| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 英文缩写词 | 第10-11页 |
| 前言 | 第11-17页 |
| 第一章.蛋白质鉴定所用搜索数据库的选择及分步搜索策略 | 第17-30页 |
| 1 概述 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-19页 |
| 3 结果 | 第19-27页 |
| ·数据库的物种选择 | 第19-21页 |
| ·跨物种蛋白质鉴定的可行性 | 第19-20页 |
| ·人类蛋白质数据库的不完整性 | 第20页 |
| ·非人类蛋白质数据对人类蛋白质数据的补充非常有限 | 第20-21页 |
| ·各种人类蛋白质数据库的关系和比较 | 第21-24页 |
| ·现有人类蛋白质数据库的关系 | 第21-22页 |
| ·人类蛋白质数据库间冗余度和覆盖率比较 | 第22-24页 |
| ·人类蛋白质数据库的实际搜索效果比较 | 第24页 |
| ·蛋白质鉴定的分步搜索策略 | 第24-26页 |
| ·基本鉴定 | 第24-25页 |
| ·补充鉴定和新蛋白质挖掘 | 第25-26页 |
| ·蛋白质鉴定策略在胎肝蛋白质组研究中的应用 | 第26-27页 |
| 4 讨论 | 第27-30页 |
| 第二章.蛋白质质谱鉴定结果的质量控制和评估 | 第30-54页 |
| 1 概述 | 第30-36页 |
| ·蛋白质质谱鉴定的基本方法 | 第30页 |
| ·蛋白质鉴定的阳性和阴性结果 | 第30-32页 |
| ·串联质谱鉴定结果的质量控制 | 第32页 |
| ·PMF蛋白质鉴定结果的质量控制 | 第32-34页 |
| ·鉴定结果可靠性评估 | 第34页 |
| ·同一个蛋白质的鉴定肽段数——另外一种独立的指标 | 第34-35页 |
| ·HLPP表达谱研究多种技术路线的质量控制策略 | 第35-36页 |
| 2 材料与方法 | 第36-40页 |
| ·鉴定结果可靠性的评估策略 | 第36-40页 |
| 3 结果 | 第40-51页 |
| ·质谱鉴定结果的Group模型 | 第40-43页 |
| ·MALDI-TOF／TOF的PMF或PMF+PFF类型数据的质量控制 | 第43-48页 |
| ·MALDI-TOF／TOF噪音数据的提取 | 第43页 |
| ·MALDI-TOF／TOF数据处理流程 | 第43-48页 |
| ·Shotgun数据的质量控制 | 第48页 |
| ·串联质谱肽段鉴定可靠性评估 | 第48-51页 |
| 4 讨论 | 第51-54页 |
| 第三章.蛋白质组表达谱数据处理、整合及注释体系的构建 | 第54-68页 |
| 1 鉴定的不精确性和蛋白质Group模型 | 第54-57页 |
| ·蛋白质鉴定的Group模型 | 第54-56页 |
| ·鉴定蛋白质Group的获取 | 第56-57页 |
| 2 鉴定结果的整合 | 第57-61页 |
| 3 蛋白质Group内各蛋白质间关系的判断 | 第61页 |
| 4 蛋白质组基本数据处理平台 | 第61-62页 |
| 5 蛋白质组基本性质分析 | 第62-63页 |
| 6 鉴定蛋白质的基本注释 | 第63-64页 |
| 7 讨论 | 第64-66页 |
| 蛋白质组表达谱基本生物信息学研究总结 | 第66-68页 |
| 第四章.全蛋白质组等电点的分布 | 第68-85页 |
| 1 概述 | 第68-69页 |
| 2 材料与方法 | 第69-72页 |
| ·材料 | 第69页 |
| ·方法 | 第69-72页 |
| 3 结果 | 第72-79页 |
| ·不同物种全基因组编码蛋白质组的等电点分布 | 第72-73页 |
| ·随机蛋白质组呈现相似的等电点多峰分布特征 | 第73页 |
| ·等电点多峰分布是由低分子量等电点分布不连续造成的 | 第73-75页 |
| ·极碱区域的等电点峰 | 第75-76页 |
| ·等电点分布偏性证明蛋白质等电点峰和蛋白质亚细胞定位无关 | 第76-77页 |
| ·等电点漂变情况证明蛋白质等电点峰和蛋白质功能无关 | 第77-79页 |
| 4 讨论 | 第79-85页 |
| 附：新报道的研究进展 | 第82-85页 |
| 全文总结 | 第85-86页 |
| 附录 | 第86-101页 |
| 附录1：Group的整合程序处理的一批数据示例 | 第87-90页 |
| 附录2.MALDI-TOF／TOF的高频质量 | 第90-92页 |
| 附录3.MALDI-TOF／TOF数据质量控制处理前后的结果实例 | 第92-101页 |
| 致谢 | 第101-103页 |
| 在读期间发表的论文、摘要列表 | 第103-106页 |
| 在读期间发表论文全文 | 第106-133页 |
