| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 引言 | 第13-25页 |
| 1.DNA条形码 | 第13-20页 |
| 2.常见DNA条形码的基因 | 第20-21页 |
| 2.1 COI | 第20页 |
| 2.2 叶绿体rbcl基因和matk基因 | 第20-21页 |
| 2.3 其他用作DNA条形码的基因 | 第21页 |
| 3.单个位点作为条形码的缺点以及目前条形码分析上的争论 | 第21-23页 |
| 4.第二代条形码技术的提出 | 第23页 |
| 5.对条形码研究的展望 | 第23-24页 |
| 6.本研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 第一章 单个位点（COI)对个体进行物种鉴定 | 第25-31页 |
| 1 采用单一的COI序列对鳜鱼中的一对姐妹种进行物种鉴定 | 第25-31页 |
| 1.1 材料 | 第25页 |
| 1.2 方法 | 第25-26页 |
| 1.2.1 鳜鱼基因组DNA的提取 | 第25页 |
| 1.2.2 PCR扩增及目的片段的测序 | 第25-26页 |
| 1.2.2.1 PCR引物设计 | 第25页 |
| 1.2.2.2 PCR扩增及测序 | 第25-26页 |
| 1.2.3 COI序列的遗传距离的分析 | 第26页 |
| 1.2.4 COI序列进行物种鉴定 | 第26页 |
| 1.3 实验结果 | 第26-27页 |
| 1.4 讨论 | 第27-31页 |
| 第二章 多位点对物种鉴定准确率的影响 | 第31-48页 |
| 2.1 材料 | 第31页 |
| 2.2 方法 | 第31-33页 |
| 2.2.1 分类群取样，基因富集，测序和数据组装 | 第31-32页 |
| 2.2.2 增加基因位点数对物种鉴定的影响 | 第32页 |
| 2.2.3 估算实验数据中物种分化时间和基因交流 | 第32-33页 |
| 2.2.4 根据不同的物种分化时间和基因交流频率来模拟姐妹种 | 第33页 |
| 2.3 分析结果 | 第33-45页 |
| 2.3.1 增加基因位点数对物种鉴定的影响 | 第33-37页 |
| 2.3.2 估算实验数据中物种分化时间和基因交流 | 第37-38页 |
| 2.3.3 根据不同的物种分化时间和基因交流频率来模拟姐妹种 | 第38-45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-48页 |
| 2.4.1 在物种鉴定过程中多个位点比单个位点更能区分物种 | 第45-46页 |
| 2.4.2 物种分化时间和基因交流对物种鉴定的影响 | 第46页 |
| 2.4.3 DNA条形码中多位点数据和多物种合并规则 | 第46-47页 |
| 2.4.4 多位点DNA条形码标记 | 第47-48页 |
| 第三章 多位点DNA条形码方法的开发 | 第48-59页 |
| 3.1 一个包含三步流程的物种鉴定方法 | 第48-49页 |
| 3.2 检测在未知个体中缺失数据时或者数据库中有缺失数据的情况下对物种鉴定成功率的影响 | 第49-50页 |
| 3.3 结果 | 第50-54页 |
| 3.3.1 用实验数据进行多个位点DNA条形码分析 | 第50-52页 |
| 3.3.2 检测缺失数据对多个位点的DNA条形码的影响 | 第52-54页 |
| 3.4 讨论 | 第54-59页 |
| 3.4.1 分析结果讨论 | 第54-55页 |
| 3.4.2 对于物种概念及物种定界的讨论 | 第55-59页 |
| 总结 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-69页 |
| 在校期间的科研情况 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 附录 | 第71-97页 |
