| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 符号和缩略语说明 | 第12-14页 |
| 绪论 | 第14-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-30页 |
| 1 反刍动物瘤胃的主要功能 | 第16-18页 |
| 1.1 瘤胃微生物消化功能 | 第16页 |
| 1.2 瘤胃上皮的吸收功能 | 第16-17页 |
| 1.3 瘤胃上皮的屏障功能 | 第17-18页 |
| 2 肠道微生物的生理功能 | 第18-19页 |
| 2.1 肠道微生物的免疫调节作用 | 第18-19页 |
| 2.2 饮食对肠道微生物的影响 | 第19页 |
| 3 正常状态下,肠道上皮对共生微生物的免疫耐受机制 | 第19-23页 |
| 3.1 肠道上皮天然免疫屏障对肠道免疫稳态的维持 | 第20页 |
| 3.2 肠道上皮免疫调控网络对肠道免疫稳态的维持 | 第20-21页 |
| 3.3 微生物对肠道免疫稳态的维持机制 | 第21-23页 |
| 4 TLRs在肠道免疫调控网络中的作用机制 | 第23-27页 |
| 4.1 TLRs结构和识别配体 | 第23-25页 |
| 4.2 TLR胞内信号转导过程 | 第25-27页 |
| 5 16S rRNA基因测序技术在肠道微生物研究中的应用 | 第27-28页 |
| 6 研究目的和意义 | 第28-30页 |
| 第二章 瘤胃微生物16S扩增子测序分析 | 第30-46页 |
| 1 前言 | 第30页 |
| 2 材料和方法 | 第30-34页 |
| 2.1 实验材料 | 第30-31页 |
| 2.2 样本收集 | 第31-32页 |
| 2.3 瘤胃微生物宏基因组DNA提取 | 第32-33页 |
| 2.4 瘤胃微生物16S rRNA基因扩增子文库构建及测序 | 第33-34页 |
| 2.5 16S宏基因组测序数据分析 | 第34页 |
| 3 结果与分析 | 第34-43页 |
| 3.1 瘤胃微生物16S rRNA基因文库 | 第34-35页 |
| 3.2 原始测序数据处理及OTU聚类 | 第35-36页 |
| 3.3 微生物群落组成统计分析 | 第36-39页 |
| 3.4 微生物群落多样性比较分析 | 第39-40页 |
| 3.5 微生物群落Biomarker分析 | 第40-41页 |
| 3.6 微生物进化关系及丰富度比较 | 第41-42页 |
| 3.7 机会性病原菌丰富度比较 | 第42-43页 |
| 4 讨论 | 第43-44页 |
| 5 本章小结 | 第44-46页 |
| 第三章 瘤胃上皮TLRs信号通路基因表达分析 | 第46-54页 |
| 1 前言 | 第46页 |
| 2 材料和方法 | 第46-50页 |
| 2.1 实验材料 | 第46-47页 |
| 2.2 瘤胃上皮组织RNA提取 | 第47页 |
| 2.3 cDNA合成 | 第47-48页 |
| 2.4 荧光定量PCR | 第48-50页 |
| 3 结果与分析 | 第50-51页 |
| 3.1 TLRs信号通路基因表达量分析 | 第50-51页 |
| 3.2 显著表达的TLRs与Biomarkers之间的关系 | 第51页 |
| 4 讨论 | 第51-52页 |
| 5 本章小结 | 第52-54页 |
| 第四章 瘤胃中SCFA浓度测定及上皮SCFA吸收相关基因表达分析 | 第54-62页 |
| 1 前言 | 第54-55页 |
| 2 材料和方法 | 第55-58页 |
| 2.1 实验材料 | 第55-56页 |
| 2.2 试剂 | 第56页 |
| 2.3 主要仪器 | 第56页 |
| 2.4 瘤胃液PH及SCFA测定 | 第56页 |
| 2.5 RNA提取及荧光定量PCR分析 | 第56-57页 |
| 2.6 数据分析 | 第57-58页 |
| 3 结果与分析 | 第58-60页 |
| 3.1 不同NFC营养水平对瘤胃液PH值和SCFA浓度的影响 | 第58-59页 |
| 3.2 瘤胃上皮与SCFA吸收相关基因表达的定量分析 | 第59-60页 |
| 4 讨论 | 第60-61页 |
| 5 本章小结 | 第61-62页 |
| 结论 | 第62-64页 |
| 本文创新点 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-78页 |
| 附录 | 第78-82页 |
| 致谢 | 第82-84页 |
| 攻读学位期间取得的学术成果目录 | 第84页 |
