| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 前言 | 第13-24页 |
| 1.1 银杏种群传与谱系分化的研究进展 | 第13-17页 |
| 1.1.1 银杏“避难所”种群的探寻 | 第13-15页 |
| 1.1.2 银杏遗传谱系的地理格局、成因和进化过程 | 第15-16页 |
| 1.1.3 银杏谱系分化研究存在的问题 | 第16-17页 |
| 1.2 二代测序技术在植物谱系分化研究中的应用 | 第17-23页 |
| 1.2.1 叶绿体基因组在植物谱系分化研究中的应用 | 第18-21页 |
| 1.2.2 转录组在谱系分化研究中的应用 | 第21-23页 |
| 1.3 研究目的和内容 | 第23-24页 |
| 第二章 银杏叶绿体基因组结构分析及谱系特异性引物开发 | 第24-42页 |
| 2.1 材料与方法 | 第24-29页 |
| 2.1.1 实验材料与数据 | 第24页 |
| 2.1.2 仪器和试剂 | 第24页 |
| 2.1.3 实验方法 | 第24-29页 |
| 2.2 结果 | 第29-40页 |
| 2.2.1 银杏10个叶绿体单倍型基因组序列拼接 | 第29-30页 |
| 2.2.2 叶绿体基因组基因注释 | 第30-35页 |
| 2.2.3 银杏10个叶绿体基因组单倍型的SNP和indels | 第35-37页 |
| 2.2.4 银杏叶绿体单倍型基因组中的SSR查找与引物设计 | 第37-40页 |
| 2.3 讨论 | 第40-42页 |
| 2.3.1 银杏叶绿体基因组重测序结果的质量分析 | 第40页 |
| 2.3.2 银杏10个叶绿体单倍型基因组的结构比较 | 第40页 |
| 2.3.3 银杏10个叶绿体单倍型基因序列进化 | 第40-41页 |
| 2.3.4 SSR标记差异 | 第41-42页 |
| 第三章 银杏东西部谱系分化式样及其分化时间计算 | 第42-62页 |
| 3.1 材料与方法 | 第42-52页 |
| 3.1.1 实验数据获得 | 第42页 |
| 3.1.2 仪器和试剂 | 第42页 |
| 3.1.3 实验数据分析 | 第42-52页 |
| 3.1.3.1 序列矩阵编辑 | 第42-43页 |
| 3.1.3.2 10个银杏单倍型系统发育分析 | 第43-44页 |
| 3.1.3.3 裸子植物系统发育树构建 | 第44-45页 |
| 3.1.3.4 银杏谱系分化时间计算 | 第45-52页 |
| 3.2 结果与分析 | 第52-58页 |
| 3.2.1 银杏10个单倍型叶绿体基因组系统发育关系树的重建 | 第52页 |
| 3.2.2 银杏10个单倍型叶绿体基因组系统发育关系网络图的重建 | 第52-55页 |
| 3.2.3 银杏在裸子植物系统发育树中的位置 | 第55页 |
| 3.2.4 银杏单倍型谱系分化时间计算 | 第55-58页 |
| 3.3 讨论 | 第58-62页 |
| 3.3.1 谱系分化格局及H1分支的进化位置 | 第58-60页 |
| 3.3.2 谱系分化时间 | 第60-62页 |
| 第四章 银杏分布区环境因子比较以及生态位重建 | 第62-71页 |
| 4.1 材料与方法 | 第63-66页 |
| 4.1.1 天目山和金佛山的气候环境概况 | 第63-64页 |
| 4.1.2 近50年来两地环境因子数据收集与差异比较 | 第64页 |
| 4.1.3 银杏ENM生态位重建 | 第64-66页 |
| 4.2 结果 | 第66-70页 |
| 4.2.1 天目山与金佛山近50年环境因子的差异比较 | 第66页 |
| 4.2.2 不同时期的生态位模型模拟 | 第66-69页 |
| 4.2.3 因子贡献度分析 | 第69-70页 |
| 4.3 讨论 | 第70-71页 |
| 4.3.1 影响银杏分布的主导性环境因子和金佛山、天目山两地差异性环境因子 | 第70页 |
| 4.3.2 银杏的分布区变化 | 第70-71页 |
| 第五章 银杏东西谱系的比较转录组分析 | 第71-88页 |
| 5.1 材料与方法 | 第71-74页 |
| 5.1.1 材料 | 第71页 |
| 5.1.2 仪器设备 | 第71-72页 |
| 5.1.3 方法 | 第72-74页 |
| 5.2 结果与分析 | 第74-84页 |
| 5.2.1 银杏东西谱系转录组的测序和拼接 | 第74-75页 |
| 5.2.2 银杏东西谱系转录组功能注释和分类 | 第75页 |
| 5.2.3 表达差异分析 | 第75-80页 |
| 5.2.4 SSR引物标记开发设计 | 第80-81页 |
| 5.2.5 银杏的单拷贝核基因挑选 | 第81-82页 |
| 5.2.6 选择作用Ka/Ks计算 | 第82-84页 |
| 5.3 讨论 | 第84-88页 |
| 5.3.1 Illumina测序与454测序的比较 | 第84-85页 |
| 5.3.2 挖掘与环境因子相关的基因 | 第85-86页 |
| 5.3.3 EST-SSRs的筛选和单拷贝基因 | 第86页 |
| 5.3.4 代谢途径相关的功能基因 | 第86-88页 |
| 第六章 总结与展望 | 第88-90页 |
| 附录 | 第90-91页 |
| 致谢 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-101页 |
