| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 主要符号对照表 | 第9-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-29页 |
| 1.1 课题背景和意义 | 第10-11页 |
| 1.2 系统生物学中的网络分析 | 第11-20页 |
| 1.2.1 拓扑结构分析 | 第11-19页 |
| 1.2.2 图表示的生物学解释 | 第19-20页 |
| 1.3 生物分子网络的动力学分析 | 第20-25页 |
| 1.3.1 稳态分析 | 第21页 |
| 1.3.2 分叉分析 | 第21-22页 |
| 1.3.3 鲁棒性和敏感性分析 | 第22-25页 |
| 1.4 系统控制论在生物系统中应用 | 第25-27页 |
| 1.4.1 功能模块和模体 | 第26页 |
| 1.4.2 生物的反馈系统 | 第26-27页 |
| 1.4.3 振荡在生物系统的应用 | 第27页 |
| 1.5 本文的主要工作和内容安排 | 第27-29页 |
| 第2章 图论与控制论相结合的新视角 | 第29-42页 |
| 2.1 引言 | 第29-30页 |
| 2.2 广度优先搜索算法和启发式搜索 | 第30-31页 |
| 2.3 水平垂直分解算法（HVD） | 第31-32页 |
| 2.4 图论与控制论相结合的算法 | 第32-41页 |
| 2.4.1 构建信号转导网络 | 第32-35页 |
| 2.4.2 生成圈搜寻算法 | 第35-37页 |
| 2.4.3 基于最少反馈原则构建前导模块 | 第37-38页 |
| 2.4.4 确定最优生产单元（MEPU） | 第38-39页 |
| 2.4.5 HVD方法对MEPU分解 | 第39-40页 |
| 2.4.6 反馈模块聚类分解 | 第40-41页 |
| 2.5 小结 | 第41-42页 |
| 第3章 信号转导网络的前导与反馈模块的自动化分解 | 第42-53页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 分解GPCR信号转导网络 | 第42-45页 |
| 3.3 分解MAPK信号转导网络 | 第45-50页 |
| 3.4 分解JAK/STAT信号转导网络 | 第50-52页 |
| 3.5 小结 | 第52-53页 |
| 第4章 信号网络中反馈调控的层次化结构及其动力学功能 | 第53-67页 |
| 4.1 引言 | 第53页 |
| 4.2 反馈调控的层次化结构 | 第53-56页 |
| 4.2.1 局域调控的结构特征 | 第53-55页 |
| 4.2.2 全局调控的多样性 | 第55-56页 |
| 4.3 反馈调控的动力学功能研究 | 第56-64页 |
| 4.3.1 质量作用定理及动力学模拟 | 第57页 |
| 4.3.2 GPCR信号系统IP3对钙火花的调控 | 第57-61页 |
| 4.3.3 MAPK信号系统ERK-PP的震荡产生器 | 第61-63页 |
| 4.3.4 JAK/STAT信号系统 (STAT1n*)2 的基因调控 | 第63-64页 |
| 4.4 讨论与小结 | 第64-67页 |
| 第5章 信号转导网络的鲁棒性与脆弱性的统一 | 第67-77页 |
| 5.1 引言 | 第67页 |
| 5.2 信号转导网络的鲁棒性研究 | 第67-70页 |
| 5.3 核心节点的参数敏感性分析 | 第70-73页 |
| 5.4 鲁棒性与脆弱性的对立于统一 | 第73-75页 |
| 5.5 小结 | 第75-77页 |
| 第6章 C.elegans神经网络结构与功能的探究 | 第77-83页 |
| 6.1 研究的背景以及挑战 | 第77-78页 |
| 6.2 算法改进 | 第78-79页 |
| 6.3 结果分析 | 第79-82页 |
| 6.3.1 化学感知的结构与功能 | 第80-82页 |
| 6.4 小结 | 第82-83页 |
| 第7章 总结和展望 | 第83-86页 |
| 附录A 未被分解前的GPCR信号转导网络结构 | 第86-87页 |
| 附录B GPCR信号转到网络所包含的化学反应以及动力学参数 | 第87-89页 |
| 附录C MAPK信号转到网络所包含的化学反应以及动力学参数 | 第89-92页 |
| 附录D JAK/STAT信号转到网络所包含的化学反应以及动力学参数 | 第92-94页 |
| 附录E C.elegans各功能感受神经元和神经网络分解结构图 | 第94-103页 |
| 参考文献 | 第103-113页 |
| 致谢 | 第113-115页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第115页 |
