| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第15-43页 |
| 1.1 单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的研究背景 | 第15-17页 |
| 1.1.1 SNP概述 | 第15页 |
| 1.1.2 SNPs的应用 | 第15-17页 |
| 1.2 拷贝数变异(Copy number variation,CNV)的研究背景 | 第17-18页 |
| 1.2.1 CNV的概述 | 第17页 |
| 1.2.2 CNVs与肿瘤的相关性研究 | 第17-18页 |
| 1.3 检测单核苷酸多态性方法学的研究背景 | 第18-28页 |
| 1.3.1 DNA测序法 | 第19-22页 |
| 1.3.2 TaqMan探针法 | 第22-23页 |
| 1.3.3 分子信标(Molecular beacons)法 | 第23-24页 |
| 1.3.4 SNPlex法 | 第24页 |
| 1.3.5 MALDI-TOF MS法 | 第24-25页 |
| 1.3.6 SNP片法 | 第25页 |
| 1.3.7 焦磷酸测序(Pyrosequencing)技术 | 第25-26页 |
| 1.3.8 高分辨熔解曲线(High resolution melting,HRM)法 | 第26页 |
| 1.3.9 各种检测单核苷酸多态性方法学的比较 | 第26-28页 |
| 1.4 肿瘤个体化用药的研究背景 | 第28-33页 |
| 1.4.1 酪氨酸激酶抑制剂类药物相关基因 | 第28-29页 |
| 1.4.2 单抗类药物相关基因 | 第29页 |
| 1.4.3 伊立替康类药物相关基因 | 第29页 |
| 1.4.4 铂类药物相关基因 | 第29-30页 |
| 1.4.5 紫杉类药物相关基因 | 第30-31页 |
| 1.4.6 氟尿嘧啶类药物相关基因 | 第31-32页 |
| 1.4.7 蒽环类药物相关基因 | 第32-33页 |
| 1.5 肿瘤异质性的研究背景 | 第33-37页 |
| 1.5.1 肿瘤异质性的概述 | 第33-34页 |
| 1.5.2 肿瘤原发灶中的分子异质性 | 第34-35页 |
| 1.5.3 肿瘤原发灶与转移灶之间的异质性 | 第35-37页 |
| 1.6 生物信息学(Bioinformatics) | 第37-40页 |
| 1.6.1 生物信息学的概述 | 第37-38页 |
| 1.6.2 生物信息学与组学 | 第38-39页 |
| 1.6.3 生物信息学常用数据库 | 第39-40页 |
| 1.7 研究目标、内容、创新点和意义 | 第40-43页 |
| 1.7.1 研究目标 | 第40-41页 |
| 1.7.2 研究内容 | 第41-42页 |
| 1.7.3 创新点 | 第42页 |
| 1.7.4 研究意义 | 第42-43页 |
| 第2章 基于荧光淬灭的SNP检测方法的建立 | 第43-63页 |
| 2.1 实验样本收集 | 第43页 |
| 2.2 实验仪器 | 第43页 |
| 2.3 实验试剂和耗材 | 第43-45页 |
| 2.4 实验方法 | 第45-54页 |
| 2.4.1 DNA的抽提 | 第45页 |
| 2.4.2 DNA的质检及定量 | 第45-46页 |
| 2.4.3 基于荧光淬灭的SNP检测方法 | 第46-50页 |
| 2.4.4 Sanger测序法 | 第50-52页 |
| 2.4.5 TaqMan探针法 | 第52-54页 |
| 2.4.6 统计方法 | 第54页 |
| 2.5 实验结果 | 第54-61页 |
| 2.5.1 DNA质检结果 | 第54页 |
| 2.5.2 Quencing-PCR平台的概况 | 第54-58页 |
| 2.5.3 Quenching-PCR | 第58-61页 |
| 2.6 讨论 | 第61-62页 |
| 2.7 结论 | 第62-63页 |
| 第3章 基于荧光淬灭的SNP检测方法的应用——个体化用药 | 第63-89页 |
| 3.1 实验材料 | 第63-65页 |
| 3.1.1 肿瘤患者的样本收集 | 第63页 |
| 3.1.2 实验仪器 | 第63页 |
| 3.1.3 实验试剂与耗材 | 第63-65页 |
| 3.2 实验方法 | 第65-70页 |
| 3.2.1 DNA抽提及质检 | 第65-66页 |
| 3.2.2 个体化用药待测基因信息 | 第66-70页 |
| 3.3 实验结果 | 第70-83页 |
| 3.3.1 EGFR基因检测结果 | 第70-75页 |
| 3.3.2 铂类用药敏感基因检测结果 | 第75-83页 |
| 3.4 讨论 | 第83-88页 |
| 3.5 结论 | 第88-89页 |
| 第4章 基于荧光淬灭的SNP检测方法的应用——结肠癌的异质性与肿瘤转移的相关性分析 | 第89-120页 |
| 4.1 实验材料 | 第89-91页 |
| 4.1.1 结肠癌患者的样本收集 | 第89页 |
| 4.1.2 结肠癌患者的诊断及病理分级 | 第89页 |
| 4.1.3 实验仪器 | 第89-90页 |
| 4.1.4 试剂与耗材 | 第90-91页 |
| 4.1.5 芯片 | 第91页 |
| 4.2 实验方法 | 第91-95页 |
| 4.2.1 DNA的抽提及质检 | 第91页 |
| 4.2.2 Illumina Human Zhonghua-8 Bead chips标准实验流程 | 第91-94页 |
| 4.2.3 Quenching-PCR法 | 第94页 |
| 4.2.4 芯片数据生物信息学分析 | 第94-95页 |
| 4.2.5 统计方法 | 第95页 |
| 4.3 实验结果 | 第95-112页 |
| 4.3.1 Illumina Human Zhonghua-8 Bead chips实验结果概述 | 第95-98页 |
| 4.3.2 结肠癌原发灶与转移灶之间的差异SNPs | 第98-112页 |
| 4.4 讨论 | 第112-119页 |
| 4.5 结论 | 第119-120页 |
| 第5章 结论 | 第120-122页 |
| 参考文献 | 第122-139页 |
| 致谢 | 第139-140页 |
| 在读期间发表论文情况 | 第140页 |
