| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-23页 |
| 1.1 奶牛乳房炎概述 | 第15-17页 |
| 1.1.1 中国奶牛乳房炎现状 | 第15-16页 |
| 1.1.2 奶牛乳房炎的诊断 | 第16页 |
| 1.1.3 奶牛乳房炎与抗生素耐药性 | 第16-17页 |
| 1.2 金黄色葡萄球菌 | 第17-19页 |
| 1.2.1 病原学 | 第17页 |
| 1.2.2 毒力因子 | 第17-18页 |
| 1.2.3 耐药性 | 第18页 |
| 1.2.4 分型方法 | 第18-19页 |
| 1.2.5 小菌落突变株 | 第19页 |
| 1.3 金黄色葡萄球菌与奶牛乳房炎 | 第19-20页 |
| 1.4 微生物感染与细胞防御 | 第20-21页 |
| 1.4.1 先天性免疫反应 | 第20-21页 |
| 1.4.2 乳腺上皮细胞的防御功能 | 第21页 |
| 1.5 转录组测序 | 第21页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第二章 金黄色葡萄球菌毒力基因检测与分型 | 第23-34页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 材料与试剂 | 第23-24页 |
| 2.2.1 细菌来源 | 第23页 |
| 2.2.2 主要试剂和耗材 | 第23-24页 |
| 2.2.3 细菌培养基的配制 | 第24页 |
| 2.2.4 仪器设备 | 第24页 |
| 2.2.5 生物信息学分析软件 | 第24页 |
| 2.3 实验方法 | 第24-26页 |
| 2.3.1 金葡菌基因组DNA的提取 | 第24-25页 |
| 2.3.2 毒力基因检测 | 第25页 |
| 2.3.3 hla基因分型及进化树分析 | 第25-26页 |
| 2.3.4 SPA分型和MLST分型 | 第26页 |
| 2.4 结果 | 第26-32页 |
| 2.4.1 金葡菌毒力基因的检测 | 第26-27页 |
| 2.4.2 金葡菌SPA分型和MLST分型 | 第27-28页 |
| 2.4.3 hla基因分型 | 第28-30页 |
| 2.4.4 hla基因和MLST序列的进化树分析 | 第30-31页 |
| 2.4.5 毒力基因谱、hla基因分型和菌株分子分型的相关性 | 第31-32页 |
| 2.5 讨论 | 第32-33页 |
| 2.6 小结 | 第33-34页 |
| 第三章 金黄色葡萄球菌耐药性和1型整合子检测 | 第34-46页 |
| 3.1 引言 | 第34页 |
| 3.2 试剂与材料 | 第34-36页 |
| 3.2.1 主要试剂和耗材 | 第34页 |
| 3.2.2 菌株来源 | 第34-35页 |
| 3.2.3 抗生素的配制 | 第35页 |
| 3.2.4 耐药基因引物序列 | 第35-36页 |
| 3.3 试验方法 | 第36-37页 |
| 3.3.1 抗生素耐药性检测 | 第36页 |
| 3.3.2 抗生素耐药基因的检测和整合子序列的检测 | 第36-37页 |
| 3.3.3 基因盒可变区序列分析 | 第37页 |
| 3.3.4 相关性分析 | 第37页 |
| 3.4 结果 | 第37-43页 |
| 3.4.1 药物敏感实验 | 第37-39页 |
| 3.4.2 耐药基因检测结果 | 第39-40页 |
| 3.4.3 1型整合子检测结果 | 第40-42页 |
| 3.4.4 耐药表型、基因型和1型整合子相关性分析 | 第42-43页 |
| 3.5 讨论 | 第43-45页 |
| 3.6 小结 | 第45-46页 |
| 第四章 金黄色葡萄球菌及其小菌落突变株致细胞凋亡的研究 | 第46-61页 |
| 4.1 引言 | 第46页 |
| 4.2 试剂与耗材 | 第46-47页 |
| 4.2.1 菌株 | 第46页 |
| 4.2.2 细胞 | 第46页 |
| 4.2.3 试剂和耗材 | 第46-47页 |
| 4.3 试验方法 | 第47-51页 |
| 4.3.1 奶牛乳腺上皮细胞的培养 | 第47页 |
| 4.3.2 菌液的准备 | 第47页 |
| 4.3.3 黏附和侵袭特性 | 第47-48页 |
| 4.3.4 细菌胞内生存和细胞活力 | 第48-49页 |
| 4.3.5 致奶牛乳腺上皮细胞凋亡的研究 | 第49-51页 |
| 4.3.6 数据统计分析 | 第51页 |
| 4.4 结果 | 第51-59页 |
| 4.4.1 黏附和侵袭特性 | 第51页 |
| 4.4.2 细菌胞内生存和细胞活力 | 第51-52页 |
| 4.4.3 LDH释放检测 | 第52-53页 |
| 4.4.4 凋亡特性研究 | 第53-59页 |
| 4.5 讨论 | 第59-60页 |
| 4.6 小结 | 第60-61页 |
| 第五章 金黄色葡萄球菌及其小菌落突变株诱导细胞免疫反应的研究 | 第61-69页 |
| 5.1 引言 | 第61页 |
| 5.2 试剂与耗材 | 第61页 |
| 5.2.1 菌株和细胞 | 第61页 |
| 5.2.2 试剂和耗材 | 第61页 |
| 5.3 试验方法 | 第61-63页 |
| 5.3.1 奶牛乳腺上皮细胞的培养 | 第61页 |
| 5.3.2 菌液的准备 | 第61页 |
| 5.3.3 细菌感染 | 第61-62页 |
| 5.3.4 吉姆萨染色 | 第62页 |
| 5.3.5 荧光定量PCR检测免疫相关指标 | 第62-63页 |
| 5.4 结果 | 第63-67页 |
| 5.4.1 吉姆萨染色结果 | 第63页 |
| 5.4.2 qRT-PCR结果 | 第63-67页 |
| 5.5 讨论 | 第67-68页 |
| 5.6 小结 | 第68-69页 |
| 第六章 金黄色葡萄球菌及其小菌落突变株转录组差异的分析 | 第69-86页 |
| 6.1 引言 | 第69页 |
| 6.2 试剂与耗材 | 第69页 |
| 6.2.1 材料 | 第69页 |
| 6.2.2 菌株 | 第69页 |
| 6.3 试验方法 | 第69-72页 |
| 6.3.1 实验分组 | 第69-70页 |
| 6.3.2 原核有参转录组信息分析流程 | 第70页 |
| 6.3.3 细菌总RNA提取 | 第70-71页 |
| 6.3.4 RNA样品检测 | 第71页 |
| 6.3.5 构建测序文库 | 第71页 |
| 6.3.6 测序数据的处理与分析 | 第71-72页 |
| 6.4 结果 | 第72-84页 |
| 6.4.1 总RNA鉴定 | 第72页 |
| 6.4.2 测序评估和比对统计 | 第72-74页 |
| 6.4.3 表达水平对比 | 第74-77页 |
| 6.4.4 差异基因GO富集分析 | 第77-79页 |
| 6.4.5 差异表达基因KEGG富集分析 | 第79-84页 |
| 6.5 讨论 | 第84-85页 |
| 6.6 小结 | 第85-86页 |
| 第七章 结论与创新点 | 第86-87页 |
| 7.1 结论 | 第86页 |
| 7.2 创新点 | 第86-87页 |
| 参考文献 | 第87-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 附录 | 第96-97页 |
| 个人简介 | 第97页 |
