| 摘要 | 第7-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 缩略词表 | 第14-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-28页 |
| 1 课题的提出 | 第15页 |
| 2 果实的定义及解剖学分类 | 第15-16页 |
| 3 果实成熟衰老的研究进展 | 第16-22页 |
| 3.1 呼吸跃变型和非呼吸跃变型果实的生物学特征 | 第17-18页 |
| 3.2 果实衰老过程中发生的生理变化 | 第18页 |
| 3.3 果实衰老调控机制 | 第18-21页 |
| 3.3.1 乙烯合成和信号转导调控衰老 | 第19-20页 |
| 3.3.2 脱落酸合成和信号转导调控衰老 | 第20页 |
| 3.3.3 其它激素与果实衰老调控 | 第20-21页 |
| 3.4 研究果实衰老的高通量分析技术 | 第21-22页 |
| 3.5 成熟衰老机理的实际应用 | 第22页 |
| 4 柑橘类果实衰老的研究进展 | 第22-27页 |
| 4.1 柑橘果实衰老过程中发生的生理变化及调控研究 | 第24-25页 |
| 4.2 研究柑橘果实衰老的高通量分析技术 | 第25-27页 |
| 5 本研究的目的和内容 | 第27-28页 |
| 第二章 柑橘采后衰老的转录和代谢网络研究 | 第28-85页 |
| 1 前言 | 第28-29页 |
| 2 材料和方法 | 第29-39页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-31页 |
| 2.2 实验方法 | 第31-39页 |
| 2.2.1 RNA提取和芯片杂交 | 第31页 |
| 2.2.2 芯片数据分析 | 第31-34页 |
| 2.2.3 初生代谢物测定 | 第34页 |
| 2.2.4 次生代谢物测定 | 第34-35页 |
| 2.2.5 果实生理品质检测 | 第35页 |
| 2.2.6 相关性分析 | 第35-36页 |
| 2.2.7 代谢网络构建 | 第36-37页 |
| 2.2.8 柑橘与其它果实基因表达和拷贝数比较 | 第37-39页 |
| 3 结果和分析 | 第39-73页 |
| 3.1 转录组分析 | 第39-45页 |
| 3.1.1 转录组差异概述 | 第39-40页 |
| 3.1.2 转录组差异基因挑选 | 第40-43页 |
| 3.1.3 转录组差异基因功能富集分析 | 第43-45页 |
| 3.2 代谢组分析 | 第45-48页 |
| 3.2.1 初生代谢物分析 | 第45-46页 |
| 3.2.2 次生代谢物分析 | 第46-48页 |
| 3.3 长期贮藏果实的品质数据分析 | 第48-51页 |
| 3.4 通过CitrusCyc网络整合分析代谢和转录数据 | 第51-55页 |
| 3.4.1 柑橘代谢反应基因表达值(RE-value)之间的共表达网络分析 | 第53页 |
| 3.4.2 CitrusCyc中的代谢数据和代谢反应表达的相关性分析 | 第53-55页 |
| 3.5 转录因子揭示柑橘品种差异特征 | 第55-59页 |
| 3.6 柑果采后果皮-果肉物质交流方式 | 第59-64页 |
| 3.7 柑橘果实的衰老过程及特征 | 第64-68页 |
| 3.8 激素相关基因表达与柑橘果实采后生理特性 | 第68-73页 |
| 3.8.1 乙烯相关基因表达揭示柑橘的非呼吸跃变特性 | 第68-70页 |
| 3.8.2 脱落酸相关基因表达揭示柑橘的非呼吸跃变特性 | 第70-73页 |
| 4 讨论 | 第73-79页 |
| 4.1 遗传背景不是影响柑橘品种贮藏性能的主要因素 | 第74-75页 |
| 4.2 果皮-果肉物质运输对柑橘果实采后品质的影响 | 第75-79页 |
| 5 总结与展望 | 第79-85页 |
| 5.1 总结 | 第79-83页 |
| 5.2 展望 | 第83-85页 |
| 第三章 甜橙蛋白质-蛋白质互作网络的预测及功能分析 | 第85-92页 |
| 1 前言 | 第85页 |
| 2 材料和方法 | 第85-88页 |
| 2.1 数据收集 | 第85-86页 |
| 2.2 甜橙PPI预测 | 第86-87页 |
| 2.2.1 基于直系同源的PPI预测 | 第86页 |
| 2.2.2 基于Domain互作的PPI预测 | 第86-87页 |
| 2.2.3 数据整合 | 第87页 |
| 2.3 RNA-seq数据处理 | 第87-88页 |
| 3 结果与讨论 | 第88-92页 |
| 3.1 甜橙PPI的准确性 | 第88-89页 |
| 3.2 PPI网络结构中的重要蛋白 | 第89-90页 |
| 3.3 结合RNA-seq数据的PPI网络模块性分析 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-106页 |
| 附录I 代谢物和反应表达值相关性表 | 第106-114页 |
| 附录II 全基因组水平比较柑橘和其它水果物种的转运蛋白的基因拷贝数 | 第114-129页 |
| 附录III 博士期间发表的论文 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130-131页 |
