| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRCT | 第8-9页 |
| 前言 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-37页 |
| 第一节 灵芝研究概述 | 第12-17页 |
| 1 灵芝的药用价值研究概况 | 第12-13页 |
| 2 灵芝木质素酶系的诱导调控和环境应用 | 第13-15页 |
| 3 灵芝的基因组及转录组研究概况 | 第15-17页 |
| 第二节 天然反义转录本研究概述 | 第17-23页 |
| 1 NATs的发现 | 第17-18页 |
| 2 NATs的典型特征 | 第18-19页 |
| 3 常用鉴定NATs的方法 | 第19-20页 |
| 4 NATs的作用机制 | 第20-21页 |
| 5 真菌NATs的功能 | 第21-23页 |
| 第三节 环状RNA研究进展 | 第23-35页 |
| 1 circRNAs的发现 | 第23-24页 |
| 2 circRNAs的起源机制 | 第24-26页 |
| 3 circRNAs的典型特征 | 第26-27页 |
| 4 circRNAs的发现 | 第27-31页 |
| 5 circRNAs的功能 | 第31-35页 |
| 第四节 本研究的目的及意义 | 第35-36页 |
| 第五节 本文研究内容 | 第36-37页 |
| 第二章 灵芝菌丝、原基及子实体样品的链特异性转录组分析 | 第37-51页 |
| 第一节 样品来源 | 第37-41页 |
| 1 实验材料 | 第37-38页 |
| 2 实验方法 | 第38-39页 |
| 3 结果与讨论 | 第39-41页 |
| 第二节 样品的建库测序以及测序数据的清洗 | 第41-50页 |
| 1 实验材料 | 第41-42页 |
| 2 实验方法 | 第42-46页 |
| 3 结果与讨论 | 第46-50页 |
| 第三节 本章小结 | 第50-51页 |
| 第三章 灵芝NATs的发现及功能解析 | 第51-81页 |
| 第一节 灵芝ssRNA-seq数据与参考基因组比对分析 | 第51-57页 |
| 1 生物信息学分析软件 | 第51页 |
| 2 数据分析 | 第51-54页 |
| 3 结果与讨论 | 第54-57页 |
| 第二节 NATs_finder生物信息学分析流程的建立 | 第57-61页 |
| 1 生物信息学分析软件 | 第57页 |
| 2 数据分析 | 第57-60页 |
| 3 结果与讨论 | 第60-61页 |
| 第三节 灵芝NATs的特征分析和实验验证 | 第61-75页 |
| 1 实验材料 | 第61页 |
| 2 数据分析 | 第61-65页 |
| 3 结果与讨论 | 第65-75页 |
| 第四节 NATs对灵芝木质素降解途径中酶系的调控解析 | 第75-80页 |
| 1 生物信息学分析软件 | 第75页 |
| 2 数据分析 | 第75-76页 |
| 3 结果与讨论 | 第76-80页 |
| 第五节 本章小结 | 第80-81页 |
| 第四章 灵芝circRNAs的发现和功能解析 | 第81-114页 |
| 第一节 灵芝circRNAs的发现和实验验证 | 第81-100页 |
| 1 实验材料 | 第81-82页 |
| 2 数据分析 | 第82-89页 |
| 3 结果与讨论 | 第89-100页 |
| 第二节 灵芝exonic circRNAs的功能解析 | 第100-113页 |
| 1 生物信息学分析软件 | 第100页 |
| 2 数据分析 | 第100-101页 |
| 3 结果与讨论 | 第101-113页 |
| 第三节 本章小结 | 第113-114页 |
| 第五章 源基因、NATs与circRNAs的互作分析及功能解析 | 第114-123页 |
| 第一节 源基因、cis-NATs与exonic circRNAs的互作分析 | 第114-118页 |
| 1 数据分析 | 第114-115页 |
| 2 结果与讨论 | 第115-118页 |
| 第二节 具有相互作用的cis-NATs与exonic circRNAs的功能解析 | 第118-122页 |
| 1 数据分析 | 第118页 |
| 2 结果与讨论 | 第118-122页 |
| 第三节 本章小结 | 第122-123页 |
| 总结与展望 | 第123-126页 |
| 1 总结 | 第123-124页 |
| 2 创新点 | 第124-125页 |
| 3 展望 | 第125-126页 |
| 参考文献 | 第126-135页 |
| 致谢 | 第135-136页 |
| 作者简介 | 第136-137页 |
| 攻读学位期间主要研究成果 | 第137-138页 |
| 附录 | 第138-325页 |
