| 中文摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略语 | 第11-13页 |
| 1 前言 | 第13-28页 |
| 1.1 C-di-GMP受体类型 | 第14-19页 |
| 1.1.1 PilZ结构域蛋白 | 第14-15页 |
| 1.1.2 退化的GGDEF/EAL结构域蛋白 | 第15-17页 |
| 1.1.3 转录调控因子 | 第17-18页 |
| 1.1.4 核糖开关 | 第18页 |
| 1.1.5 其他受体类型 | 第18-19页 |
| 1.2 分枝杆菌的c-di-GMP系统 | 第19-21页 |
| 1.2.1 分枝杆菌中调控c-di-GMP代谢的酶类 | 第20页 |
| 1.2.2 c-di-GMP调控分枝杆菌的生长、休眠和致病性 | 第20-21页 |
| 1.3 脂质运载蛋白 2 （1ipocalin 2，LCN2） | 第21-23页 |
| 1.4 莽草酸激酶 | 第23-27页 |
| 1.5 本课题研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 2 材料和方法 | 第28-53页 |
| 2.1 实验材料 | 第28-30页 |
| 2.1.1 菌株 | 第28-29页 |
| 2.1.2 质粒 | 第29-30页 |
| 2.1.3 实验所用引物 | 第30页 |
| 2.2 实验试剂 | 第30-34页 |
| 2.2.1 抗生素 | 第30-31页 |
| 2.2.2 培养基 | 第31-32页 |
| 2.2.3 基因克隆相关试剂 | 第32页 |
| 2.2.4 蛋白纯化相关试剂 | 第32-33页 |
| 2.2.5 TLC及紫外交联试验相关试剂 | 第33-34页 |
| 2.2.6 其他相关试剂和试剂盒 | 第34页 |
| 2.3 实验方法 | 第34-53页 |
| 2.3.1 分子生物学基本操作 | 第34-38页 |
| 2.3.1.1 PCR扩增 | 第34-35页 |
| 2.3.1.2 构建重组质粒 | 第35-36页 |
| 2.3.1.3 大肠杆菌化学感受态细胞制备 | 第36页 |
| 2.3.1.4 化学热激转化反应 | 第36-37页 |
| 2.3.1.5 质粒的提取 | 第37-38页 |
| 2.3.2 蛋白质表达与纯化 | 第38-42页 |
| 2.3.2.1 表达载体的构建 | 第38页 |
| 2.3.2.2 IPTG诱导蛋白质表达 | 第38页 |
| 2.3.2.3 蛋白质纯化 | 第38-40页 |
| 2.3.2.4 蛋白质检测 | 第40-41页 |
| 2.3.2.5 蛋白质透析 | 第41-42页 |
| 2.3.2.6 抗体制备 | 第42页 |
| 2.3.3 大分子相互作用检测 | 第42-53页 |
| 2.3.3.1 表面等离子共振（SPR）实验 | 第42-46页 |
| 2.3.3.2 薄层层析 | 第46-47页 |
| 2.3.3.3 紫外交联实验 | 第47-48页 |
| 2.3.3.4 等温滴定量热实验 | 第48-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-106页 |
| 3.1 人噬铁蛋白LCN2是c-di-GMP分子的直接受体 | 第53-80页 |
| 3.1.1 SPR实验检测rLCN2蛋白特异性结合c-di-GMP | 第53-56页 |
| 3.1.2 SPR实验鉴定rLCN2结合c-di-GMP的关键氨基酸 | 第56-57页 |
| 3.1.3 SPR实验检测rLCN2蛋白特异性结合铁载体Fe-Ent/Fe-CMBs | 第57-63页 |
| 3.1.4 ITC实验检测r LCN2蛋白特异性结合c-di-GMP | 第63-69页 |
| 3.1.5 ITC热熔变化检测r LCN2蛋白结合c-di-GMP构象变化 | 第69-70页 |
| 3.1.6 ITC实验鉴定r LCN2结合c-di-GMP的关键氨基酸 | 第70-71页 |
| 3.1.7 ITC实验比较c-di-GMP与Fe-Ent/Fe-CMBs竞争性结合rLCN2 | 第71-80页 |
| 3.2 结核分枝杆菌莽草酸激酶AroK是c-di-GMP的直接受体 | 第80-106页 |
| 3.2.1 莽草酸激酶AroK是潜在的c-di-GMP受体 | 第80-82页 |
| 3.2.2 AroK的克隆与表达 | 第82-84页 |
| 3.2.3 AroK能够与c-di-GMP特异性结合 | 第84-92页 |
| 3.2.3.1 紫外交联实验证实AroK能直接结合c-di-GMP | 第84-86页 |
| 3.2.3.2 竞争性实验证实AroK结合c-di-GMP具有特异性 | 第86-90页 |
| 3.2.3.3 AroK特异性结合c-di-GMP的动力学特征和热力学特征 | 第90-92页 |
| 3.2.4 AroK与c-di-GMP结合的关键氨基酸 | 第92-99页 |
| 3.2.4.1 AroK相关突变体的基因克隆和蛋白纯化 | 第92-96页 |
| 3.2.4.2 紫外交联实验证实AroK与c-di-GMP结合的氨基酸位点 | 第96-98页 |
| 3.2.4.3 ITC检测AroK与c-di-GMP结合的氨基酸位点 | 第98-99页 |
| 3.2.5 影响AroK酶活的关键氨基酸位点 | 第99-103页 |
| 3.2.6 C-di-GMP抑制AroK的酶活性 | 第103-106页 |
| 4 总结与讨论 | 第106-113页 |
| 4.1 总结 | 第106页 |
| 4.2 讨论 | 第106-111页 |
| 4.2.1 ITC和SPR两种方法结合研究c-di-GMP与其受体相互作用 | 第106-109页 |
| 4.2.2 C-di-GMP和LCN2互作标志着一种全新PAMP/PRR传感机制 | 第109页 |
| 4.2.3 AroK可能是结核分枝杆菌中一个新的c-di-GMP受体分子 | 第109-111页 |
| 4.3 展望 | 第111-113页 |
| 参考文献 | 第113-135页 |
| 论文发表情况 | 第135-136页 |
| 致谢 | 第136-138页 |
