| 中文摘要 | 第8-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第11-20页 |
| 1.1 芽孢杆菌与生物防治 | 第11-12页 |
| 1.2 芽孢杆菌的运动性 | 第12-18页 |
| 1.2.1 芽孢杆菌的群体感应 | 第13-15页 |
| 1.2.2 芽孢杆菌的趋性运动 | 第15-17页 |
| 1.2.3 细菌鞭毛与运动性 | 第17-18页 |
| 1.3 转录组测序技术 | 第18-19页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-33页 |
| 2.1 材料 | 第20-24页 |
| 2.1.1 菌株与质粒 | 第20页 |
| 2.1.2 溶液配制 | 第20-21页 |
| 2.1.3 培养基配制 | 第21页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第21页 |
| 2.1.5 生化及分子生物学试剂 | 第21-22页 |
| 2.1.6 引物设计与合成 | 第22-24页 |
| 2.2 方法 | 第24-33页 |
| 2.2.1 PEBA20野生株和变异株SCEV转录组测序 | 第24-25页 |
| 2.2.1.1 PEBA20野生株和变异株SCEV的RNA提取 | 第24页 |
| 2.2.1.2 文库构建及测序 | 第24-25页 |
| 2.2.1.3 测序数据与参考序列对比分析 | 第25页 |
| 2.2.1.4 表达基因汇总及基因表达水平分析 | 第25页 |
| 2.2.1.5 表达差异基因分析 | 第25页 |
| 2.2.1.6 表达差异基因功能GO富集分析 | 第25页 |
| 2.2.1.7 表达差异基因KEGG富集分析 | 第25页 |
| 2.2.2 解淀粉芽孢杆菌PEBA20cheA基因和cheB基因突变株的构建 | 第25-33页 |
| 2.2.2.1 突变株构建方法设计 | 第25-26页 |
| 2.2.2.2 PEBA20基因组DNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.2.2.3 cheA基因和cheB基因同源前臂、后臂的PCR扩增 | 第27-28页 |
| 2.2.3.4 Kan抗性基因的扩增 | 第28页 |
| 2.2.2.5 pMUTIN4质粒提取 | 第28-29页 |
| 2.2.2.6 pMUTIN4质粒双酶切 | 第29页 |
| 2.2.2.7 同源前臂、同源后臂、Kan抗性基因与pMUTIN4质粒酶切产物的连接克隆.. | 第29-30页 |
| 2.2.2.8 反应产物转化、涂板 | 第30页 |
| 2.2.2.9 重组质粒PCR验证 | 第30-31页 |
| 2.2.2.10 PEBA20感受态细胞的制备 | 第31页 |
| 2.2.2.11 重组质粒电转化PEBA20感受态及抗生素筛选 | 第31页 |
| 2.2.2.12 二次重组突变体的筛选 | 第31页 |
| 2.2.2.13 △cheA突变株接种培养液的制备 | 第31-32页 |
| 2.2.2.14 △cheA突变株固气界面生物膜表型测定 | 第32页 |
| 2.2.2.15 △cheA突变株气液界面生物膜表型测定 | 第32页 |
| 2.2.2.16 △cheA突变株运动性的测定 | 第32-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-53页 |
| 3.1 PEBA20野生株和表型变异株SCEV转录组分析 | 第33-44页 |
| 3.1.1 转录组测序 | 第33-34页 |
| 3.1.1.1 PEBA20野生株及表型变异株SCEV的RNA提取 | 第33页 |
| 3.1.1.2 测序数据质量情况汇总 | 第33-34页 |
| 3.1.2 转录组数据分析 | 第34-44页 |
| 3.1.2.1 不同表达水平区间的基因数量分析 | 第34-35页 |
| 3.1.2.2 表达差异基因分析 | 第35-36页 |
| 3.1.2.3 差异基因功能分类 | 第36-37页 |
| 3.1.2.4 表达差异基因代谢路径聚类分类 | 第37-38页 |
| 3.1.2.5 TCA循环路径DEGs分析 | 第38页 |
| 3.1.2.6 孢子形成相关基因DEGs分析 | 第38-40页 |
| 3.1.2.7 非核糖体肽及聚酮类抗菌化合物合成基因簇表达差异分析 | 第40-42页 |
| 3.1.2.8 细菌群体感应相关基因DEGs分析 | 第42页 |
| 3.1.2.9 细菌趋化性和鞭毛组装路径DEGs分析 | 第42-43页 |
| 3.1.2.10 SCEV和WT运动性差异分析 | 第43-44页 |
| 3.2 解淀粉芽孢杆菌cheA基因突变株和cheB基因突变株的构建 | 第44-53页 |
| 3.2.1 cheA基因和cheB基因同源前臂与同源后臂PCR扩增 | 第44-45页 |
| 3.2.2 Kan抗性基因的PCR扩增 | 第45-46页 |
| 3.2.3 PCR产物纯化 | 第46页 |
| 3.2.4 pMUTIN4质粒提取及酶切 | 第46页 |
| 3.2.5 pMUTIN4-cheA和pMUTIN4-cheB重组质粒构建 | 第46-47页 |
| 3.2.6 重组质粒筛选及验证 | 第47页 |
| 3.2.7 pMUTIN4-cheA和pMUTIN4-cheB电转化PEBA20感受态及抗生素筛选 | 第47-48页 |
| 3.2.8 △cheA突变株测序验证 | 第48-49页 |
| 3.2.9 △cheA突变株固-气界面生物膜形成 | 第49-50页 |
| 3.2.10 △cheA突变株液-气界面生物膜形成 | 第50-51页 |
| 3.2.11 △cheA突变株运动性的影响 | 第51-53页 |
| 4 讨论 | 第53-55页 |
| 4.1 PEBA20野生株及变异株SCEV转录组测序及分析 | 第53-54页 |
| 4.2 △cheA和△cheB突变株构建 | 第54-55页 |
| 5 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-69页 |
| 附录 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 攻读硕士期间发表论文情况 | 第71页 |
