| 缩略词 | 第7-8页 |
| 摘要 | 第8-9页 |
| ABSTRACT | 第9页 |
| 第一章 间充质干细胞与肿瘤 | 第10-15页 |
| 1.1 MSCs的生物学特性 | 第10-11页 |
| 1.2 间充质干细胞与肿瘤微环境 | 第11-13页 |
| 1.2.1 MSCs可以向肿瘤归巢 | 第11-12页 |
| 1.2.2 MSCs归巢至肿瘤后的命运 | 第12-13页 |
| 1.3 MSCs应用于肿瘤治疗的潜能 | 第13-15页 |
| 第二章 肝癌HepG2细胞系RNA样本制备及转录组测序 | 第15-26页 |
| 2.1 实验材料 | 第16-17页 |
| 2.1.1 细胞材料 | 第16页 |
| 2.1.2 试剂与药品 | 第16页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第16-17页 |
| 2.2 实验方法 | 第17-23页 |
| 2.2.1 细胞培养液配置 | 第17页 |
| 2.2.2 肝癌细胞系HepG2和UC-MSCs细胞培养 | 第17-20页 |
| 2.2.2.1 HepG2细胞复苏 | 第17页 |
| 2.2.2.2 UC-MSCs细胞复苏并传代 | 第17-18页 |
| 2.2.2.3 HepG2细胞传代并铺板 | 第18页 |
| 2.2.2.4 用UC-MSC上清处理HepG2细胞 | 第18页 |
| 2.2.2.5 RNA的提取 | 第18-19页 |
| 2.2.2.6 RNA纯化(去除总RNA中残留基因组DNA) | 第19-20页 |
| 2.2.3 RNA样本的质量检测 | 第20页 |
| 2.2.3.1 微量紫外分光光度计检测 | 第20页 |
| 2.2.3.2 Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer检测 | 第20页 |
| 2.2.4 转录组测序文库制备 | 第20-22页 |
| 2.2.5 转录组测序 | 第22-23页 |
| 2.3 转录组测序技术路线 | 第23页 |
| 2.4 结果与分析 | 第23-25页 |
| 2.4.1 HepG2 RNA样本质量分析结果 | 第23-25页 |
| 2.4.1.1 微量紫外分光光度计检测结果 | 第23页 |
| 2.4.1.2 Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer检测结果 | 第23-25页 |
| 2.4.2 HepG2转录组测序数据输出 | 第25页 |
| 2.5 讨论 | 第25-26页 |
| 第三章 HepG2转录组注释及全局分析 | 第26-55页 |
| 3.1 实验材料 | 第26-27页 |
| 3.1.1 HepG2转录组数据 | 第26页 |
| 3.1.2 试剂与药品 | 第26页 |
| 3.1.3 主要仪器设备 | 第26-27页 |
| 3.2 实验方法 | 第27-31页 |
| 3.2.1 转录组数据与基因组比对 | 第27页 |
| 3.2.2 基因差异表达分析 | 第27页 |
| 3.2.3 GO功能显著性富集分析 | 第27-28页 |
| 3.2.4 Pathway显著性富集分析 | 第28页 |
| 3.2.5 基因结构优化及新转录本预测及注释 | 第28页 |
| 3.2.6 可变剪接分析 | 第28-29页 |
| 3.2.7 SNP分析 | 第29-30页 |
| 3.2.8 基因融合 | 第30页 |
| 3.2.9 qRT-PCR验证 | 第30-31页 |
| 3.2.9.1 RNA纯化(去除基因组DNA) | 第30-31页 |
| 3.2.9.2 反转录反应 | 第31页 |
| 3.2.9.3 qRT-PCR实验操作 | 第31页 |
| 3.3 实验结果 | 第31-53页 |
| 3.3.1 转录组数据与基因组比对结果 | 第31-32页 |
| 3.3.2 差异表达基因统计 | 第32-34页 |
| 3.3.3 差异表达基因的GO功能注释结果 | 第34-40页 |
| 3.3.4 差异表达基因的Pathway功能注释结果 | 第40-46页 |
| 3.3.5 基因结构优化结果 | 第46-52页 |
| 3.3.5.1 新转录本预测和注释结果 | 第46页 |
| 3.3.5.2 可变剪接事件统计 | 第46-47页 |
| 3.3.5.3 SNP分析结果 | 第47-49页 |
| 3.3.5.4 基因融合事件统计 | 第49-52页 |
| 3.3.6 qRT-PCR实验验证结果 | 第52-53页 |
| 3.4 讨论 | 第53-54页 |
| 3.5 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-63页 |
| 附录 | 第63-75页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第75-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
