| 致谢 | 第4-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 综述 | 第17-47页 |
| 1.文蛤生物学 | 第17-21页 |
| 1.1 分类地位及经济价值 | 第17页 |
| 1.2 我国文蛤养殖现状及存在的问题 | 第17-18页 |
| 1.3 免疫防御系统 | 第18-21页 |
| 1.3.1 细胞免疫 | 第19-20页 |
| 1.3.2 体液免疫 | 第20-21页 |
| 1.3.3 化学递质 | 第21页 |
| 2.贝类抗性育种 | 第21-26页 |
| 2.1 概述 | 第21-22页 |
| 2.2 主要的抗性育种方法 | 第22-25页 |
| 2.2.1 选择育种 | 第22-23页 |
| 2.2.2 杂交育种 | 第23-24页 |
| 2.2.3 家系选育 | 第24页 |
| 2.2.4 分子标记辅助选育 | 第24-25页 |
| 2.3 问题与展望 | 第25-26页 |
| 3.分子标记 | 第26-38页 |
| 3.1 微卫星标记 | 第26-30页 |
| 3.1.1 微卫星概述 | 第26-29页 |
| 3.1.2 微卫星的开发与检测 | 第29-30页 |
| 3.2 SNP标记 | 第30-38页 |
| 3.2.1 SNP标记概述 | 第30-31页 |
| 3.2.2 SNP标记的开发 | 第31-33页 |
| 3.2.3 SNP标记的分型 | 第33-38页 |
| 3.2.3.0 直接杂交 | 第33-34页 |
| 3.2.3.1 限制性内切酶酶切 | 第34页 |
| 3.2.3.2 单链DNA构象和异源双链 | 第34-35页 |
| 3.2.3.3 引物延伸 | 第35-36页 |
| 3.2.3.4 寡核苷酸连接反应 | 第36页 |
| 3.2.3.5 焦磷酸测序 | 第36-37页 |
| 3.2.3.6 核酸外切酶检测 | 第37页 |
| 3.2.3.7 熔解曲线 | 第37-38页 |
| 3.2.3.8 直接测序 | 第38页 |
| 4.标记-性状关联分析 | 第38-41页 |
| 4.1 概述 | 第38-39页 |
| 4.2 常用统计学方法 | 第39-41页 |
| 4.2.1 卡方检验（Chi-square test） | 第39页 |
| 4.2.2 逻辑回归（Logitic regression） | 第39-40页 |
| 4.2.3 多因子降维（Multifactor dimensionality reduction） | 第40-41页 |
| 5.碱性螺旋-环-螺旋（HLH）转录因子超家族 | 第41-45页 |
| 5.1 多毛蛋白（Hairy） | 第43-44页 |
| 5.2 DNA分化抑制因子 2（Id2） | 第44-45页 |
| 6.研究目的与意义 | 第45-47页 |
| 第二章 文蛤弧菌抗性相关微卫星标记的开发及鉴定 | 第47-66页 |
| 1.引言 | 第47-49页 |
| 2.实验材料和方法 | 第49-57页 |
| 2.1 实验所用主要试剂和仪器 | 第49-50页 |
| 2.1.1 实验试剂 | 第49-50页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第50页 |
| 2.2 文蛤弧菌抗性差异群体的构建 | 第50-51页 |
| 2.2.1 抗性群体（09-R）和对照群体（09-C）的构建 | 第50页 |
| 2.2.2 抗性群组（11-R）和易感群组（11-S）的构建 | 第50-51页 |
| 2.3 基因组DNA的提取 | 第51页 |
| 2.4 候选免疫相关微卫星标记的开发 | 第51-52页 |
| 2.5 微卫星的扩增和分型 | 第52-55页 |
| 2.6 遗传多样性分析 | 第55页 |
| 2.7 微卫星与弧菌抗性性状的关联分析 | 第55-56页 |
| 2.8 弧菌抗性相关微卫星标记的验证 | 第56页 |
| 2.9 多维尺度分析（Multi-dimensional scaling，MDS） | 第56-57页 |
| 3.实验结果 | 第57-63页 |
| 3.1 文蛤群体的遗传多样性 | 第57页 |
| 3.2 微卫星与弧菌抗性性状的关联分析 | 第57-60页 |
| 3.3 弧菌抗性相关微卫星标记的验证 | 第60-62页 |
| 3.4 多维尺度分析（MDS） | 第62-63页 |
| 3.5 弧菌抗性相关微卫星标记的功能注释 | 第63页 |
| 4.讨论 | 第63-65页 |
| 小结 | 第65-66页 |
| 第三章 文蛤弧菌抗性相关SNP标记的开发及鉴定 | 第66-87页 |
| 1.引言 | 第66-67页 |
| 2.实验材料和方法 | 第67-71页 |
| 2.1 实验所用主要试剂和仪器 | 第67页 |
| 2.1.1 实验试剂 | 第67页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第67页 |
| 2.2 文蛤弧菌抗性差异群体的构建 | 第67页 |
| 2.3 基因组DNA的提取 | 第67页 |
| 2.4 免疫相关SNP标记的初筛 | 第67-69页 |
| 2.5 SNP标记的分型 | 第69-70页 |
| 2.6 哈迪-温伯格平衡的检验 | 第70页 |
| 2.7 SNP与弧菌抗性性状的关联分析 | 第70-71页 |
| 3.实验结果 | 第71-84页 |
| 3.1 免疫相关SNP标记的开发 | 第71-76页 |
| 3.2 哈迪-温伯格平衡的检验 | 第76-77页 |
| 3.3 SNP与弧菌抗性性状的关联分析 | 第77-80页 |
