| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 引言 | 第8-10页 |
| 1 基本理论方法 | 第10-20页 |
| 1.1 肽的介绍 | 第10-11页 |
| 1.2 构象的简单介绍 | 第11-13页 |
| 1.3 分子力场方法(MM) | 第13-14页 |
| 1.4 原子-键电负性均衡方法（ABEEMσπ方法） | 第14-18页 |
| 1.5 ABEEMσπ/MM方法 | 第18-20页 |
| 2 用从头算方法和ABEEMσπ/MM，OPLS/AA，AMBER99sb和CHARMM27力场方法探究甘氨酸及苏氨酸对应二肽和三肽的稳定构象 | 第20-50页 |
| 2.1 从头算方法 | 第20-34页 |
| 2.1.1 探索甘氨酸及苏氨酸对应二肽在气相中的稳定构象 | 第20-23页 |
| 2.1.2 探索甘氨酸及苏氨酸对应二肽在水相中的稳定构象 | 第23-25页 |
| 2.1.3 对比二肽在气相和水相中构象扫描能量曲线及稳定构象 | 第25-27页 |
| 2.1.4 通过高斯扫描寻找甘氨酸和苏氨酸对应三肽分子的稳定构象 | 第27-29页 |
| 2.1.5 优化三肽的不同构象 | 第29-34页 |
| 2.2 探究甘氨酸及苏氨酸对应二肽和三肽在ABEEMσπ/MM、OPLS/AA、AMBER99sb和CHARMM27不同力场下的稳定构象 | 第34-50页 |
| 2.2.1 不同力场下优化获得二肽的稳定构象 | 第34-37页 |
| 2.2.2 不同力场下优化获得三肽的稳定构象 | 第37-47页 |
| 2.2.3 不同力场下优化获得二肽和三肽稳定构象与从头算结果的对比 | 第47-50页 |
| 3 应用ABEEMσπ/MM方法扫描优化获得甘氨酸和苏氨酸对应二肽的稳定构象 | 第50-54页 |
| 3.1 对比从头算方法扫描二肽构象能 | 第50-51页 |
| 3.2 应用ABEEMσπ/MM优化得到二肽的稳定构象 | 第51-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
