| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 引言 | 第7-19页 |
| ·当前生物信息学数据分析发展 | 第8-12页 |
| ·数据库的使用 | 第9-11页 |
| ·应用软件的使用 | 第11-12页 |
| ·网络应用的使用 | 第12页 |
| ·工作流技术的发展 | 第12-16页 |
| ·本研究的目的 | 第16-19页 |
| 第二章 工作流基本模块的实现 | 第19-28页 |
| ·数据处理基本工具整合 | 第19-20页 |
| ·基本数据挖掘方法整合 | 第20-24页 |
| ·聚类分析 | 第20-22页 |
| ·关联规则分析 | 第22页 |
| ·分类分析 | 第22-24页 |
| ·统计方法的选用 | 第24页 |
| ·第三方软件整合 | 第24-28页 |
| ·命令行调用 | 第25页 |
| ·应用软件平台的整合 | 第25-26页 |
| ·网络服务的整合 | 第26-28页 |
| 第三章 基因组注释工作流构建及分析案例 | 第28-54页 |
| ·基因组注释基本需求 | 第28-38页 |
| ·基因组进展与趋势 | 第28-30页 |
| ·基因组注释流程要求 | 第30-36页 |
| ·当前基因组注释平台发展 | 第36-38页 |
| ·基因组注释及分析实现案例 | 第38-42页 |
| ·原核生物基因组注释分析(乳酸菌) | 第38-39页 |
| ·真核生物基因组注释分析(水稻) | 第39-42页 |
| ·比较基因组分析 | 第42-54页 |
| ·基因组整体比较分析 | 第43-44页 |
| ·全基因组基因比对分析 | 第44-46页 |
| ·进化基因组学 | 第46-47页 |
| ·乳酸菌比较基因组分析 | 第47-49页 |
| ·病毒基因组注释分析(SARS) | 第49-54页 |
| 第四章 转录组数据分析基本方法、平台构建及分析案例 | 第54-87页 |
| ·转录组注释的基本需求 | 第54-71页 |
| ·转录组数据的需求 | 第54页 |
| ·转录组数据主要分析方法及分析流程 | 第54-71页 |
| ·数据分析应用案例 | 第71-87页 |
| ·人肝组织转录组数据分析 | 第71-79页 |
| ·真核生物基因cis转录调控元件方向和位置相关特性的研究 | 第79-84页 |
| ·基因转录水平扰动敏感性分析 | 第84-87页 |
| 第五章 蛋白质组注释工作流构建及分析案例 | 第87-97页 |
| ·蛋白质组注释的基本需求 | 第87-97页 |
| ·蛋白质组数据分析需求 | 第87-96页 |
| ·蛋白质数据分析流程 | 第96-97页 |
| 第六章 代谢组注释工作流构建 | 第97-101页 |
| ·代谢组注释的基本需求 | 第97-101页 |
| ·代谢组学研究的基本需求 | 第97-98页 |
| ·代谢组学研究工作流设计与实现 | 第98-101页 |
| 第七章 分子进化分析工作流平台构建 | 第101-109页 |
| ·分子进化研究的需求 | 第101-109页 |
| ·分子进化研究的意义与基础 | 第101-103页 |
| ·分子进化研究的基本方法 | 第103页 |
| ·分子进化工作流的构建 | 第103-104页 |
| ·分子进化工作流的应用案例 | 第104-109页 |
| 第八章 工作流仓库OmicsExplorer的构建 | 第109-113页 |
| ·工作流仓库设计 | 第109-113页 |
| ·构建OmicsExplorer的目的 | 第109页 |
| ·OmicssExplorer的结构 | 第109-110页 |
| ·OmicssExplorer的实现 | 第110-113页 |
| 第九章 讨论与展望 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-124页 |
| 攻读博士学位期间发表及完成的论文目录 | 第124-129页 |
