| 中文摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-15页 |
| 第一章 基本理论 | 第15-55页 |
| ·分子力学 | 第15-24页 |
| ·介绍 | 第15页 |
| ·历史背景 | 第15-16页 |
| ·蒙特卡罗法 | 第16页 |
| ·Langevin 动力学 | 第16-17页 |
| ·Brownian 动力学 | 第17页 |
| ·QM/MM 方法 | 第17-19页 |
| ·分子力场 | 第19-24页 |
| ·量子化学 | 第24-29页 |
| ·Hartree-Fock 方法 | 第25-27页 |
| ·后Hartree-Fock 方法 | 第27-28页 |
| ·密度泛函理论方法 | 第28-29页 |
| ·分子动力学模拟 | 第29-46页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第29-31页 |
| ·积分算法 | 第31-34页 |
| ·统计力学知识 | 第34-36页 |
| ·时间步长 | 第36页 |
| ·模拟环境 | 第36-37页 |
| ·能量最小化 | 第37-39页 |
| ·SHAKE 算法 | 第39-40页 |
| ·实验条件 | 第40-41页 |
| ·溶剂 | 第41-42页 |
| ·静电相互作用 | 第42-43页 |
| ·模拟软件 | 第43-44页 |
| ·模拟硬件 | 第44-45页 |
| ·分子动力学的应用 | 第45-46页 |
| ·自由能的计算方法 | 第46-55页 |
| ·自由能微扰(FEP)方法 | 第46-47页 |
| ·热力学积分方法（TI） | 第47-48页 |
| ·MM-PBSA 方法 | 第48-51页 |
| ·MFCC 方法 | 第51-52页 |
| ·线性相互作用能（LIE）方法 | 第52-55页 |
| 第二章 FKBP12 蛋白与几种抑制剂结合的分子动力学模拟和结合自由能计算 | 第55-66页 |
| ·引言 | 第55-57页 |
| ·计算细节 | 第57-58页 |
| ·结果和讨论 | 第58-64页 |
| ·动力学特征 | 第58-59页 |
| ·MM-GBSA 结合自由能 | 第59-60页 |
| ·主要残基的贡献 | 第60-64页 |
| ·小结 | 第64-66页 |
| 第三章 分子动力学研究几个残基变异对HIV PR-IDV和HIV PR-GRL-9805复合物的影响 | 第66-92页 |
| ·引言 | 第66-69页 |
| ·计算细节 | 第69-70页 |
| ·系统建立 | 第69-70页 |
| ·分子动力学模拟 | 第70页 |
| ·结果与讨论 | 第70-89页 |
| ·V82A 和L90M 变异对HIV PR-IDV 复合物的影响 | 第70-78页 |
| ·150V, V82A 和184V 变异对HIV PR-GRL-98065 复合物的影响 | 第78-89页 |
| ·结论 | 第89-92页 |
| 第四章 MM-PBSA 方法研究MDM2 蛋白和抑制剂的结合模型 | 第92-107页 |
| ·引言 | 第92-93页 |
| ·计算细节 | 第93-95页 |
| ·系统建立 | 第93-94页 |
| ·分子对接 | 第94-95页 |
| ·分子动力学模拟 | 第95页 |
| ·结果与讨论 | 第95-105页 |
| ·抑制剂的构像 | 第95-97页 |
| ·MD 模拟的特征 | 第97-99页 |
| ·结合自由能计算 | 第99-101页 |
| ·结合模式预测 | 第101-105页 |
| ·小结 | 第105-107页 |
| 第五章 分子动力学模拟和自由能计算研究SCFV 和小分子的结合 | 第107-120页 |
| ·前沿 | 第107-109页 |
| ·计算细节 | 第109-110页 |
| ·系统建立 | 第109页 |
| ·使用AMBER 进行的分子动力学模拟 | 第109-110页 |
| ·使用NAMD 进行的计算 | 第110页 |
| ·单链scFv 溶液结构 | 第110页 |
| ·结果与讨论 | 第110-118页 |
| ·结论 | 第118-120页 |
| 第六章 大肠杆菌的水通道蛋白的选择性过滤区的选择机制 | 第120-134页 |
| ·前言 | 第120-121页 |
| ·建模与仿真 | 第121-124页 |
| ·建模 | 第121-122页 |
| ·分子动力学模拟 | 第122-123页 |
| ·操控分子动力学 | 第123-124页 |
| ·结果与讨论 | 第124-132页 |
| ·结论 | 第132-134页 |
| 第七章 总结与展望 | 第134-137页 |
| ·本论文的结论和研究意义 | 第134-135页 |
| ·未来展望 | 第135-137页 |
| References | 第137-153页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第153-155页 |
| 致谢 | 第155-156页 |
