97-98页 |
| 3.11.3 mating筛选互作蛋白 | 第98-100页 |
| 3.11.4 CsSPL14与蛋白互作关系的点对点验证 | 第100-101页 |
| 3.12 BiFC验证CsSPL14与互作蛋白的相互作用 | 第101-103页 |
| 4 讨论 | 第103-110页 |
| 4.1 miR156-SPL可以调控柑橘体细胞胚发生 | 第103-105页 |
| 4.2 逆境响应可能是miR156-SPL影响体胚发生调控途径的重要组成部分 | 第105-107页 |
| 4.3 CsSPL14互作蛋白在调控柑橘体胚发生过程中的可能作用 | 第107-110页 |
| 第四章 总结与展望 | 第110-113页 |
| 参考文献 | 第113-131页 |
| 附录 | 第131-153页 |
| 附录Ⅰ附表 | 第131-152页 |
| 附表 1 小RNA测序数据汇总 | 第131-132页 |
| 附表 2 GF/PU胚珠miRNA鉴定情况 | 第132-138页 |
| 附表 3 PK/CM胚珠miRNA鉴定情况 | 第138-144页 |
| 附表 4 GF/PU胚珠差异表达miRNA | 第144-146页 |
| 附表 5 PK/CM胚珠差异表达miRNA | 第146-147页 |
| 附表 6 GF/PU胚珠差异表达miRNA对应的靶基因 | 第147-150页 |
| 附表 7 PK/CM胚珠差异表达miRNA对应的靶基因 | 第150-152页 |
| 附录Ⅱ个人简介及发表论文列表 | 第152-153页 |
| 致谢 | 第153-155页 |
