| 摘要 | 第8-14页 |
| Abstract | 第14-20页 |
| 常用符号说明及缩略词表 | 第21-22页 |
| 第一章 研究背景和立题依据 | 第22-36页 |
| 1.1 细菌的生活方式 | 第22-30页 |
| 1.1.1 附着的生活方式 | 第22-23页 |
| 1.1.2 运动的生活方式 | 第23-30页 |
| 1.2 海洋细菌的生活方式 | 第30-32页 |
| 1.2.1 海洋环境和海洋生物的生活方式 | 第30-31页 |
| 1.2.2 海洋环境和海洋细菌的生活方式 | 第31-32页 |
| 1.3 立题依据与研究内容 | 第32-36页 |
| 1.3.1 立题依据 | 第32-34页 |
| 1.3.2 研究内容 | 第34-36页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第36-64页 |
| 2.1 菌株、质粒、培养基和培养方法 | 第36-40页 |
| 2.1.1 菌株 | 第36-37页 |
| 2.1.2 质粒 | 第37-39页 |
| 2.1.3 培养基 | 第39页 |
| 2.1.4 培养方法 | 第39-40页 |
| 2.2 主要试剂和试剂盒 | 第40-41页 |
| 2.2.1 培养基配制相关试剂 | 第40页 |
| 2.2.2 试剂盒 | 第40-41页 |
| 2.2.3 工具酶 | 第41页 |
| 2.2.4 其它试剂 | 第41页 |
| 2.3 主要耗材和仪器 | 第41-42页 |
| 2.4 菌株Ps.sp.SM9913中基因的敲除 | 第42-49页 |
| 2.4.1 敲除载体的构建 | 第42-46页 |
| 2.4.2 利用敲除载体进行基因敲除 | 第46-49页 |
| 2.5 突变体中被敲除基因的回补 | 第49-51页 |
| 2.5.1 回补载体的构建 | 第49-51页 |
| 2.5.2 利用回补载体进行突变株的回补 | 第51页 |
| 2.6 菌株与黏土颗粒的结合实验 | 第51-53页 |
| 2.7 菌株运动性的检测实验 | 第53-54页 |
| 2.7.1 游动实验 | 第53页 |
| 2.7.2 群涌实验 | 第53-54页 |
| 2.8 群涌菌落边缘的原位观察 | 第54页 |
| 2.9 利用原子力显微镜对极生和侧生鞭毛进行观察 | 第54-55页 |
| 2.9.1 极生鞭毛的观察 | 第54页 |
| 2.9.2 侧生鞭毛的观察 | 第54-55页 |
| 2.10 转录组测序及生物信息学分析 | 第55-56页 |
| 2.10.1 游动状态细胞总RNA的提取 | 第55页 |
| 2.10.2 群涌状态细胞总RNA的提取 | 第55页 |
| 2.10.3 测序和生物信息学分析 | 第55-56页 |
| 2.11 实时荧光定量PCR | 第56-58页 |
| 2.11.1 游动状态和群涌状态细胞总RNA的提取 | 第56页 |
| 2.11.2 RNA样品中基因组DNA的去除和反转录 | 第56页 |
| 2.11.3 标准曲线的制作 | 第56-57页 |
| 2.11.4 同一基因在群涌与游动两种状态中表达水平的比较 | 第57-58页 |
| 2.12 培养基中添加铁离子对Ps.sp.SM9913的群涌运动的影响 | 第58页 |
| 2.13 液体海水LB培养基中总铁离子浓度的测定 | 第58-60页 |
| 2.13.1 试剂的配制 | 第58-59页 |
| 2.13.2 标准曲线的制作 | 第59页 |
| 2.13.3 液体海水LB培养基中铁离子浓度的测定 | 第59-60页 |
| 2.14 培养基中添加铁离子对Ps.sp.SM9913的生长的影响 | 第60页 |
| 2.15 菌株在黏土中运动能力的检测实验 | 第60-61页 |
| 2.16 群涌运动菌落扩张的定量分析 | 第61-62页 |
| 2.17 基因组分析和生物信息学分析方法 | 第62-64页 |
| 2.17.1 鞭毛基因簇中基因的比对分析和鞭毛基因簇图谱的绘制 | 第62页 |
| 2.17.2 Pseudoalteromonas和shewanella两属中菌株鞭毛系统个数的统计 | 第62页 |
| 2.17.3 在线网站 | 第62-63页 |
| 2.17.4 软件 | 第63-64页 |
| 第三章 实验结果和分析讨论 | 第64-118页 |
| 3.1 底栖细菌Pseudoalteromonas.sp.SM9913颗粒附着的生活方式及其遗传机制 | 第64-68页 |
| 3.1.1 引言 | 第64页 |
| 3.1.2 Ps.sp.SM9913颗粒附着的生活方式 | 第64-66页 |
| 3.1.3 菌株Ps.sp.SM9913颗粒附着的生活方式的遗传机制 | 第66-67页 |
| 3.1.4 讨论 | 第67-68页 |
| 3.2 底栖细菌Ps.sp.SM9913的运动性及其遗传基础 | 第68-90页 |
| 3.2.1 引言 | 第68-69页 |
| 3.2.2 Ps.sp.SM9913的两套鞭毛基因系统的分析 | 第69-70页 |
| 3.2.3 Ps.sp.SM9913的游动和群涌运动的表征 | 第70-73页 |
| 3.2.4 Ps.sp.SM9913的游动和群涌运动的遗传基础 | 第73-87页 |
| 3.2.5 讨论 | 第87-90页 |
| 3.3 Ps.sp.SM9913两种运动方式的调控 | 第90-110页 |
| 3.3.1 游动和群涌运动的比较转录组学分析 | 第90-103页 |
| 3.3.2 胞外多糖对群涌运动的调控作用 | 第103-110页 |
| 3.4 底栖细菌Ps.sp.SM9913在深海沉积物中运动生活方式的模拟研究 | 第110-116页 |
| 3.4.1 引言 | 第110页 |
| 3.4.2 Ps.sp.SM9913在黏土中运动性的研究 | 第110-111页 |
| 3.4.3 Ps.sp.SM9913在黏土中运动的遗传基础 | 第111-112页 |
| 3.4.4 Pseudoalteromonas和shewanella属海洋细菌中鞭毛系统个数的分析 | 第112-113页 |
| 3.4.5 讨论 | 第113-116页 |
| 3.5 菌株SM9913底栖生活方式模型的提出 | 第116-118页 |
| 全文总结与展望 | 第118-121页 |
| 一、本论文取得的创新性结果 | 第118-119页 |
| 二、本论文的不足与下一步研究展望 | 第119-121页 |
| 参考文献 | 第121-128页 |
| 在读期间论文发表情况 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129-131页 |
| 附件 | 第131页 |