| 3.4 连锁不平衡和单体型关联分析 | 第80-82页 |
| 3.5 弧菌抗性相关SNP标记的验证 | 第82-83页 |
| 3.6 弧菌抗性相关SNP标记的功能注释 | 第83-84页 |
| 4.讨论 | 第84-86页 |
| 小结 | 第86-87页 |
| 第四章 文蛤免疫相关标记/基因的互作分析及其对弧菌抗性性状的影响 | 第87-102页 |
| 1.引言 | 第87-88页 |
| 2.实验材料和方法 | 第88-89页 |
| 2.1 实验所用主要试剂及仪器 | 第88页 |
| 2.2 候选免疫相关微卫星标记的交互作用分析 | 第88页 |
| 2.3 候选免疫相关SNP标记的交互作用分析 | 第88-89页 |
| 2.4 回归方程的建立 | 第89页 |
| 3.实验结果 | 第89-100页 |
| 3.1 候选免疫相关微卫星标记的交互作用分析 | 第89-93页 |
| 3.1.1 功能注释 | 第89-90页 |
| 3.1.2 MDR法分析微卫星标记间的交互作用 | 第90-93页 |
| 3.1.3 一般线性模型验证微卫星标记间的协同作用 | 第93页 |
| 3.2 候选免疫相关SNP标记的交互作用分析 | 第93-97页 |
| 3.2.1 功能注释 | 第93-94页 |
| 3.2.2 MDR法分析SNP标记间的交互作用 | 第94-96页 |
| 3.2.3 一般线性模型验证SNP标记间的协同作用 | 第96-97页 |
| 3.3 标记与弧菌抗性性状回归方程的建立 | 第97-100页 |
| 4.讨论 | 第100-101页 |
| 小结 | 第101-102页 |
| 第五章 文蛤Hairy基因的克隆及其 3’-UTR中的两个SNP位点的功能分析 | 第102-122页 |
| 1.引言 | 第102-104页 |
| 2.实验材料和方法 | 第104-111页 |
| 2.1 实验所用主要试剂和仪器 | 第104-105页 |
| 2.1.1 实验试剂 | 第104页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第104-105页 |
| 2.2 文蛤材料和样品收集 | 第105页 |
| 2.3 DNA和RNA的提取，cDNA的合成 | 第105-106页 |
| 2.3.1 DNA和RNA的提取 | 第105页 |
| 2.3.2 cDNA的合成 | 第105-106页 |
| 2.4 cDNA全长的克隆 | 第106-109页 |
| 2.4.1 序列验证 | 第106-108页 |
| 2.4.2 5’-RACE和 3’-RACE | 第108-109页 |
| 2.5 序列分析 | 第109-110页 |
| 2.6 组织及弧菌感染后MmeHairy的表达分析 | 第110-111页 |
| 2.7 SNP的分型和连锁不平衡分析 | 第111页 |
| 2.8 MmeHairy在不同基因型个体中的表达分析 | 第111页 |
| 3.结果 | 第111-119页 |
| 3.1 MmeHairy基因的序列分析 | 第111-112页 |
| 3.2 Mme Hairy的进化分析 | 第112-113页 |
| 3.3 MmeHairy的组织表达分析 | 第113-114页 |
| 3.4 MmeHairy在弧菌感染后不同时间点的表达分析 | 第114-115页 |
| 3.5 SNP标记的分型结果 | 第115-117页 |
| 3.6 不同基因型个体中MmeHairy的表达分析 | 第117-119页 |
| 4.讨论 | 第119-121页 |
| 小结 | 第121-122页 |
| 第六章 文蛤分化抑制因子Id2的多态性及其与弧菌抗性性状的关联分析 | 第122-140页 |
| 1.引言 | 第122-123页 |
| 2.实验材料和方法 | 第123-128页 |
| 2.1 实验所用主要试剂和仪器 | 第123-125页 |
| 2.1.1 实验试剂 | 第123-125页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第125页 |
| 2.2 文蛤实验群体的构建 | 第125页 |
| 2.2.1 文蛤弧菌抗性差异群体 09-R和 09-C的构建 | 第125页 |
| 2.2.2 文蛤弧菌抗性差异群组 14-R和 14-S的构建 | 第125页 |
| 2.3 MmeId2基因序列的扩增 | 第125-127页 |
| 2.4 基因多态位点的筛选 | 第127页 |
| 2.5 弧菌感染后MmeId2的表达变化 | 第127-128页 |
| 2.5.1 荧光定量PCR检测mRNA表达变化 | 第127页 |
| 2.5.2 Western blot检测蛋白表达变化 | 第127-128页 |
| 2.6 抗性相关SNP标记的筛选 | 第128页 |
| 3.实验结果 | 第128-137页 |
| 3.1 MmeId2基因序列及其中的SNP位点信息 | 第128-131页 |
| 3.2 MmeId2在弧菌感染后不同时间点的表达分析 | 第131-132页 |
| 3.3 哈氏弧菌（V. harveyi）抗性相关SNP标记的筛选 | 第132-134页 |
| 3.4 副溶血弧菌（V. parahaemolyticus）抗性相关SNP标记的筛选 | 第134-137页 |
| 4.讨论 | 第137-139页 |
| 小结 | 第139-140页 |
| 结论 | 第140-141页 |
| 参考文献 | 第141-162页 |
| 个人简历 | 第162-163页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第163页 |
