| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 缩略词中英文对照 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-23页 |
| 1 转录组测序技术 | 第15-17页 |
| 2 转录组的拼接 | 第17-18页 |
| ·基于基因组拼接的转录组 | 第17页 |
| ·从头拼接的转录组 | 第17-18页 |
| 3 转录组的质量评估 | 第18-19页 |
| 4 基于转录组的信号通路构建与分析 | 第19-21页 |
| ·构建信号通路的方法 | 第19-20页 |
| ·信号通路数据库 | 第20页 |
| ·信号通路构建面临的问题 | 第20-21页 |
| 5 研究目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 三化螟和稻纵卷叶螟的转录组分析 | 第23-35页 |
| 摘要 | 第23-24页 |
| 1 材料与方法 | 第24-28页 |
| ·主要试剂和分子生物学仪器设备 | 第24-25页 |
| ·软件系统和计算机设备 | 第25页 |
| ·数据来源 | 第25页 |
| ·供试昆虫的饲养 | 第25页 |
| ·总RNA的提取 | 第25-26页 |
| ·cDNA文库的构建及其测序 | 第26-27页 |
| ·拼接转录组 | 第27页 |
| ·转录组注释 | 第27页 |
| ·转录组表达丰度计算 | 第27-28页 |
| 2 结果与分析 | 第28-33页 |
| ·三化螟和稻纵卷叶螟转录组数据的拼接 | 第28-30页 |
| ·三化螟和稻纵卷叶螟转录组数据表达丰度分析 | 第30页 |
| ·三化螟和稻纵卷叶螟转录组的注释 | 第30-32页 |
| ·三化螟和稻纵卷叶螟转录组数据COG分析 | 第32-33页 |
| 3 讨论 | 第33-35页 |
| 第三章 六种昆虫转录组的比较分析 | 第35-51页 |
| 摘要 | 第35-36页 |
| 1 材料与方法 | 第36-41页 |
| ·数据来源 | 第36-40页 |
| ·软件系统和计算机设备 | 第40页 |
| ·转录组数据的拼接 | 第40页 |
| ·P450基因系统进化树的构建 | 第40页 |
| ·构建气味结合蛋白(OBP)基因系统进化树 | 第40页 |
| ·RNAi相关基因的搜索 | 第40-41页 |
| 2 结果与分析 | 第41-49页 |
| ·六个物种的转录组注释 | 第41-42页 |
| ·六个昆虫中包含有完整CDS的转录组序列 | 第42-43页 |
| ·六个物种的GO分析 | 第43-45页 |
| ·六个昆虫P450基因的进化分析 | 第45-46页 |
| ·六种昆虫中气味结合蛋白(OBP)的进化分析 | 第46-47页 |
| ·RNAi相关基因搜索 | 第47-49页 |
| 3 讨论 | 第49-51页 |
| 第四章 昆虫转录组的质量评估 | 第51-67页 |
| 摘要 | 第51-53页 |
| 1 材料与方法 | 第53-56页 |
| ·数据来源 | 第53页 |
| ·软件系统和设备 | 第53-54页 |
| ·转录组数据的拼接 | 第54页 |
| ·转录组序列分类 | 第54-55页 |
| ·序列长度比值的计算 | 第55页 |
| ·CEGs保守基因的搜索 | 第55页 |
| ·四种转录组序列的表达丰度分析 | 第55-56页 |
| ·使用5个软件分别拼接小菜蛾转录组 | 第56页 |
| ·模拟不同测序深度的果蝇转录组数据 | 第56页 |
| 2 结果 | 第56-65页 |
| ·确定转录组序列的蛋白质编码区域 | 第56-57页 |
| ·评估中华蜜蜂、丝光绿蝇、褐飞虱和烟粉虱转录组数据 | 第57-61页 |
| ·评估不同软件的拼接质量 | 第61-62页 |
| ·评估果蝇的模拟数据 | 第62-63页 |
| ·评估三化螟和稻纵卷叶螟的转录组拼接质量 | 第63-65页 |
| 3 讨论 | 第65-67页 |
| 第五章 昆虫信号通路及其数据库的构建 | 第67-83页 |
| 摘要 | 第67-68页 |
| 1 材料与方法 | 第68-73页 |
| ·数据来源 | 第68-72页 |
| ·软件系统和设备 | 第72页 |
| ·新的转录组序列信号通路注释方法 | 第72页 |
| ·转录组序列拼接 | 第72-73页 |
| ·信号通路中的基因个数统计 | 第73页 |
| ·昆虫翅发育信号通路的构建 | 第73页 |
| 2 结果 | 第73-82页 |
| ·昆虫转录组的信号通路注释流程 | 第73-75页 |
| ·昆虫转录组信号通路的构建 | 第75-77页 |
| ·构建昆虫翅发育信号通路 | 第77-78页 |
| ·淀粉和蔗糖信号通路的构建 | 第78-79页 |
| ·昆虫信号通路数据库(iPathDB)的构建 | 第79-82页 |
| 3 讨论 | 第82-83页 |
| 全文总结 | 第83-85页 |
| 文章创新点 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-95页 |
| 攻读博士学位期间学术论文的发表情况 | 第95-97页 |
| 致谢 | 第97页 |