| 摘要 | 第10-12页 |
| 英文摘要 | 第12-14页 |
| 1 引言 | 第15-27页 |
| 1.1 植物叶绿体基因组研究 | 第15-18页 |
| 1.1.1 植物叶绿体 | 第15页 |
| 1.1.2 叶绿体的起源 | 第15-16页 |
| 1.1.3 叶绿体基因组结构及特点 | 第16-17页 |
| 1.1.4 叶绿体基因组的应用 | 第17-18页 |
| 1.2 植物线粒体基因组研究 | 第18-21页 |
| 1.2.1 植物线粒体 | 第18-19页 |
| 1.2.2 线粒体的起源 | 第19页 |
| 1.2.3 线粒体基因组结构及特点 | 第19-20页 |
| 1.2.4 线粒体基因组的应用 | 第20-21页 |
| 1.3 西瓜、甜瓜细胞器基因组研究 | 第21-22页 |
| 1.4 植物叶绿体和线粒体基因组的测序方法 | 第22-23页 |
| 1.4.1 叶绿体和线粒体基因组的测序现状 | 第22页 |
| 1.4.2 植物材料的选取 | 第22-23页 |
| 1.4.3 叶绿体和线粒体测序方法 | 第23页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第23-25页 |
| 1.6 研究内容及技术路线 | 第25-27页 |
| 1.6.1 研究内容 | 第25-26页 |
| 1.6.2 本研究的技术路线 | 第26-27页 |
| 2 材料与方法 | 第27-38页 |
| 2.1 田间试验 | 第27-28页 |
| 2.1.1 田间试验材料 | 第27页 |
| 2.1.2 田间试验设计 | 第27页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第27页 |
| 2.1.4 果实相关性状测量方法 | 第27-28页 |
| 2.1.5 表型数据统计分析方法 | 第28页 |
| 2.2 分子试验 | 第28-33页 |
| 2.2.1 分子试验材料 | 第28页 |
| 2.2.2 分子试验及数据分析时间与流程 | 第28-29页 |
| 2.2.3 分子试验药品及主要仪器 | 第29页 |
| 2.2.4 基因组提取方法 | 第29-32页 |
| 2.2.5 基因组测序方法 | 第32页 |
| 2.2.6 SSR标记引物扩增效率验证 | 第32-33页 |
| 2.3 生物信息学分析 | 第33-38页 |
| 2.3.1 细胞器基因组序列拼接 | 第33-35页 |
| 2.3.2 细胞器基因组序列分析 | 第35-36页 |
| 2.3.3 细胞器基因组比较分析 | 第36页 |
| 2.3.4 甜瓜线粒体RNA编辑 | 第36页 |
| 2.3.5 基于细胞器基因组的遗传多样性分析 | 第36-37页 |
| 2.3.6 系统进化关系分析 | 第37页 |
| 2.3.7 叶片单细胞中细胞器DNA拷贝数分析 | 第37-38页 |
| 3 结果与分析 | 第38-93页 |
| 3.1 西瓜叶绿体基因组的测序、组装与分析 | 第38-50页 |
| 3.1.1 西瓜全基因组测序数据 | 第38页 |
| 3.1.2 研发西瓜叶绿体基因组从头组装新策略 | 第38-41页 |
| 3.1.3 西瓜叶绿体基因组基本特征 | 第41-46页 |
| 3.1.4 西瓜叶绿体基因组重复序列分析 | 第46-50页 |
| 3.2 基于叶绿体基因组的种内群体遗传分析 | 第50-58页 |
| 3.2.1 西瓜群体种内叶绿体基因组单核苷酸多样性分析 | 第50-51页 |
| 3.2.2 西瓜群体结构分析 | 第51-52页 |
| 3.2.3 西瓜不同群体内果实相关重要性状 | 第52-53页 |
| 3.2.4 西瓜不同群体间叶绿体基因组遗传进化分析 | 第53-54页 |
| 3.2.5 甜瓜群体种内叶绿体基因组单核苷酸多样性分析 | 第54-55页 |
| 3.2.6 甜瓜群体结构分析 | 第55-56页 |
| 3.2.7 甜瓜不同群体内的果实相关重要性状 | 第56-58页 |
| 3.2.8 甜瓜不同群体间叶绿体基因组遗传进化分析 | 第58页 |
| 3.3 叶绿体比较基因组学分析 | 第58-69页 |
| 3.3.1 完善葫芦科植物的叶绿体基因组数据库 | 第58-59页 |
| 3.3.2 基因组的结构、大小、GC含量及基因序列 | 第59-61页 |
| 3.3.3 叶绿体蛋白编码基因变异分析 | 第61-62页 |
| 3.3.4 叶绿体基因组共线性关系分析 | 第62-63页 |
| 3.3.5 叶绿体基因组DNA Barcoding开发 | 第63-65页 |
| 3.3.6 叶绿体基因组反向重复区的收缩与扩张 | 第65-66页 |
| 3.3.7 叶绿体基因组重复序列及SSR遗传标记开发 | 第66-68页 |
| 3.3.8 葫芦科植物的系统进化关系分析 | 第68-69页 |
| 3.4 甜瓜线粒体基因组测序、组装与分析 | 第69-74页 |
| 3.4.1 线粒体基因组及全基因测序数据 | 第69-70页 |
| 3.4.2 甜瓜线粒体基因组从头组装流程 | 第70-72页 |
| 3.4.3 甜瓜线粒体基因组结构特征 | 第72-74页 |
| 3.5 线粒体比较基因组学分析 | 第74-84页 |
| 3.5.1 葫芦科植物线粒体基因组 | 第74页 |
| 3.5.2 基因组结构、大小、GC含量及重复序列 | 第74-76页 |
| 3.5.3 蛋白编码基因、内含子、rRNA及tRNA | 第76-80页 |
| 3.5.4 RNA编辑 | 第80-82页 |
| 3.5.5 线粒体基因组共线性关系分析 | 第82-83页 |
| 3.5.6 基于线粒体基因的系统进化分析 | 第83-84页 |
| 3.6 细胞器基因组间比较基因组学分析 | 第84-93页 |
| 3.6.1 西瓜叶绿体与线粒体基因组间比较分析 | 第84-89页 |
| 3.6.2 甜瓜叶绿体与线粒体基因组间比较分析 | 第89-93页 |
| 4 讨论 | 第93-98页 |
| 4.1 叶绿体基因组组装 | 第93页 |
| 4.2 西瓜叶绿体基因组的结构特征 | 第93-94页 |
| 4.3 线粒体基因组组装 | 第94-95页 |
| 4.4 甜瓜线粒体基因组的结构特征 | 第95-96页 |
| 4.5 西瓜、甜瓜细胞器基因组间序列迁移 | 第96页 |
| 4.6 西瓜、甜瓜种内遗传多样性 | 第96-97页 |
| 4.7 葫芦科植物系统进化关系 | 第97页 |
| 4.8 本研究的创新点 | 第97-98页 |
| 5 结论 | 第98-100页 |
| 5.1 完成并公布了首个西瓜叶绿体基因组及甜瓜线粒体基因组完整序列 | 第98页 |
| 5.2 提出了一套基于高通量测序数据进行高效拼接叶绿体基因组的新策略 | 第98页 |
| 5.3 开发了葫芦科植物叶绿体基因组中DNA barcoding和SSR分子标记 | 第98-99页 |
| 5.4 将西瓜、甜瓜叶绿体全基因组应用于群体结构及遗传多样性分析的研究 | 第99-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-111页 |
| 附录 | 第111-145页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第145页 |
