| 致谢 | 第6-8页 |
| 中文摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 缩写,符号,及术语表 | 第14-17页 |
| 绪论 | 第17-20页 |
| 第一部分 代偿期和失代偿期肝硬化病人的肠道菌群研究 | 第20-71页 |
| 1 前言 | 第20-22页 |
| 2 材料和方法 | 第22-32页 |
| 2.1 研究对象 | 第22-25页 |
| 2.2 样品的处理和DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.3 DNA文库构建和高通量测序 | 第26-27页 |
| 2.4 生物信息学分析 | 第27-32页 |
| 3 研究结果 | 第32-66页 |
| 3.1 代偿期肝硬化和失代偿期肝硬化病人的肠道菌群组成 | 第32-41页 |
| 3.2 菌群的多样性分析 | 第41-43页 |
| 3.3 菌群的功能基因分析 | 第43-48页 |
| 3.4 死亡组和生存组的肠道菌群特征 | 第48-56页 |
| 3.5 菌群之间的关系 | 第56-59页 |
| 3.6 代偿期肝硬化诊断模型的构建 | 第59-66页 |
| 4 结论 | 第66-71页 |
| 第二部分 量化宏基因组学的数据分析方法学开发 | 第71-86页 |
| 1 前言 | 第71-75页 |
| 2 结果和讨论 | 第75-86页 |
| 2.1 功能基因的注释 | 第75-83页 |
| 2.2 菌群组成的构建 | 第83-86页 |
| 参考文献 | 第86-94页 |
| 综述 计量宏基因组学数据分析的方法及进展 | 第94-111页 |
| 参考文献 | 第107-111页 |
| 作者简历及在读期间所取得的科研成果 | 第111-113页 |