| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-15页 |
| 1 导论 | 第15-29页 |
| ·数量性状关联基因及基因座鉴别 | 第15-17页 |
| ·候选基因法 | 第15-16页 |
| ·数量性状基因座的定位 | 第16页 |
| ·全基因组关联分析 | 第16-17页 |
| ·猪基因组及生长关联基因及QTL | 第17-26页 |
| ·猪基因组研究概况 | 第17-18页 |
| ·猪生长关联基因及QTL | 第18-26页 |
| ·目的与意义 | 第26-29页 |
| 2 候选基因集法及其分析流程 | 第29-41页 |
| ·引言 | 第29页 |
| ·分析流程 | 第29-40页 |
| ·基因集的定义 | 第29-33页 |
| ·QTL上的映射 | 第33-35页 |
| ·SNP点的推断 | 第35-36页 |
| ·SNP检测分型 | 第36-38页 |
| ·关联分析 | 第38-39页 |
| ·功能验证 | 第39-40页 |
| ·结论与讨论 | 第40-41页 |
| 3 骨骼肌再生时间序列芯片数据的转录因子分析 | 第41-59页 |
| ·引言 | 第41-42页 |
| ·材料与方法 | 第42-44页 |
| ·数据检索与收集 | 第42页 |
| ·数据预处理 | 第42页 |
| ·基因表达差异显著性分析 | 第42-43页 |
| ·表达差异显著基因的聚类分析 | 第43页 |
| ·表达差异显著基因的GO分析 | 第43页 |
| ·鼠转录因子数据集 | 第43页 |
| ·DNA结合位点分析 | 第43-44页 |
| ·时延皮尔逊相关（PCC） | 第44页 |
| ·结果 | 第44-55页 |
| ·基因的选择与聚类 | 第44-51页 |
| ·基因簇启动子区域扫描及调控关系分析 | 第51页 |
| ·转录因子与基因簇间关系分析 | 第51-55页 |
| ·讨论 | 第55-57页 |
| ·结论 | 第57-59页 |
| 4 IGF1-FoxO 通路进化分析 | 第59-73页 |
| ·引言 | 第59-60页 |
| ·材料与方法 | 第60-62页 |
| ·序列获取 | 第60页 |
| ·系统发育树的构建 | 第60-61页 |
| ·密码子偏性分析 | 第61页 |
| ·氨基酸替代率的估计 | 第61-62页 |
| ·统计分析 | 第62页 |
| ·结果 | 第62-70页 |
| ·选取用于分析IGF1-FoxO通路的物种 | 第62页 |
| ·IGF1-FoxO通路成员的确定 | 第62-63页 |
| ·密码子的偏性分析及与GC3 的关系 | 第63-66页 |
| ·dN/dS与通路位置之间的关系 | 第66-70页 |
| ·通路基因正选择检测 | 第70页 |
| ·讨论 | 第70-72页 |
| ·结论 | 第72-73页 |
| 5 IGF1-FoxO 通路成员与 QTL 映射分析 及 SNP 的推断 | 第73-85页 |
| ·引言 | 第73-74页 |
| ·材料与方法 | 第74-76页 |
| ·通路基因与QTL数据库映射 | 第74页 |
| ·Trace序列获取 | 第74页 |
| ·序列数据的格式化 | 第74-76页 |
| ·序列聚类与排比 | 第76页 |
| ·结果 | 第76-81页 |
| ·猪IGF1-FoxO通路成员的确定 | 第76-79页 |
| ·猪IGF1-FoxO通路成员的QTL数据库的映射分析 | 第79-80页 |
| ·猪IGF1-FoxO通路成员的聚类结果 | 第80-81页 |
| ·讨论 | 第81-83页 |
| ·结论 | 第83-85页 |
| 6 IGF1-FoxO 通路 SNP 的检测分型 及性状的关联分析 | 第85-107页 |
| ·引言 | 第85-87页 |
| ·材料与方法 | 第87-93页 |
| ·试验动物及材料 | 第87页 |
| ·主要仪器设备 | 第87-88页 |
| ·主要试剂药品 | 第88-89页 |
| ·主要分子生物学软件和互联网资源 | 第89页 |
| ·分子主要实验方法 | 第89-92页 |
| ·数据的统计分析 | 第92-93页 |
| ·结果 | 第93-102页 |
| ·基因组DNA质量的检测 | 第93页 |
| ·SNaPshot与PCR-RFLP结果 | 第93-95页 |
| ·杜长大三元杂猪群通路成员的基因频率、基因型频率及与性状间的关联分析 | 第95-102页 |
| ·通路成员基因序列的生物信息学分析 | 第102页 |
| ·讨论 | 第102-105页 |
| ·结论 | 第105-107页 |
| 7 结语 | 第107-109页 |
| ·结论 | 第107-108页 |
| ·展望 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-119页 |
| 附录 论文中应用的生物学相关软件及数据库 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 攻读博士学位期间发表或录用的论文 | 第123-124页 |
| 学术论文 | 第123-124页 |
| 专利及软件著作权 | 第124页 |
