| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第19-43页 |
| 1.1 结直肠与环境 | 第19-20页 |
| 1.1.1 CRC与环境 | 第19-20页 |
| 1.1.2 CRC与微环境 | 第20页 |
| 1.1.3 环境因素与CRC预防 | 第20页 |
| 1.2 CRC主要靶向基因 | 第20-25页 |
| 1.2.1 KRAS基因的结构与功能 | 第21-22页 |
| 1.2.2 KRAS基因突变与CRC的靶向治疗 | 第22-23页 |
| 1.2.3 BRAF基因的结构与功能 | 第23-24页 |
| 1.2.4 BRAF基因突变与CRC的靶向治疗 | 第24页 |
| 1.2.5 PIK3CA基因的结构与功能 | 第24-25页 |
| 1.2.6 PIK3CA基因突变与CRC的靶向治疗 | 第25页 |
| 1.3 mtDNA D-loop区突变与肿瘤关系 | 第25-29页 |
| 1.3.1 线粒体 | 第26页 |
| 1.3.2 mtDNA D-loop区的结构特点与损伤机制 | 第26-27页 |
| 1.3.3 mtDNA受损的致癌机制 | 第27页 |
| 1.3.4 mtDNA D-loop区突变与肿瘤 | 第27-29页 |
| 1.4 肿瘤异质性 | 第29-41页 |
| 1.4.1 肿瘤异质性的产生 | 第30-34页 |
| 1.4.2 原发灶与转移灶之间的异质性 | 第34-35页 |
| 1.4.3 肿瘤异质性的临床意义 | 第35-37页 |
| 1.4.4 肿瘤异质性与测序技术 | 第37-40页 |
| 1.4.5 肿瘤异质性的研究方向 | 第40-41页 |
| 1.5 本论文研究的目的、意义和创新点 | 第41-43页 |
| 1.5.1 本论文研究的目的和意义 | 第41-42页 |
| 1.5.2 本论文的创新点 | 第42-43页 |
| 第二章 高通量测序分析CRC瘤内基因突变的异质性 | 第43-69页 |
| 2.1 材料 | 第43-47页 |
| 2.1.1 样本 | 第43-45页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第45页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第45-46页 |
| 2.1.4 主要软件和数据库 | 第46-47页 |
| 2.2 方法 | 第47-54页 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 | 第47-48页 |
| 2.2.2 凝胶电泳检测DNA | 第48页 |
| 2.2.3 NanoDrop 2000分光光度计和Qubit质控 | 第48-49页 |
| 2.2.4 测序样本要求 | 第49页 |
| 2.2.5 测序基本流程 | 第49-53页 |
| 2.2.6 NGS数据处理和分析 | 第53-54页 |
| 2.2.7 数据统计分析 | 第54页 |
| 2.3 结果 | 第54-64页 |
| 2.3.1 CRC部分样本病理检测结果 | 第54-55页 |
| 2.3.2 基因组DNA的提取 | 第55-56页 |
| 2.3.3 质量控制 | 第56-58页 |
| 2.3.4 数据分析情况 | 第58-64页 |
| 2.4 讨论 | 第64-66页 |
| 2.5 本章小结 | 第66-69页 |
| 第三章 CRC中KRAS基因突变的研究 | 第69-87页 |
| 3.1 材料 | 第69-78页 |
| 3.1.1 样本 | 第69-76页 |
| 3.1.2 主要仪器 | 第76-77页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第77-78页 |
| 3.2 方法 | 第78-80页 |
| 3.2.1 DNA的提取、浓度检测 | 第78页 |
| 3.2.2 PCR扩增 | 第78-79页 |
| 3.2.3 琼脂糖电泳检测PCR扩增产物 | 第79页 |
| 3.2.4 PCR扩增产物纯化 | 第79-80页 |
