| 摘要 | 第4-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 缩略语表 | 第13-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-26页 |
| 1.1 引言 | 第17页 |
| 1.2 研究背景 | 第17-25页 |
| 1.2.1 核小体绘图简史 | 第17-19页 |
| 1.2.2 基因组上的核小体分布 | 第19-20页 |
| 1.2.3 基因周围的核小体分布 | 第20页 |
| 1.2.4 NFR的结构与功能 | 第20-21页 |
| 1.2.5 核小体与转录起始位点 | 第21-22页 |
| 1.2.6 核小体定位的序列因素 | 第22-23页 |
| 1.2.7 序列分析算法 | 第23页 |
| 1.2.8 序列的k-mer | 第23-25页 |
| 1.3 论文结构 | 第25-26页 |
| 第二章 数据集与研究方法 | 第26-31页 |
| 2.1 数据集 | 第26页 |
| 2.2 序列的k-mer及k-mer特征参数 | 第26-28页 |
| 2.2.1 序列k-mer的定义 | 第26-27页 |
| 2.2.2 序列8-mer的相对模体数 | 第27页 |
| 2.2.3 序列8-mer中m-mer的相对频次 | 第27页 |
| 2.2.4 序列模体使用的特征参数 | 第27-28页 |
| 2.3 新对称相对熵 | 第28-29页 |
| 2.4 二阶信息冗余 | 第29页 |
| 2.5 高斯函数拟合 | 第29-30页 |
| 2.6 基因表达水平理论值 | 第30-31页 |
| 第三章 核小体序列使用的进化分析 | 第31-46页 |
| 3.1 不同物种核小体定位序列的NSRE分布 | 第31-35页 |
| 3.1.1 基于不同k-mer概率的NSRE分布 | 第31-35页 |
| 3.1.2 核小体反向互补序列的NSRE分布 | 第35页 |
| 3.2 核小体序列NSRE分布特征的决定因素 | 第35-41页 |
| 3.2.1 核小体序列的碱基组成分析 | 第35-37页 |
| 3.2.2 核小体序列NSRE分布峰的决定因素 | 第37-40页 |
| 3.2.3 核小体中心区域碱基偏好的保守性 | 第40-41页 |
| 3.3 不同物种核小体定位序列的模体使用特征参数分析 | 第41-46页 |
| 3.3.1 基因组8-mer频谱3峰独立进化的研究背景 | 第42-43页 |
| 3.3.2 三个物种8-mer使用背景 | 第43-44页 |
| 3.3.3 基于不同CG含量信息的核小体序列特征参数分析 | 第44-46页 |
| 第四章 核小在酵母基因TSS两侧的分布 | 第46-62页 |
| 4.1 核小体间隔距离分析 | 第46-47页 |
| 4.2 核小体在TSS/TTS周围的分布 | 第47-51页 |
| 4.3 核小体在NFR周围的分布 | 第51-53页 |
| 4.4 核小体间隔区域的序列特征 | 第53-56页 |
| 4.5 核小体分布与基因表达水平的关系 | 第56-62页 |
| 第五章 基于核小体序列的转录调控分析 | 第62-86页 |
| 5.1 裂殖酵母及果蝇TSS周围的核小体分布 | 第62-63页 |
| 5.2 TSS两翼核小体序列新对称相对熵分析 | 第63-68页 |
| 5.3 不同碱基信息对±1核小体序列熵值的影响 | 第68页 |
| 5.4 TSS两翼核小体序列模体使用特征参数分析 | 第68-74页 |
| 5.5 酿酒酵母核小体滑动机制分析 | 第74-86页 |
| 5.5.1 酿酒酵母核两类核小体调控机制 | 第74-75页 |
| 5.5.2 酿酒酵母核两类核小体调控机制的序列分析 | 第75-78页 |
| 5.5.3 序列模体使用特征参数分析两类±核小体 | 第78-82页 |
| 5.5.4 不同长度NFR基因的序列势能 | 第82-84页 |
| 5.5.5 不同表达水平基因的序列势能 | 第84-86页 |
| 第六章 总结与展望 | 第86-89页 |
| 参考文献 | 第89-102页 |
| 附录 | 第102-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
| 攻读博士期间发表的学术论文 | 第112页 |
