| 致谢 | 第4-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 1 引言 | 第16-34页 |
| 1.1 蛋白质之间相互作用复合体的结构和功能 | 第16-17页 |
| 1.2 蛋白质之间相互作用的分类 | 第17-18页 |
| 1.3 研究蛋白质相互作用的核磁共振方法 | 第18-30页 |
| 1.3.1 化学位移与化学位移扰动 | 第20-22页 |
| 1.3.2 自旋极化与NOE效应 | 第22-23页 |
| 1.3.3 弛豫与弛豫扩散 | 第23-25页 |
| 1.3.4 弛豫与顺磁弛豫增强 | 第25-27页 |
| 1.3.5 偶极耦合与残余偶极耦合 | 第27-28页 |
| 1.3.6 其它常用方法概述 | 第28-30页 |
| 1.4 研究蛋白质相互作用的辅助方法简介 | 第30-34页 |
| 1.4.1 分析型超速离心 | 第30页 |
| 1.4.2 等温滴定量热法 | 第30-31页 |
| 1.4.3 小角度X光散射 | 第31-32页 |
| 1.4.4 荧光能量共振转移 | 第32-33页 |
| 1.4.5 分子动力学模拟 | 第33-34页 |
| 2 极弱蛋白蛋白相互作用的研究 | 第34-84页 |
| 2.1 引言 | 第34-35页 |
| 2.2 材料和方法 | 第35-52页 |
| 2.2.1 样品制备 | 第35-45页 |
| 2.2.2 细胞外酶促反应动力学参数的测定 | 第45-46页 |
| 2.2.3 HPr-H15A与EI以及EIIA~(Glc)的等温滴定量热实验 | 第46页 |
| 2.2.4 细胞内酶促反应动力学参数的测定 | 第46-47页 |
| 2.2.5 EIN与EIIAG~(Glc)的化学位移滴定实验 | 第47-48页 |
| 2.2.6 EIN与EIIAG~(Glc)的分子间顺磁弛豫增强速率测定 | 第48页 |
| 2.2.7 EIN与EIIA~(Glc)的复合体的结构计算 | 第48-49页 |
| 2.2.8 EIN E86K与EIIA~(Glc)的化学位移滴定实验 | 第49-50页 |
| 2.2.9 分子动力学模拟 | 第50页 |
| 2.2.10 建立数学模型 | 第50-51页 |
| 2.2.11 EIIA~(Glc)与EIIB~(Glc)的化学位移滴定实验 | 第51-52页 |
| 2.2.12 EIN与EIIA~(mtl)的分子内顺磁弛豫增强速率测定 | 第52页 |
| 2.3 结果 | 第52-79页 |
| 2.3.1 细胞外酶促反应动力学参数的测定结果 | 第52-58页 |
| 2.3.2 细胞水平酶促反应动力学参数的测定结果 | 第58-59页 |
| 2.3.3 EIN,EI与EIIA~(Glc)的化学位移滴定结果 | 第59-65页 |
| 2.3.4 EIN与EIIA~(Glc)分子间PRE以及结构计算的结果 | 第65-72页 |
| 2.3.5 EIN与EILA~(Glc)E86K的化学位移滴定和酶活反应的结果 | 第72-74页 |
| 2.3.6 分子动力学模拟的结果 | 第74-75页 |
| 2.3.7 数学建模计算的结果 | 第75-77页 |
| 2.3.8 EIN与EIIA~(mtl)分子间PRE的结果 | 第77-78页 |
| 2.3.9 EIIA~(Glc)与EIIB~(Glc)化学位移滴定的结果 | 第78-79页 |
| 2.4 讨论 | 第79-82页 |
| 2.4.1 EI能够磷酸化EIIA~(Glc) | 第79页 |
| 2.4.2 EIN与EILA~(Glc)之间存在极弱相互作用 | 第79-80页 |
| 2.4.3 EIN与EIIA~(Glc)复合体的结构和结构特性 | 第80-81页 |
| 2.4.4 极弱相互作用存在的意义 | 第81-82页 |
| 2.4.5 磷酸转移酶系统中,极弱相互作用存在的不唯一性 | 第82页 |
| 2.5 结论 | 第82-84页 |
| 3 氧化调控HIV-1衣壳蛋白碳端结构域同源二聚相互作用的结构和功能 | 第84-122页 |
| 3.1 引言 | 第84-85页 |
| 3.2 材料和方法 | 第85-96页 |
| 3.2.1 样品制备 | 第85-91页 |
| 3.2.2 循环伏安法实验 | 第91-92页 |
| 3.2.3 核磁的方法测定衣壳蛋白碳端结构域氧化参数 | 第92页 |
| 3.2.4 分析型超速离心实验 | 第92-93页 |
| 3.2.5 氧化型CAC的主链和侧链的归属实验 | 第93页 |
| 3.2.6 CAC的残余偶极耦合实验 | 第93-94页 |
| 3.2.7 CAC的NOE实验和二面角测定实验 | 第94页 |
| 3.2.8 oxCAC的结构计算 | 第94页 |
| 3.2.9 CAC的弛豫扩散实验 | 第94-95页 |
| 3.2.10 CA的小角X光散射实验 | 第95页 |
| 3.2.11 CA的体外组装速率测定实验 | 第95页 |
| 3.2.12 病毒的透射电镜实验 | 第95-96页 |
| 3.3 结果 | 第96-116页 |
| 3.3.1 衣壳蛋白碳端结构域序列保守性分析 | 第96-97页 |
| 3.3.2 循环伏安法实验 | 第97-98页 |