| 3.2.5 数据统计分析 | 第80页 |
| 3.3 结果 | 第80-83页 |
| 3.3.1 KRAS基因的第12、13密码子突变与患者临床特征之间的关系 | 第80-82页 |
| 3.3.2 原发性CRC中KRAS基因的第12、13密码子突变情况 | 第82-83页 |
| 3.4 讨论 | 第83-85页 |
| 3.5 本章小结 | 第85-87页 |
| 第四章 KRAS、BRAF、PIK3CA基因在CRC原发灶和肝转移灶瘤内异质性的研究 | 第87-107页 |
| 4.1 材料 | 第87-91页 |
| 4.1.1 样本 | 第87-88页 |
| 4.1.2 主要仪器和试剂 | 第88-90页 |
| 4.1.3 主要软件和数据库 | 第90-91页 |
| 4.2 方法 | 第91-94页 |
| 4.2.1 基因组DNA的提取、DNA浓度标化 | 第91页 |
| 4.2.2 PCR扩增 | 第91-92页 |
| 4.2.3 KRAS基因第2外显子PCR扩增 | 第92页 |
| 4.2.4 BRAF基因第15外显子PCR扩增 | 第92-93页 |
| 4.2.5 PIK3CA基因第9外显子PCR扩增 | 第93页 |
| 4.2.6 PCR扩增、纯化 | 第93-94页 |
| 4.2.7 数据统计分析 | 第94页 |
| 4.3 结果 | 第94-102页 |
| 4.3.1 临床病理检测结果 | 第94-95页 |
| 4.3.2 基因组DNA提取结果 | 第95-96页 |
| 4.3.3 DNA浓度检测结果 | 第96页 |
| 4.3.4 PCR产物扩增结果 | 第96-97页 |
| 4.3.5 KRAS基因第2外显子突变与病人临床特征之间的关系 | 第97-98页 |
| 4.3.6 CRC中KRAS基因第2外显子突变与异质性 | 第98-100页 |
| 4.3.7 CRC中PIK3CA基因第9外显子突变与异质性 | 第100-101页 |
| 4.3.8 CRC中BRAF基因第15外显子突变 | 第101页 |
| 4.3.9 KRAS、BRAF、PIK3CA基因同时突变 | 第101-102页 |
| 4.3.10 相应肝转移灶中KRAS、BRAF、PIK3CA基因突变情况 | 第102页 |
| 4.4 讨论 | 第102-106页 |
| 4.5 本章小结 | 第106-107页 |
| 第五章 CRC患者mtDNA D-loop区突变异质性 | 第107-123页 |
| 5.1 材料 | 第108页 |
| 5.2 方法 | 第108-111页 |
| 5.2.1 基因组DNA的提取、DNA浓度标化 | 第108页 |
| 5.2.2 PCR扩增引物序列、反应体系和条件 | 第108-109页 |
| 5.2.3 目的片段的回收 | 第109-110页 |
| 5.2.4 mtDNA D-loop区序列的测定 | 第110页 |
| 5.2.5 数据质量控制 | 第110-111页 |
| 5.2.6 数据统计 | 第111页 |
| 5.3 结果 | 第111-120页 |
| 5.3.1 mtDNA D-loop区扩增电泳图 | 第111页 |
| 5.3.2 mtDNA D-loop区测序结果 | 第111-112页 |
| 5.3.3 云南地区CRC患者mtDNA D-loop区突变信息 | 第112-115页 |
| 5.3.4 mtDNA D-loop区突变异质性 | 第115-120页 |
| 5.4 讨论 | 第120-122页 |
| 5.5 本章小结 | 第122-123页 |
| 第六章 总结 | 第123-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
| 参考文献 | 第127-147页 |
| 附录A 攻读学位期间的研究成果 | 第147-148页 |
| 附录B OncoGxOneTM Plus Cancer panel检测的基因目录(329) | 第148-150页 |
| 附录C 部分标本基因组DNA的浓度和OD比值 | 第150-154页 |
| 附录D 氨基酸中英文对照及缩写表 | 第154页 |
