| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第一章 多药耐药和MATE转运体 | 第11-46页 |
| ·多药耐药和MDR转运体 | 第11页 |
| ·MDR转运体介绍 | 第11-19页 |
| ·ATP结合盒超家族（ABC）转运体 | 第12-14页 |
| ·主要易化超家族（MFS）转运体 | 第14-16页 |
| ·小多药耐药（SMR）转运体 | 第16-18页 |
| ·耐受/生节/细胞分裂家族（RND）转运体 | 第18-19页 |
| ·MATE转运体 | 第19-27页 |
| ·MATE转运体的发现 | 第19-20页 |
| ·MATE转运体的结构 | 第20-23页 |
| ·MATE转运体是抑制细菌和哺乳动物细胞多药耐药的重要靶标 | 第23页 |
| ·环肽抑制剂 | 第23-27页 |
| ·MATE转运体的分子模拟研究进展 | 第27页 |
| ·蛋白质工作机制研究的相关计算方法 | 第27-34页 |
| ·分子动力学模拟 | 第27-30页 |
| ·主成分分析 | 第30-31页 |
| ·动态网络分析 | 第31页 |
| ·平均力势分析 | 第31页 |
| ·动态相关矩阵分析 | 第31-32页 |
| ·结合自由能计算 | 第32-33页 |
| ·Hole分析 | 第33-34页 |
| ·本章小结 | 第34-35页 |
| 参考文献 | 第35-46页 |
| 第二章 Asp41质子化状态的改变引起的PfMATE转运体构象调节的分子模拟研究 | 第46-63页 |
| ·研究背景 | 第46-47页 |
| ·模型和方法 | 第47-49页 |
| ·模拟体系的构建 | 第47页 |
| ·分子动力学模拟 | 第47-48页 |
| ·主成分分析 | 第48-49页 |
| ·结果和讨论 | 第49-58页 |
| ·结构动力学分析 | 第49-51页 |
| ·运动方式分析 | 第51-55页 |
| ·Asp41质子化引起PfMATE转运体形成更加朝外张开的构象 | 第55-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 第三章 PfMATE转运体活性调节机制的分子模拟研究 | 第63-78页 |
| ·研究背景 | 第63-64页 |
| ·模型和方法 | 第64-65页 |
| ·结构准备 | 第64页 |
| ·分子动力学模拟 | 第64-65页 |
| ·结果和讨论 | 第65-71页 |
| ·体系的平衡和动力学特征 | 第65-67页 |
| ·PfMATE转运体的构象调节方式 | 第67-68页 |
| ·运动方式相关的能量分布 | 第68-70页 |
| ·构象调整过程中的信息交流路径 | 第70-71页 |
| ·本章小结 | 第71-72页 |
| 参考文献 | 第72-78页 |
| 第四章 环肽抑制剂MaD5对PfMATE转运体抑制机理的计算模拟研究 | 第78-96页 |
| ·研究背景 | 第78-80页 |
| ·模型和方法 | 第80-81页 |
| ·模拟体系的建立 | 第80页 |
| ·分子动力学模拟 | 第80-81页 |
| ·自由能计算 | 第81页 |
| ·结果和讨论 | 第81-88页 |
| ·原蛋白体系和复合物结合体系构象变化的不同 | 第81-84页 |
| ·MaD5环肽分子抑制了PfMATE转运体的构象调控路径 | 第84-86页 |
| ·MaD5抑制剂与PfMATE转运体的结合模式以及结合自由能研究 | 第86-88页 |
| ·本章小结 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-96页 |
| 第五章 环肽抑制剂和PfMATE转运体的作用机制研究 | 第96-112页 |
| ·研究背景 | 第96-98页 |
| ·模型和方法 | 第98-100页 |
| ·模拟体系的建立 | 第98-99页 |
| ·分子动力学模拟 | 第99页 |
| ·热力学计算 | 第99页 |
| ·自由能分解 | 第99-100页 |
| ·结果和讨论 | 第100-108页 |
| ·体系稳定性的讨论 | 第100-101页 |
| ·相互作用能 | 第101-102页 |
| ·环肽抑制剂与PfMATE转运体相互作用的关键残基 | 第102-105页 |
| ·静电相互作用分析 | 第105-106页 |
| ·相互作用模式分析 | 第106-108页 |
| ·本章小结 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-112页 |
| 第六章 总结和展望 | 第112-114页 |
| 附录 | 第114-122页 |
| 在学期间已发表的论文 | 第122-125页 |
| 致谢 | 第125页 |