| 3.3.3 CAC氧化参数测定的结果 | 第98-104页 |
| 3.3.4 衣壳蛋白的超速离心实验 | 第104-106页 |
| 3.3.5 氧化型CAC的核磁共振信号归属 | 第106-109页 |
| 3.3.6 氧化型衣壳蛋白碳端结构域的结构计算 | 第109-111页 |
| 3.3.7 衣壳蛋白碳端结构域弛豫扩散实验的结果 | 第111-112页 |
| 3.3.8 衣壳蛋白小角X光散射的结果 | 第112-113页 |
| 3.3.9 衣壳蛋白的体外组装实验的结果 | 第113-114页 |
| 3.3.10 透射电镜观测病毒衣壳结构的结果 | 第114-116页 |
| 3.4 讨论 | 第116-120页 |
| 3.4.1 衣壳蛋白分子内二硫键能够被不可逆氧化 | 第116-117页 |
| 3.4.2 分子内二硫键的形成不影响衣壳蛋白的相互作用强度 | 第117页 |
| 3.4.3 还原型和氧化型衣壳蛋白碳端结构域结构不同 | 第117-119页 |
| 3.4.4 氧化引起衣壳蛋白结构和功能的改变 | 第119-120页 |
| 3.4.5 衣壳蛋白碳端结构域的还原氧化过程与病毒成熟相关 | 第120页 |
| 3.5 结论 | 第120-122页 |
| 4 HIV-1 SP1结构域的同源多聚体的结构和功能的研究 | 第122-147页 |
| 4.1 引言 | 第122-123页 |
| 4.2 材料和方法 | 第123-129页 |
| 4.2.1 样品制备 | 第123-127页 |
| 4.2.2 CAC_(219-231) SP1结构域的圆二色谱实验 | 第127页 |
| 4.2.3 CAC_(219-231) SP1结构域的三共振实验 | 第127页 |
| 4.2.4 CAC_(219-231) SP1结构域的化学位移滴定实验 | 第127-128页 |
| 4.2.5 CAC SP1构型蛋白的化学位移归属 | 第128页 |
| 4.2.6 CAC SP1构型蛋白的浓度稀释滴定 | 第128页 |
| 4.2.7 CAC SP1与CAC的分析型超速离心实验 | 第128页 |
| 4.2.8 CAC SP1的异核NOE实验 | 第128-129页 |
| 4.2.9 Bevirimat的信号归属和NOE实验 | 第129页 |
| 4.3 结果 | 第129-141页 |
| 4.3.1 SP的序列保守性分析的结果 | 第129-130页 |
| 4.3.2 CAC_(219-231) SP1的蛋白纯化结果 | 第130-132页 |
| 4.3.3 CAC_(219-231) SP1的圆二色谱实验的结果 | 第132-133页 |
| 4.3.4 CAC219-231 SP1的主链化学位移归属 | 第133-134页 |
| 4.3.5 CAC_(219-231) SP1的化学位移滴定的结果 | 第134-137页 |
| 4.3.6 CAC SP1的主链化学位移归属 | 第137页 |
| 4.3.7 CAC SP1的浓度稀释化学位移滴定 | 第137-138页 |
| 4.3.8 CAC SP1的超速离心实验 | 第138-139页 |
| 4.3.9 CAC SP1的异核NOE的实验 | 第139-140页 |
| 4.3.10 Bevirimat的信号归属和结构计算 | 第140-141页 |
| 4.4 讨论 | 第141-146页 |
| 4.4.1 成功制备同位素标记的CAC219-231 SP1结构域样品 | 第141-142页 |
| 4.4.2 CAC_(219-231) SP1的序列保守性分析 | 第142页 |
| 4.4.3 SP1结构域的二级结构的分析 | 第142-145页 |
| 4.4.4 CAC_(219-231) SP1在溶液中存在同源二聚相互作用 | 第145-146页 |
| 4.5 结论 | 第146-147页 |
| 5 总结与展望 | 第147-151页 |
| 5.1 极弱蛋白蛋白相互作用的结构和功能的表征 | 第147-148页 |
| 5.2 氧化调控HIV-1衣壳蛋白碳端结构域同源二聚相互作用的结构和功能 | 第148页 |
| 5.3 HIV-1 SP1结构域同源寡聚相互作用的结构和功能 | 第148-149页 |
| 5.4 展望 | 第149-151页 |
| 参考文献 | 第151-165页 |
| 附录A：用于残余偶极耦合实验的液晶相的配置 | 第165-167页 |
| 附录B：残余偶极耦合实验的设计、数据处理和分析计算 | 第167-177页 |
| 附录C：循环伏安法测定蛋白质氧化还原电势的实验操作 | 第177-186页 |
| 附录D：分析型超速离心的实验设计、实验操作和数据处理 | 第186-194页 |
| 附录E：NIH-XPLOR计算衣壳蛋白碳端结构域的结构 | 第194-200页 |
| 附录F：CPMG横向弛豫扩散的实验设计、操作和数据处理 | 第200-209页 |
| 附录G：透射电镜病毒样品的制备和注意事项 | 第209-211页 |
| 附录H：NIH-XPLOR计算衣壳PA-457的空间结构 | 第211-216页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第216-217页 |
