| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstracts | 第7-12页 |
| 第1章 前言 | 第12-28页 |
| ·布鲁氏菌病原学及布鲁氏菌病的危害 | 第12页 |
| ·布鲁氏菌病的流行以及中国分布特征 | 第12-13页 |
| ·布鲁氏菌的致病机理 | 第13-14页 |
| ·布鲁氏菌比较基因组学研究进展 | 第14-15页 |
| ·RNA-seq 技术与细菌转录组学研究进展 | 第15-22页 |
| ·RNA-seq 技术 | 第18-21页 |
| ·转录组学 | 第21-22页 |
| ·细菌的 sRNA | 第22-23页 |
| ·细菌 sRNA 的筛选及鉴定方法 | 第23-24页 |
| ·sRNA 靶基因的筛选与鉴定 | 第24-25页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第25页 |
| ·本研究的创新性 | 第25-28页 |
| 第2章 材料与方法 | 第28-42页 |
| ·实验材料 | 第28-32页 |
| ·实验菌株、质粒与培养基 | 第28页 |
| ·实验动物 | 第28页 |
| ·主要试剂 | 第28-29页 |
| ·Northern blot 主要试剂及耗材 | 第29-30页 |
| ·主要仪器 | 第30页 |
| ·引物 | 第30-32页 |
| ·实验方法 | 第32-42页 |
| ·细菌体外刺激与总 RNA 的提取 | 第32页 |
| ·RNA 测序 | 第32-33页 |
| ·转录组分析 | 第33页 |
| ·sRNA 分析 | 第33-34页 |
| ·Northern blot 验证 sRNA | 第34-37页 |
| ·sRNA 与相邻基因共转录验证 | 第37页 |
| ·RACE 寻找 BSRs 的转录起点和终点 | 第37页 |
| ·BSR16、BSR17 突变株与过表达株构建 | 第37-38页 |
| ·布鲁氏菌在体外模拟巨噬细胞内环境下的表型实验 | 第38-39页 |
| ·BSR16 与 Hfq 相关性分析 | 第39页 |
| ·sRNAs 的靶基因预测 | 第39-40页 |
| ·双向电泳 | 第40-42页 |
| 第3章 实验结果 | 第42-78页 |
| ·转录组结果分析 | 第42-44页 |
| ·RNA-seq 数据基础分析 | 第42-43页 |
| ·全基因组定位分析 | 第43-44页 |
| ·差异基因表达分析 | 第44-53页 |
| ·营养胁迫条件下参与脂肪酸代谢酶相关基因分析 | 第47-48页 |
| ·营养胁迫条件下 T4SS 系统相关基因富集性高表达 | 第48-49页 |
| ·营养胁迫条件下布鲁氏菌双组分系统发生改变 | 第49-50页 |
| ·营养胁迫条件下布鲁氏菌 ABC 转运系统相关基因低表达 | 第50-52页 |
| ·营养胁迫条件下 O 抗原输出系统基因表达水平下调 | 第52页 |
| ·营养胁迫条件下布鲁氏菌细胞膜发生改变 | 第52-53页 |
| ·布鲁氏菌 sRNA 的预测、鉴定及功能初步分析 | 第53-67页 |
| ·RNA-seq 预测分析布鲁氏菌 sRNA | 第53-54页 |
| ·转录单元预测法预测布鲁氏菌 sRNA | 第54-55页 |
| ·Northern blot 验证 sRNA | 第55-58页 |
| ·sRNA 与相邻基因的共转录验证 | 第58-59页 |
| ·RACE 寻找 BSR16、BSR17 的转录起点和转录终点 | 第59-60页 |
| ·BSR16、BSR17 突变株与过表达株的构建 | 第60-62页 |
| ·BSR16 与 BSR17 表型分析 | 第62-67页 |
| ·sRNA 与靶标基因分析 | 第67-78页 |
| ·sRNA 的靶标 mRNA 预测 | 第67-68页 |
| ·BSR16 与 Hfq 相关性分析 | 第68页 |
| ·16M-BSR16 过表达株全菌蛋白表达的变化 | 第68-78页 |
| 第4章 讨论 | 第78-86页 |
| ·布鲁氏菌比较转录组 | 第78-82页 |
| ·营养胁迫条件下布鲁氏菌的脂肪酸代谢受影响 | 第78-79页 |
| ·营养胁迫条件下 T4SS 系统相关基因富集性高表达 | 第79页 |
| ·营养胁迫条件下布鲁氏菌双组分系统发生改变 | 第79-80页 |
| ·营养胁迫条件下布鲁氏菌细胞膜发生改变 | 第80页 |
| ·营养胁迫条件下 ABC 转运系统发生改变 | 第80-81页 |
| ·营养胁迫条件下布鲁氏菌光滑型粗糙型发生改变 | 第81-82页 |
| ·布鲁氏菌 sRNA | 第82-86页 |
| ·布鲁氏菌 sRNA 的预测 | 第82页 |
| ·Northern blot 验证布鲁氏菌 sRNA | 第82页 |
| ·sRNA 与相邻基因的共转录 | 第82-83页 |
| ·RACE 寻找 sRNA 的转录起点与转录终点 | 第83页 |
| ·布鲁氏菌突变株与过表达株的构建 | 第83页 |
| ·sRNA 与相关表型 | 第83-84页 |
| ·Hfq 与 sRNA | 第84-85页 |
| ·sRNA 与靶基因 | 第85页 |
| ·sRNA 过表达时的蛋白质组学研究 | 第85-86页 |
| 第5章 结论 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-94页 |
| 附表 | 第94-102页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第102-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
