| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 目录 | 第11-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-32页 |
| 1. 转录组学 | 第14-25页 |
| ·转录组学概述 | 第14-15页 |
| ·转录组学研究的方法 | 第15-22页 |
| ·基因芯片技术（Microarray） | 第15-16页 |
| ·表达序列标签技术（EST） | 第16页 |
| ·基因表达系列分析技术（Serial analysis of gene expression，SAGE） | 第16-17页 |
| ·大规模平行测序技术（Massively parallel signature sequencing，MPSS） | 第17-19页 |
| ·RNA 测序技术（RNA sequencing，RNA-Seq） | 第19-22页 |
| ·转录组学研究的现状和内容 | 第22-25页 |
| 2 芽孢杆菌属微生物转录组学研究现状 | 第25-26页 |
| 3 类芽孢杆菌属微生物研究现状 | 第26-27页 |
| 4 胶质类芽孢杆菌研究进展 | 第27-30页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的分类地位 | 第27页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的特性 | 第27-28页 |
| ·生理生化特性 | 第27-28页 |
| ·菌体及菌落特性 | 第28页 |
| ·产荚膜多糖特性 | 第28页 |
| ·产酸特性 | 第28页 |
| ·胶质类芽孢杆菌的功能及相应机理研究进展 | 第28-30页 |
| ·矿物分解作用 | 第28-29页 |
| ·絮凝作用 | 第29页 |
| ·固氮作用 | 第29-30页 |
| ·促生作用 | 第30页 |
| ·胶质类芽孢杆菌分子水平上相关领域的研究进展 | 第30页 |
| 5 课题的立题依据及意义 | 第30-32页 |
| 第二章 转录组样品的制备及 RNA-Seq 测序 | 第32-44页 |
| 1 实验材料 | 第32-33页 |
| ·菌种 | 第32页 |
| ·主要试剂 | 第32-33页 |
| ·主要试剂和培养基的配制 | 第33页 |
| ·主要仪器设备 | 第33页 |
| 2 实验方法 | 第33-39页 |
| ·测序用的菌体的准备 | 第34-35页 |
| ·总 RNA 的制备与质量检验 | 第35-37页 |
| ·RNA 的提取 | 第35页 |
| ·核糖体 RNA 的去除 | 第35-36页 |
| ·RNA 样品中基因组 DNA 的消化 | 第36-37页 |
| ·RNA 样品的质量检测 | 第37页 |
| ·cDNA 文库的构建 | 第37-38页 |
| ·mRNA 的片段化 | 第37-38页 |
| ·cDNA 双链的合成 | 第38页 |
| ·cDNA 的末端修饰 | 第38页 |
| ·3’端腺苷酸化 | 第38页 |
| ·接头连接 | 第38页 |
| ·PCR 扩增富集 | 第38页 |
| ·cDNA 文库测序 | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-43页 |
| ·胶质类芽孢杆菌 KNP414 总 RNA 的提取 | 第39-40页 |
| ·NanoDrop1000 分光光度计检测 | 第39页 |
| ·凝胶电泳检测 | 第39-40页 |
| ·核糖体 RNA 的扣除 | 第40页 |
| ·RNA-Seq 文库制备 | 第40-41页 |
| ·测序 | 第41-43页 |
| 4 小结与讨论 | 第43-44页 |
| 第三章 原始数据的处理 | 第44-48页 |
| 1 数据分析方法 | 第44-45页 |
| ·原始数据的过滤 | 第44页 |
| ·与基因组匹配 | 第44页 |
| ·基因表达水平的标准化 | 第44-45页 |
| ·计算差异表达基因 | 第45页 |
| 2 结果与分析 | 第45-47页 |
| ·数据过滤结果 | 第45-46页 |
| ·与基因组匹配的结果 | 第46页 |
| ·基因表达水平的标准化 | 第46-47页 |
| ·差异基因计算结果 | 第47页 |
| 3 小结与讨论 | 第47-48页 |
| 第四章 差异表达基因的分析 | 第48-57页 |
| 1 数据分析方法 | 第48-50页 |
| ·差异表达基因的 GO 功能富集分析 | 第48-49页 |
| ·差异表达基因的 pathway 富集分析 | 第49-50页 |
| 2 结果与分析 | 第50-56页 |
| ·GO 功能富集分析 | 第50-53页 |
| ·pathway 富集分析 | 第53-54页 |
| ·无氮和有氮生长条件下稳定期样品的转录组特征 | 第54-56页 |
| ·氮代谢过程 | 第54页 |
| ·氨基酸代谢过程 | 第54-55页 |
| ·蛋白质代谢过程 | 第55页 |
| ·孢子萌发过程 | 第55页 |
| ·转运 | 第55-56页 |
| ·信号转导系统 | 第56页 |
| 3 小结与讨论 | 第56-57页 |
| 第五章 总结与展望 | 第57-59页 |
| 1 论文总结 | 第57-58页 |
| 2 展望 | 第58-59页 |
| 附录一 主要生化试剂表 | 第59-60页 |
| 附录二 培养基的配制 | 第60页 |
| 附录三 重要试剂的配制 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 致谢 | 第67页 |
