| 中文摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-17页 |
| 1 前言 | 第17-52页 |
| ·miRNA 的概念及特点 | 第17-20页 |
| ·miRNA 的发现 | 第17页 |
| ·miRNA 的概念 | 第17-18页 |
| ·miRNA 的特点 | 第18-19页 |
| ·miRNA 与 siRNA 的关系 | 第19-20页 |
| ·miRNA 在基因组上的分布 | 第20-21页 |
| ·miRNA 的起源与进化 | 第21-26页 |
| ·miRNA 的起源与进化 | 第21-24页 |
| ·miRNA 家族 | 第24-26页 |
| ·miRNA 的生物合成与加工 | 第26-30页 |
| ·miRNA 的合成与加工成熟过程 | 第26-27页 |
| ·动植物 miRNA 合成与加工成熟过程的比较 | 第27页 |
| ·miRNA 产生与加工成熟过程中需要的酶及功能蛋白质 | 第27-30页 |
| ·Drosha 酶 | 第27-28页 |
| ·Dicer 酶 | 第28-29页 |
| ·其它辅助蛋白质 | 第29-30页 |
| ·Agonaute 蛋白家族 | 第30页 |
| ·MIRNA 基因的转录水平表达调控 | 第30-34页 |
| ·植物 MIRNA 基因是由 RNA 聚合酶 II 转录的 | 第31页 |
| ·植物 miRNA 转录水平表达调控 | 第31-34页 |
| ·MIRNA 转录物加工过程的调控 | 第34-41页 |
| ·核酸的帽子结合复合物在 pri-miRNA 的加工过程中起重要作用 | 第34-35页 |
| ·DCL1 (DICER-LIKE1) 复合体对 pri-miRNA 的加工 | 第35-37页 |
| ·miRNA 的成熟及末端修饰 | 第37-39页 |
| ·植物 miRNA 表达的转录后水平调控 | 第39-41页 |
| ·miRNA 的作用方式 | 第41-44页 |
| ·miRNA 与转录后水平的基因沉默 | 第41-42页 |
| ·miRNA 对靶基因的剪切 | 第41-42页 |
| ·miRNA 的翻译抑制作用 | 第42页 |
| ·miRNA 参与转录水平的基因调控 | 第42-43页 |
| ·miRNA 的其它作用方式 | 第43-44页 |
| ·miRNA 的研究方法 | 第44-49页 |
| ·miRNA 的分离与克隆方法 | 第44-47页 |
| ·直接克隆法 | 第44页 |
| ·正向遗传学方法 | 第44页 |
| ·miRNA 文库的构建与测序 | 第44-45页 |
| ·生物信息学方法 | 第45页 |
| ·miRNA 数据库和常用的分析软件 | 第45-47页 |
| ·miRNA 的靶基因预测及生物学鉴定 | 第47-49页 |
| ·生物信息学方法 | 第47-48页 |
| ·mRNA 表达芯片 | 第48页 |
| ·miRNA 靶基因的生物学鉴定 | 第48-49页 |
| ·Intronic miRNA 的研究进展 | 第49页 |
| ·本研究目的意义 | 第49-52页 |
| 2 材料与方法 | 第52-62页 |
| ·实验材料 | 第52-56页 |
| ·植物材料 | 第52页 |
| ·生化试剂 | 第52页 |
| ·实验引物 | 第52-53页 |
| ·植物基因组注释数据、miRNA 数据 | 第53页 |
| ·植物miRNA测序数据、及降解组测序数据 | 第53-54页 |
| ·分析软件及相关网络资源 | 第54-56页 |
| ·实验方法 | 第56-62页 |
| ·本地 BLAST 方法 | 第56页 |
| ·转录因子结合位点预测 | 第56-58页 |
| ·P-Match 的使用 | 第56-57页 |
| ·TF-scan | 第57-58页 |
| ·启动子和转录起始位点预测 | 第58页 |
| ·Bowtie | 第58-59页 |
| ·Mireap | 第59-60页 |
| ·利用降解组数据鉴定 intronic miRNA 的靶基因 | 第60-62页 |
| 3 结果与分析 | 第62-102页 |
| ·pmiRGD 数据库构建 | 第62-72页 |
| ·植物 miRNA 数据、及基因组注释信息收集 | 第62-63页 |
| ·基因间或基因内 miRNA | 第63-65页 |
| ·miRNA 簇 | 第65-66页 |
| ·pri-miRNA | 第66-67页 |
| ·转录起始位点确定、及启动子序列获得 | 第67页 |
| ·转录因子结合位点鉴定 | 第67-69页 |
| ·miRNA 的表达模式 | 第69-72页 |
| ·pmiRGD 数据库的使用 | 第72页 |
| ·拟南芥、水稻 intronic miRNA 分析 | 第72-102页 |
| ·拟南芥、水稻的 intronic miRNA | 第72-80页 |
| ·intronic miRNA 的实验验证 | 第80-82页 |
| ·Intronic miRNA 簇 | 第82页 |
| ·Intronic miRNA 的进化与分歧 | 第82-84页 |
| ·携带 miRNA 内含子的长度分析和启动子分析 | 第84-86页 |
| ·Intronic miRNA 的表达分析 | 第86-87页 |
| ·宿主基因在植物生长发育过程中的表达 | 第87-89页 |
| ·利用降解组数据鉴定 intronic miRNA 的靶基因 | 第89-102页 |
| 4 讨论 | 第102-106页 |
| ·pmiRGD 数据库 | 第102页 |
| ·植物 intronic miRNA | 第102-103页 |
| ·拟南芥、水稻的 intronic miRNA 的分布不同 | 第103-104页 |
| ·Intronic miRNA 的剪接 | 第104-106页 |
| 5 结论 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-125页 |
| 致谢 | 第125-126页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第126页 |
