| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| ABRBREVIATIONS | 第13-14页 |
| CHAPTER 1 Review of literature | 第14-30页 |
| 1.1 General introduction | 第14-16页 |
| 1.2 Introduction to blunt snout bream | 第16-23页 |
| 1.2.1 Biological characteristics | 第16-17页 |
| 1.2.2 Interests to research | 第17-23页 |
| 1.3 Aeromonas hydrophila and its infection in fish | 第23-26页 |
| 1.3.1 Classification and identification | 第23-24页 |
| 1.3.2 Pathology | 第24页 |
| 1.3.3 Clinical signs | 第24-25页 |
| 1.3.4 Virulence factors | 第25页 |
| 1.3.5 Infection of Aeromonas to blunt snout bream | 第25-26页 |
| 1.4 Transcriptome study | 第26-30页 |
| CHAPTER 2 Pathogenicity of Aeromonas hydrophila to Megalobrama amblycephala | 第30-41页 |
| 2.1 Introduction | 第30页 |
| 2.2 Materials and Methods | 第30-33页 |
| 2.2.1 Bacterial strain and bacterial suspension preparation | 第30-31页 |
| 2.2.2 Fish for experiment | 第31页 |
| 2.2.3 Pathogenicity test | 第31-32页 |
| 2.2.4 Biochemical tests | 第32页 |
| 2.2.5 Antibiotic susceptibility test | 第32-33页 |
| 2.2.6 Molecular analysis | 第33页 |
| 2.3 Results | 第33-37页 |
| 2.3.1 Clinical signs | 第33-34页 |
| 2.3.2 The cumulative mortality | 第34页 |
| 2.3.3 Re-isolation and re-identification | 第34-36页 |
| 2.3.4 16S rRNA sequences analysis | 第36页 |
| 2.3.5 Antimicrobial susceptibility test | 第36-37页 |
| 2.4 Discussion | 第37-41页 |
| CHAPTER 3 Transcriptome analysis of the Megalobrama amblycephala after challengewith Aeromonas hydrophila | 第41-61页 |
| 3.1 Introduction | 第41-42页 |
| 3.2 Materials and Methods | 第42-45页 |
| 3.2.1 Fish and bacterial challenge | 第42页 |
| 3.2.2 Sampling and RNA extraction | 第42-43页 |
| 3.2.3 cDNA library preparation and Illumina sequencing | 第43-44页 |
| 3.2.4 Sequence quality assessment and de novo assembly | 第44页 |
| 3.2.5 Annotation | 第44页 |
| 3.2.6 Differential gene expression analysis | 第44-45页 |
| 3.2.7 Identification of immune-related genes | 第45页 |
| 3.3 Results | 第45-57页 |
| 3.3.1 Transcriptome sequencing and assembly | 第45-47页 |
| 3.3.2 BLAST search analysis | 第47-48页 |
| 3.3.3 Unigene functional annotation | 第48-52页 |
| 3.3.4 Analysis of differentially expressed gene profiles | 第52-53页 |
| 3.3.5 Identification of differentially expressed innate immune-related genes | 第53-54页 |
| 3.3.6 Pathway analysis | 第54-57页 |
| 3.4 Discussion | 第57-61页 |
| CHAPTER 4 Simple sequence repeat and single nucleotide polymorphism markersidentified from Megalobrama amblycephala transcriptome profile | 第61-72页 |
| 4.1 Introduction | 第61-62页 |
| 4.2 Materials and Methods | 第62-63页 |
| 4.2.1 SSR markers | 第62页 |
| 4.2.2 SNP markers | 第62-63页 |
| 4.3 Results | 第63-70页 |
| 4.3.1 SSR markers | 第63-64页 |
| 4.3.2 SNP markers | 第64-70页 |
| 4.4 Discussion | 第70-72页 |
| CHAPTER 5 In silico characterization and homology modeling of proteins encoded byimmune-related genes in Megalobrama amblycephala | 第72-131页 |
| 5.1 Introduction | 第72-73页 |
| 5.2 Materials and Methods | 第73-74页 |
| 5.2.1 Sequence identification | 第73页 |
| 5.2.2 Bioinformatics analysis | 第73-74页 |
| 5.2.3 Protein structure prediction | 第74页 |
| 5.3 Results | 第74-125页 |
| 5.3.1 Sequence analysis | 第74-113页 |
| 5.3.2 Physicochemical and functional characterization analysis | 第113-117页 |
| 5.3.3 Protein structure prediction | 第117-125页 |
| 5.4 Discussion | 第125-131页 |
| CHAPTER 6 Expression of immune-related genes in the Megalobrama amblycephala afterAeromonas hydrophila infection | 第131-147页 |
| 6.1 Introduction | 第131-133页 |
| 6.2 Materials and Methods | 第133-134页 |
| 6.2.1 Transcripts source | 第133页 |
| 6.2.2 Fish and challenge experiment | 第133页 |
| 6.2.3 Total RNA preparation and cDNA synthesis | 第133-134页 |
| 6.2.4 Quantitative real-time PCR(qPCR) and statistics | 第134页 |
| 6.3 Results | 第134-140页 |
| 6.3.1 MaTLR5 | 第135页 |
| 6.3.2 MaNFKBIA | 第135-136页 |
| 6.3.3 MaMyD88 | 第136页 |
| 6.3.4 MaTRAF6 | 第136页 |
| 6.3.5 MaC3 | 第136-137页 |
| 6.3.6 MaC7 | 第137页 |
| 6.3.7 MaMMP-9 | 第137页 |
| 6.3.8 MaCTSL | 第137页 |
| 6.3.9 MaIL-8 | 第137-138页 |
| 6.3.10 MaIL-10 | 第138-140页 |
| 6.4 Discussion | 第140-147页 |
| 6.4.1 Genes related to TLR pathway | 第141-142页 |
| 6.4.2 Genes related to complement and coagulation cascades | 第142-143页 |
| 6.4.3 Genes related to antigen processing and presentation and leukocyte transendothelial migration | 第143-145页 |
| 6.4.4 Genes related to cytokine-cytokine receptor interaction | 第145-147页 |
| CHAPTER 7 Conclusion | 第147-149页 |
| REFERENCES | 第149-179页 |
| APPENDIX 1 Transcriptome profile database of Megalobrama amblycephala by usingSolexa/Illumina technology | 第179-180页 |
| APPENDIX 2 Publications | 第180-182页 |
| APPENDIX 3 Awards and Funding | 第182-183页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第183-184页 |
