| 中文摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第14-41页 |
| 1.1 纳米材料简介 | 第14页 |
| 1.2 纳米材料与生物分子之间的相互作用 | 第14-16页 |
| 1.3 碳基纳米材料简介 | 第16-25页 |
| 1.3.1 富勒烯及其衍生物 | 第18-20页 |
| 1.3.2 碳纳米管 | 第20-22页 |
| 1.3.3 石墨烯 | 第22-25页 |
| 1.4 分子动力学模拟在生物纳米材料领域的应用 | 第25-26页 |
| 1.5 本文主要研究内容 | 第26-27页 |
| 参考文献 | 第27-41页 |
| 第二章 研究方法和理论基础 | 第41-59页 |
| 2.1 分子动力学模拟简介 | 第41-42页 |
| 2.2 分子动力学模拟基本原理 | 第42-46页 |
| 2.2.1 运动方程 | 第42-43页 |
| 2.2.2 分子力场 | 第43-45页 |
| 2.2.3 系综 | 第45页 |
| 2.2.4 周期性条件 | 第45-46页 |
| 2.3 分子动力学模拟步骤 | 第46-48页 |
| 2.3.1 构建初始构型和设定初始条件 | 第46-47页 |
| 2.3.2 体系平衡 | 第47页 |
| 2.3.3 数据输出和分析 | 第47-48页 |
| 2.4 拉伸分子动力学 | 第48-50页 |
| 2.5 分子对接 | 第50-51页 |
| 2.5.1 分子对接原理以及分类 | 第50页 |
| 2.5.2 分子对接算法以及打分函数 | 第50-51页 |
| 2.5.3 分子对接在纳米材料领域中的应用 | 第51页 |
| 2.6 动力学模拟的优点和局限性 | 第51-52页 |
| 2.7 相关软件介绍 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 第三章 富勒烯衍生物作为酪氨酸磷酸酶抑制剂的分子动力学研究 | 第59-88页 |
| 3.1 研究背景 | 第59-61页 |
| 3.2 模拟体系的搭建以及MD模拟条件设置 | 第61-63页 |
| 3.2.1 模拟体系搭建 | 第61-62页 |
| 3.2.2 分子对接方法 | 第62页 |
| 3.2.3 分子动力学模拟 | 第62-63页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第63-80页 |
| 3.3.1 C_(60)(NH_2)_(30)以及C_(60)(OH)_(30)结构的合理性 | 第63-65页 |
| 3.3.2 富勒烯及其衍生物分子与CD45的结合模式 | 第65-70页 |
| 3.3.3 富勒烯及其衍生物分子与CD45的相互作用 | 第70-72页 |
| 3.3.4 CD45中D1与D2结构域之间相互作用的破坏 | 第72-76页 |
| 3.3.5 CD45中D1与D2结构域的构象变化 | 第76-80页 |
| 3.4 本章小结 | 第80页 |
| 参考文献 | 第80-88页 |
| 第四章 聚合碳纳米管抑制酪氨酸羟化酶活性的分子动力学研究 | 第88-110页 |
| 4.1 研究背景 | 第88-90页 |
| 4.2 体系准备以及动力学模拟条件设置 | 第90-93页 |
| 4.2.1 体系准备 | 第90-92页 |
| 4.2.2 模拟条件设置 | 第92-93页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第93-103页 |
| 4.3.1 TyrOH在三种碳纳米管上的吸附行为 | 第93-96页 |
| 4.3.2 TyrOH整体结构的构象变化 | 第96-98页 |
| 4.3.3 TyrOH活性口袋的构象变化 | 第98-102页 |
| 4.3.4 直径相同的7-(10,10)CNTs和(35,35)CNT之间的区别 | 第102-103页 |
| 4.4 本章小结 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-110页 |
| 第五章 聚合碳纳米管提高多巴胺转运体性能的分子动力学研究 | 第110-128页 |
| 5.1 研究背景 | 第110-111页 |
| 5.2 模拟体系搭建以及模拟条件设置 | 第111-114页 |
| 5.2.1 模拟体系搭建 | 第111-112页 |
| 5.2.2 MD模拟条件设置 | 第112-114页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第114-122页 |
| 5.3.1 DAT在三种碳纳米管表面的吸附 | 第114-116页 |
| 5.3.2 碳纳米管对DAT整体结构的影响 | 第116-118页 |
| 5.3.3 碳纳米管对DAT活性口袋以及抑制剂分子结合能力的影响 | 第118-121页 |
| 5.3.4 7-(10,10)CNTs和(35,35)CNT具有不同抑制效果的原因 | 第121-122页 |
| 5.4 本章小结 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-128页 |
| 第六章 石墨烯纳米孔在检测蛋白质折叠过程以及测序中的应用 | 第128-151页 |
| 6.1 研究背景 | 第128-130页 |
| 6.2 体系准备和模拟条件设置 | 第130-133页 |
| 6.2.1 体系准备 | 第130-131页 |
| 6.2.2 分子动力学模拟条件设置 | 第131-132页 |
| 6.2.3 纳米孔内电流的计算方法 | 第132-133页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第133-143页 |
| 6.3.1 Trx在石墨烯纳米孔中的迁移行为 | 第134-140页 |
| 6.3.2 Trx在石墨烯纳米孔中迁移引起的电流变化 | 第140-143页 |
| 6.4 本章小结 | 第143-144页 |
| 参考文献 | 第144-151页 |
| 第七章 总结与展望 | 第151-155页 |
| 7.1 总结 | 第151-153页 |
| 7.2 展望 | 第153-155页 |
| 攻读博士期间发表论文 | 第155-156页 |
| 致谢 | 第156-158页 |
