| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-16页 |
| 第一章 前言 | 第16-39页 |
| ·菝葜类群的基本特点和系统分类研究现状 | 第16-20页 |
| ·植物分子系统学研究中基因片段的选择 | 第20-22页 |
| ·叶绿体比较基因组学在植物分子系统学研究中的应用 | 第22-32页 |
| ·单子叶植物各类群系统进化关系的研究进展 | 第32-37页 |
| ·本研究的内容及目的 | 第37-39页 |
| 第二章 材料与方法 | 第39-53页 |
| ·材料 | 第39页 |
| ·菝葜叶绿体基因组测序 | 第39-44页 |
| ·菝葜叶绿体DNA提取 | 第39-41页 |
| ·菝葜叶绿体基因组测序及基因组注释 | 第41-44页 |
| ·单子叶植物内各类群叶绿体基因组比较分析 | 第44-49页 |
| ·单子叶植物叶绿体基因组结构及组成比较方法 | 第46-47页 |
| ·单子叶植物叶绿体蛋白编码基因的核苷酸替代率及选择压比较方法 | 第47-49页 |
| ·基因功能、选择压和核苷酸变异率对重建单子叶植物系统发育树的影响的分析方法 | 第49-50页 |
| ·基于叶绿体基因组序列的单子叶植物系统进化关系研究方法 | 第50-53页 |
| ·单子叶植物叶绿体蛋白编码基因核苷酸位点变异的饱和度检验 | 第50-51页 |
| ·基于叶绿体全基因组序列的单子叶植物系统进化关系研究 | 第51-52页 |
| ·相互竞争的拓朴树或系统发育假设检验(SH test) | 第52-53页 |
| 第三章 结果与分析 | 第53-86页 |
| ·菝葜叶绿体基因组结构和基因组成 | 第53-56页 |
| ·单子叶植物内各类群叶绿体基因组比较分析 | 第56-63页 |
| ·单子叶植物叶绿体基因组长度比较 | 第56-59页 |
| ·单子叶植物叶绿体基因组内的重排现象 | 第59-62页 |
| ·单子叶植物叶绿体基因组成分比较结果 | 第62-63页 |
| ·单子叶植物叶绿体蛋白编码基因的核苷酸替代率和选择压比较结果 | 第63-68页 |
| ·单子叶植物叶绿体蛋白编码基因的非同义替代率(dN)比较结果 | 第64-65页 |
| ·单子叶植物叶绿体蛋白编码基因的同义替代率(dS)比较结果 | 第65-66页 |
| ·单子叶植物叶绿体蛋白编码基因的总核苷酸变异率(Ts+Tv)比较结果 | 第66-67页 |
| ·单子叶植物叶绿体蛋白编码基因的选择压(dN/dS)比较结果 | 第67-68页 |
| ·基因功能、选择压和总核苷酸变异率对重建单子叶植物系统进化关系的影响 | 第68-79页 |
| ·基因功能对单子叶植物系统进化关系的影响 | 第69-72页 |
| ·基因选择压对重建单子叶植物系统进化关系的影响 | 第72-75页 |
| ·基因总核苷酸变异率对重建单子叶植物系统进化树的影响 | 第75-79页 |
| ·基于叶绿体基因组全基因组序列的单子叶植物系统进化关系 | 第79-86页 |
| ·基于叶绿体基因组63个蛋白编码基因序列的单子叶植物系统进化关系 | 第79-83页 |
| ·相互竞争的拓朴树或系统发育假设检验(SH test)结果 | 第83-86页 |
| 第四章 讨论 | 第86-94页 |
| ·单子叶植物叶绿体基因组的结构与组成 | 第86-89页 |
| ·单子叶植物叶绿体基因组的结构倒位 | 第86-87页 |
| ·单子叶植物叶绿体基因组的组成变异 | 第87-89页 |
| ·基因功能、核苷酸替代率及选择压差异对重建单子叶植物系统进化关系的影响 | 第89-91页 |
| ·基于叶绿体基因组序列的百合目系统进化地位探讨 | 第91-94页 |
| 第五章 总结与展望 | 第94-97页 |
| ·总结 | 第94-96页 |
| ·展望 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-98页 |
| 附录一 | 第98-99页 |
| 附录二 | 第99-101页 |
| 发表论文情况 | 第101-102页 |
| 致谢 | 第102-104页 |
