| 中文摘要 | 第3-4页 |
| 英文摘要 | 第4-5页 |
| 引言 | 第8-9页 |
| 1 背景知识 | 第9-12页 |
| 1.1 系统生物学的起源发展 | 第9-10页 |
| 1.2 系统生物学的研究对象和研究方法 | 第10-11页 |
| 1.3 系统生物学的研究工具 | 第11-12页 |
| 2 动力系统分析工具XPPAUT简介 | 第12-18页 |
| 2.1 XPPAUT的功能介绍 | 第12页 |
| 2.2 XPPAUT的工作方式 | 第12-13页 |
| 2.3 ODE文件 | 第13-15页 |
| 2.3.1 ODE文件的组成结构 | 第13页 |
| 2.3.2 ODE文件的基本构成元素 | 第13-14页 |
| 2.3.3 ODE文件语法规则及常用语句 | 第14-15页 |
| 2.4 XPPAUT的工作界面 | 第15-18页 |
| 2.4.1 XPPAUT主界面 | 第15-16页 |
| 2.4.2 AUTO界面 | 第16-18页 |
| 3 生物动力系统的数值模拟分析 | 第18-35页 |
| 3.1 模拟生物动力系统随时间演化的过程 | 第18-22页 |
| 3.2 模拟生物网络模体的功能 | 第22-25页 |
| 3.3 数值分析生物动力系统的相平面结构 | 第25-27页 |
| 3.4 模拟生化参数变化对生物动力系统的影响 | 第27-30页 |
| 3.5 生物动力系统模型中的统计分析 | 第30-35页 |
| 总结 | 第35-36页 |
| 参考文献 | 第36-40页 |
| 附录 | 第40-52页 |
| 附1 延迟驱动的负反馈振子分叉分析过程图 | 第40-42页 |
| 附2 采样检验分叉图完整性的若干采样结果的相平面图 | 第42-44页 |
| 附3 组合振子耦合的系统的在XPPAUT中进行分叉分析的ODE源代码清单 | 第44-45页 |
| 附4 组合振子耦合的系统进行统计分析的C语言源代码清单 | 第45-49页 |
| 附5 组合振子耦合的系统统计结果绘图的VB代码清单 | 第49-52页 |
| 致谢 | 第52-54页 |
| 在读期间公开发表论文(著)及科研情况 | 第54页 |
