| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-10页 |
| 缩略词表 | 第14-16页 |
| 综述 | 第16-31页 |
| 1. 无乳链球菌及无乳链球菌病研究现状 | 第16-26页 |
| 1.1 无乳链球菌及无乳链球菌病概述 | 第16页 |
| 1.2 无乳链球菌常见的分型方法 | 第16-17页 |
| 1.3 无乳链球菌在奶牛的流行特点 | 第17-19页 |
| 1.4 无乳链球菌在人的流行特点 | 第19-21页 |
| 1.5 无乳链球菌在鱼(罗非鱼)的流行特点 | 第21-24页 |
| 1.6 无乳链球菌跨宿主感染的研究现状 | 第24-26页 |
| 2. 无乳链球菌比较基因组学研究现状 | 第26-31页 |
| 2.1 GBS泛基因组(pan genome)研究 | 第26-27页 |
| 2.2 GBS宿主及环境适应性相关因子筛选 | 第27-28页 |
| 2.3 GBS重组及系统进化分析 | 第28-31页 |
| 第一章 人源无乳链球菌跨宿主感染罗非鱼的致病性分析 | 第31-54页 |
| 1. 引言 | 第31-33页 |
| 2. 材料和方法 | 第33-39页 |
| 2.0 主要试剂 | 第33页 |
| 2.1 菌株来源及基因组测序 | 第33-35页 |
| 2.2 分子血清型鉴定 | 第35-36页 |
| 2.3 脉冲场凝胶电泳(PFGE) | 第36-37页 |
| 2.4 MLST | 第37页 |
| 2.5 药物敏感试验 | 第37页 |
| 2.6 菌毛岛基因和gbs2018基因检测 | 第37页 |
| 2.7 CC103菌株文献检索及MLST数据库统计分析 | 第37-38页 |
| 2.8 基于全基因组分析CC103菌株亲缘进化关系 | 第38页 |
| 2.9 GBS感染罗非鱼实验 | 第38-39页 |
| 2.10 组织病理分析 | 第39页 |
| 2.11 统计分析 | 第39页 |
| 3. 结果 | 第39-50页 |
| 3.1 侵袭性GBS菌株 | 第39页 |
| 3.2 血清型和ST分布特征 | 第39-40页 |
| 3.3 PFGE分析 | 第40-42页 |
| 3.4 CC103和ST485分离株表现的流行情况显著高于文献报道 | 第42-43页 |
| 3.5 药物敏感试验 | 第43-45页 |
| 3.6 毒力相关因子分布特征 | 第45-46页 |
| 3.7 CC103和CC67菌株遗传进化关系分析 | 第46-48页 |
| 3.8 GBS感染罗非鱼实验结果 | 第48-49页 |
| 3.9 组织病理学分析 | 第49-50页 |
| 4. 讨论 | 第50-53页 |
| 5. 结论 | 第53-54页 |
| 第二章 人牛共感染GBS通过缺失Lac.2和获得CadDX形成高致病性特异性感染人的菌群 | 第54-67页 |
| 1. 引言 | 第54-55页 |
| 2. 材料和方法 | 第55-56页 |
| 2.1 GBS菌株及基因组 | 第55页 |
| 2.2 GBS基因组注释 | 第55页 |
| 2.3 系统进化分析和CRISPRs分析 | 第55-56页 |
| 2.4 全基因序列比对和功能基因比较 | 第56页 |
| 3. 结果 | 第56-64页 |
| 3.1 基于全基因比对的系统进化分析 | 第56-58页 |
| 3.2 GBS CC103菌株CRISPRs特征分析 | 第58-59页 |
| 3.3 GBS基因组比较 | 第59-62页 |
| 3.4 ST485 GBS Lac.2缺失和CadDX基因获得分析 | 第62-64页 |
| 4. 讨论 | 第64-66页 |
| 5. 结论 | 第66-67页 |
| 第三章 人源ST23 GBS对鱼高致病性机制的比较基因组研究 | 第67-79页 |
| 1. 引言 | 第67-68页 |
| 2. 材料和方法 | 第68-70页 |
| 2.1 菌株来源及基因组 | 第68页 |
| 2.2 人源ST23 GBS对罗非鱼的致病性 | 第68页 |
| 2.3 基因组注释 | 第68-69页 |
| 2.4 前噬菌体分析 | 第69页 |
| 2.5 系统进化分析和CRISPRs分析 | 第69-70页 |
| 2.6 基因组比较 | 第70页 |
| 2.7 泛基因组分析 | 第70页 |
| 3. 结果 | 第70-76页 |
| 3.1 人源ST23 GBS感染罗非鱼 | 第70-71页 |
| 3.2 组织病理学分析 | 第71页 |
| 3.3 系统进化分析 | 第71-72页 |
| 3.4 前噬菌体分析 | 第72-74页 |
| 3.5 泛基因组和序列变异分析 | 第74-76页 |
| 4. 讨论 | 第76-78页 |
| 5. 结论 | 第78-79页 |
| 第四章 人源血清型Ⅴ ST1 GBS罗非鱼毒力和无毒力菌株基因组比较研究 | 第79-88页 |
| 1. 引言 | 第79-80页 |
| 2. 材料和方法 | 第80-81页 |
| 2.1 菌株来源及基因组 | 第80页 |
| 2.2 人源血清型Ⅴ ST1 GBS对罗非鱼的致病性 | 第80页 |
| 2.3 基因组注释和前噬菌体 | 第80页 |
| 2.4 系统进化分析和CRISPRs分析 | 第80-81页 |
| 2.5 基因组比较和序列变异分析 | 第81页 |
| 3. 结果 | 第81-85页 |
| 3.1 人源血清型Ⅴ ST1 GBS感染罗非鱼 | 第81页 |
| 3.2 组织病理学分析 | 第81-82页 |
| 3.3 前噬菌体分析 | 第82-83页 |
| 3.4 系统进化分析和CRISPRs分析 | 第83-84页 |
| 3.5 基因组比较和序列变异分析 | 第84-85页 |
| 4. 讨论 | 第85-87页 |
| 5. 结论 | 第87-88页 |
| 第五章 罗非鱼致病性差异的血清型Ⅲ和血清型Ⅴ ST19 GBS比较基因组学研究 | 第88-98页 |
| 1. 引言 | 第88-89页 |
| 2. 材料和方法 | 第89-90页 |
| 2.1 ST19 GBS基因组注释 | 第89-90页 |
| 2.2 ST19 GBS泛基因组分析 | 第90页 |
| 2.3 CRISPRs结构和系统进化分析 | 第90页 |
| 2.4 基因组比较 | 第90页 |
| 3. 结果 | 第90-95页 |
| 3.1 泛基因组分析 | 第90-92页 |
| 3.2 CRISPRs结构和系统进化分析 | 第92页 |
| 3.3 基因组比较 | 第92-95页 |
| 4. 讨论 | 第95-97页 |
| 5. 结论 | 第97-98页 |
| 第六章 总结 | 第98-101页 |
| 参考文献 | 第101-116页 |
| 附录 | 第116-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第125-126页 |
