| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 引言 | 第12-23页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第13-21页 |
| 1.2.1 马的起源与进化 | 第13-15页 |
| 1.2.2 现代马主要品种介绍 | 第15-18页 |
| 1.2.3 马属动物基因组学研究进展 | 第18-21页 |
| 1.3 本论文研究内容 | 第21-23页 |
| 1.3.1 研究内容 | 第21-22页 |
| 1.3.2 技术路线 | 第22-23页 |
| 2 马属动物全基因组序列的重测序与数据筛选 | 第23-32页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-25页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第23-24页 |
| 2.1.2 DNA提取及检测 | 第24页 |
| 2.1.3 文库构建及测序 | 第24页 |
| 2.1.4 测序数据质控 | 第24页 |
| 2.1.5 与参考基因组比对 | 第24页 |
| 2.1.6 SNP检测 | 第24-25页 |
| 2.1.7 SNP验证 | 第25页 |
| 2.2 结果与分析 | 第25-30页 |
| 2.2.1 DNA样品检测结果 | 第25-26页 |
| 2.2.2 测序数据产出及质控结果 | 第26-27页 |
| 2.2.3 测序数据比对参考基因组结果 | 第27-28页 |
| 2.2.4 SNP检测结果 | 第28-29页 |
| 2.2.5 SNP验证结果 | 第29-30页 |
| 2.3 讨论 | 第30-31页 |
| 2.4 结论 | 第31-32页 |
| 3 马属动物的进化及驯化起源分析 | 第32-50页 |
| 3.1 材料与方法 | 第32-35页 |
| 3.1.1 试验材料 | 第32-34页 |
| 3.1.2 构建马属动物系统进化树 | 第34页 |
| 3.1.3 主成分分析 | 第34页 |
| 3.1.4 群体遗传结构分析 | 第34页 |
| 3.1.5 群体θπ分布 | 第34-35页 |
| 3.1.6 个体多态性统计 | 第35页 |
| 3.1.7 LD-decay分析 | 第35页 |
| 3.1.8 Median-JoiningNetwork分析 | 第35页 |
| 3.1.9 推断有效群体大小变化 | 第35页 |
| 3.1.10 群体分化时间估计 | 第35页 |
| 3.2 结果与分析 | 第35-48页 |
| 3.2.1 马属动物系统进化树的构建 | 第35-37页 |
| 3.2.2 PCA分析结果 | 第37-39页 |
| 3.2.3 群体遗传结构分析结果 | 第39-40页 |
| 3.2.4 群体多态性分析结果 | 第40-41页 |
| 3.2.5 个体多态性统计结果 | 第41页 |
| 3.2.6 LD-decay分析结果 | 第41-42页 |
| 3.2.7 Median-JoiningNetwork分析结果 | 第42-44页 |
| 3.2.8 有效群体大小分析结果 | 第44-46页 |
| 3.2.9 群体分化时间分析结果 | 第46-48页 |
| 3.3 讨论 | 第48-49页 |
| 3.4 结论 | 第49-50页 |
| 4 阿巴嘎马与乌审马运动相关的比较基因组学分析 | 第50-62页 |
| 4.1 材料与方法 | 第50-51页 |
| 4.1.1 试验材料 | 第50页 |
| 4.1.2 筛选出阿巴嘎马和乌审马的SNP位点 | 第50页 |
| 4.1.3 选择性清除分析 | 第50-51页 |
| 4.1.4 受选基因在染色体上的分布 | 第51页 |
| 4.1.5 GO及KEGG富集 | 第51页 |
| 4.1.6 运动相关基因关联分析 | 第51页 |
| 4.2 结果与分析 | 第51-58页 |
| 4.2.1 SNPs筛选结果 | 第51页 |
| 4.2.2 选择性清除结果 | 第51-52页 |
| 4.2.3 正向选择基因在染色体上的分布情况 | 第52页 |
| 4.2.4 GO注释结果 | 第52-54页 |
| 4.2.5 KEGG富集结果 | 第54-57页 |
| 4.2.6 运动相关基因关联分析 | 第57-58页 |
| 4.3 讨论 | 第58-61页 |
| 4.3.1 受选基因在染色体上的分布 | 第58-59页 |
| 4.3.2 行为能力相关基因分析 | 第59页 |
| 4.3.3 运动相关通路分析 | 第59页 |
| 4.3.4 运动相关基因研究 | 第59-61页 |
| 4.4 结论 | 第61-62页 |
| 5 全文总结 | 第62-64页 |
| 5.1 全文结论 | 第62页 |
| 5.2 本研究创新点 | 第62页 |
| 5.3 有待进一步研究的内容 | 第62-64页 |
| 5.3.1 基因组测序技术的提升 | 第62页 |
| 5.3.2 采样工作的完善 | 第62-63页 |
| 5.3.3 马属动物基因流的研究 | 第63页 |
| 5.3.4 马群体间比较基因组的研究 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-77页 |
| 附录 | 第77-111页 |
| 作者简介 | 第111页 |