| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6页 |
| 第一章 引言 | 第13-21页 |
| 1.1 数量性状基因座定位 | 第13页 |
| 1.2 全基因组关联分析研究进展 | 第13-18页 |
| 1.2.1 全基因关联分析概述 | 第13-14页 |
| 1.2.2 全基因关联分析统计模型发展简史 | 第14-16页 |
| 1.2.3 全基因关联分析分类 | 第16-17页 |
| 1.2.4 全基因组关联分析在畜禽中的应用 | 第17-18页 |
| 1.2.5 结语 | 第18页 |
| 1.3 肉牛胴体性状及生长性状的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.4 本实验研究目的及意义 | 第19-21页 |
| 第二章 肉用西门塔尔牛生长发育及胴体性状全基因组关联分析 | 第21-31页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第21-23页 |
| 2.1.1 设计群体构建及数据收集 | 第21页 |
| 2.1.2 血样采集与基因分型 | 第21页 |
| 2.1.3 关联分析数据预处理 | 第21-22页 |
| 2.1.4 群体分层分析及遗传参数估计 | 第22页 |
| 2.1.5 全基因关联分析 | 第22-23页 |
| 2.2 实验结果 | 第23-29页 |
| 2.2.1 GWAS预处理结果 | 第23-25页 |
| 2.2.2 全基因关联分析结果 | 第25-27页 |
| 2.2.3 单倍型分析及基因注释 | 第27-29页 |
| 2.3 讨论 | 第29-30页 |
| 2.4 小结 | 第30-31页 |
| 第三章 基于多策略的日增重性状全基因组关联分析 | 第31-42页 |
| 3.1 实验材料与方法 | 第31-34页 |
| 3.1.1 设计群体构建及数据预处理 | 第31页 |
| 3.1.2 基于单倍型全基因组关联分析 | 第31-33页 |
| 3.1.3 基于基因单元全基因组关联分析 | 第33-34页 |
| 3.2 实验结果 | 第34-40页 |
| 3.2.1 多策略全基因组关联分析结果 | 第34-37页 |
| 3.2.2 转录因子结合位点预测结果 | 第37-40页 |
| 3.3 讨论 | 第40-41页 |
| 3.4 小结 | 第41-42页 |
| 第四章 日增重性状人工选择痕迹的研究 | 第42-49页 |
| 4.1 实验材料与方法 | 第42页 |
| 4.1.1 实验群体构建 | 第42页 |
| 4.1.2 bin效应计算 | 第42页 |
| 4.1.3 单倍型网络图构建 | 第42页 |
| 4.2 实验结果 | 第42-47页 |
| 4.2.1 日增重与屠宰率性状bin效应计算 | 第42-44页 |
| 4.2.2 NCAPG-DCAF16区域连锁图谱 | 第44-45页 |
| 4.2.3 NCAPG基因单倍型网络图 | 第45-47页 |
| 4.3 讨论 | 第47-48页 |
| 4.4 小结 | 第48-49页 |
| 第五章 候选基因转录本鉴定及表达量研究 | 第49-54页 |
| 5.1 实验材料与方法 | 第49-51页 |
| 5.1.1 样品采集及RNA提取 | 第49页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第49页 |
| 5.1.3 候选基因转录本鉴定方法 | 第49-50页 |
| 5.1.4 关联分析模型 | 第50-51页 |
| 5.2 实验结果 | 第51页 |
| 5.2.1 候选基因转录本鉴定 | 第51页 |
| 5.2.2 候选基因表达水平差异影响 | 第51页 |
| 5.3 讨论 | 第51-53页 |
| 5.4 小结 | 第53-54页 |
| 第六章 区间捕获测序关联分析研究 | 第54-59页 |
| 6.1 实验材料与方法 | 第54页 |
| 6.1.1 区间捕获测序 | 第54页 |
| 6.1.2 基因型填充 | 第54页 |
| 6.1.3 统计分析模型 | 第54页 |
| 6.2 实验结果 | 第54-58页 |
| 6.2.1 质控与比对 | 第54页 |
| 6.2.2 基因型填充及填充准确性 | 第54-56页 |
| 6.2.3 目标区域测序关联分析 | 第56-58页 |
| 6.3 小结 | 第58-59页 |
| 第七章 全文总结 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-71页 |
| 致谢 | 第71-72页 |
| 作者简历 | 第72页 |