| 中文摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-17页 |
| ·生物大分子动力学研究的背景和意义 | 第13-15页 |
| ·研究生物大分子和配体小分子相互作用的意义 | 第15-17页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第17-49页 |
| ·量子化学计算 | 第17-27页 |
| ·从头算法 | 第17-18页 |
| ·波恩-奥本海默近似 | 第18-20页 |
| ·哈特利自洽场近似 | 第20-21页 |
| ·哈特利-福克近似 | 第21-23页 |
| ·密度泛函理论 | 第23-27页 |
| ·分子力学方法 | 第27-32页 |
| ·分子力场 | 第27-30页 |
| ·分子力学 | 第30-32页 |
| ·分子动力学模拟 | 第32-39页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第32-33页 |
| ·牛顿运动方程的数值解法 | 第33-35页 |
| ·分子动力学模拟的基本步骤 | 第35-38页 |
| ·SHAKE 算法 | 第38-39页 |
| ·自由能 | 第39-48页 |
| ·FEP 方法 | 第40-41页 |
| ·TI 方法 | 第41-42页 |
| ·LIE 方法 | 第42页 |
| ·MM-PBSA 方法 | 第42-47页 |
| ·抑制剂和残基的相互作用 | 第47-48页 |
| ·氢键动力学分析 | 第48-49页 |
| 第三章 Hsp90 与抑制剂4BH、2E1 和2D9 相互作用的模拟计算 | 第49-63页 |
| ·Hsp90 与三个抑制剂作用体系简介 | 第49-52页 |
| ·Hsp90 的功能及其抑制剂简介 | 第49-51页 |
| ·4BH、2E1 和2D9 与Hsp90 作用体系简介 | 第51-52页 |
| ·计算模拟过程 | 第52-53页 |
| ·结果分析及讨论 | 第53-61页 |
| ·动力学模拟的平衡分析 | 第53-54页 |
| ·MM-GBSA 方法计算的结合自由能 | 第54-55页 |
| ·构效关系分析 | 第55-61页 |
| ·结论 | 第61-63页 |
| 第四章 HIV-1 蛋白酶与抑制剂BE4，BE5 和BE6 相互作用的模拟计算 | 第63-77页 |
| ·HIV-1 与HIV-1 蛋白酶-抑制剂体系简介 | 第63-69页 |
| ·HIV-1 与HIV-1 蛋白酶 | 第63-68页 |
| ·HIV-1 蛋白酶与三个抑制剂作用体系简介 | 第68-69页 |
| ·计算模拟过程 | 第69-70页 |
| ·结果分析及讨论 | 第70-76页 |
| ·动力学模拟的平衡分析 | 第70-71页 |
| ·桥接水分子稳定性的分析 | 第71-72页 |
| ·自由能计算 | 第72-73页 |
| ·能量分解 | 第73-76页 |
| ·结论 | 第76-77页 |
| 第五章 HIV-1 PR- GRL02031 复合物中Asp25/Asp25'质子化状态的研究 | 第77-85页 |
| ·HIV-1 PR- GRL02031 复合物简介 | 第77-79页 |
| ·模型与计算 | 第79-80页 |
| ·结果和讨论 | 第80-84页 |
| ·质子化状态对动力学特征的影响 | 第80-81页 |
| ·质子化状态对结合自由能的影响 | 第81页 |
| ·质子化状态对PR-031 作用机制的影响 | 第81-83页 |
| ·质子化态对水分子作用的影响 | 第83-84页 |
| ·结论 | 第84-85页 |
| 第六章 论文意义与展望 | 第85-89页 |
| ·论文总结和意义 | 第85-86页 |
| ·论文的创新点 | 第86页 |
| ·展望 | 第86-89页 |
| 参考文献 | 第89-103页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
