| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 前言 | 第8-12页 |
| 一、寄蝇科概述 | 第8页 |
| 二、DNA条形码概述 | 第8-11页 |
| 三、寄蝇科线粒体全基因组概述 | 第11-12页 |
| 第二章 材料方法 | 第12-25页 |
| 一、实验材料 | 第12-16页 |
| (一)标本采集与保存 | 第12-16页 |
| (二)主要仪器与试剂 | 第16页 |
| 1.实验试剂 | 第16页 |
| 2.实验仪器 | 第16页 |
| 二、实验方法 | 第16-20页 |
| (一)DNA提取 | 第16-17页 |
| (二)线粒体COI基因片段PCR扩增 | 第17-20页 |
| (三)琼脂糖凝胶电泳 | 第20页 |
| 三、数据处理和分析 | 第20-25页 |
| (一)测序数据处理 | 第20-21页 |
| (二)序列组成分析 | 第21页 |
| (三)线粒体基因组系统发育分析 | 第21-22页 |
| (四)物种鉴定分析 | 第22-25页 |
| 1.遗传距离及NJ树 | 第22页 |
| 2.划分分子种jMOTU方法 | 第22页 |
| 3.自动条形码间隙探测ABGD方法 | 第22页 |
| 4.序列匹配度及聚类TaxonDNA分析 | 第22-23页 |
| 5.利用系统发育树鉴定bPTP方法 | 第23页 |
| 6.人工智能物种识别等的R语言实现——“BarcodingR”包 | 第23页 |
| 7.检测分化时间节点的物种界定GMYC | 第23-24页 |
| 8.基于序列特征聚类BLOG鉴定 | 第24-25页 |
| 第三章 结果 | 第25-37页 |
| 一、DNA条形码分析 | 第25-35页 |
| (一)数据集特征 | 第25页 |
| (二)碱基替代饱和性分析 | 第25-26页 |
| (三)密码子使用 | 第26-27页 |
| (四)遗传距离GAP图 | 第27-28页 |
| (五)NJ树分析 | 第28-29页 |
| (六)jMOTU分析 | 第29-30页 |
| (七)ABGD分析 | 第30-31页 |
| (八)TaxonDNA分析 | 第31页 |
| (九)bPTP分析 | 第31-32页 |
| (十)BarcodingR分析 | 第32-33页 |
| (十一)GMYC分析 | 第33-35页 |
| (十二)BLOG分析 | 第35页 |
| 二、系统发育分析 | 第35-37页 |
| 第四章 讨论 | 第37-39页 |
| 第五章 结论 | 第39-40页 |
| 第六章 参考文献 | 第40-46页 |
| 附录一 jMOTU划分结果 | 第46-48页 |
| 附录二 ABGD鉴定结果 | 第48-50页 |
| 附录三 TaxonDNA鉴定结果 | 第50-52页 |
| 附录四 bPTP分析结果 | 第52-54页 |
| 附录五 BarcodingR鉴定结果 | 第54-57页 |
| 附录六 GMYC界定结果 | 第57-59页 |
| 附录七 BLOG鉴定公式表 | 第59-62页 |
| 附录八 图版 | 第62-67页 |
| 第七章 致谢 | 第67-68页 |
| 第八章 个人简历 | 第68页 |