| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 前言 | 第9-42页 |
| 1 | 第12-23页 |
| 1.1 香猪研究现状 | 第12-13页 |
| 1.2 猪繁殖性状的QTL研究进展 | 第13-17页 |
| 1.3 猪繁殖性状候选基因 | 第17-19页 |
| 1.4 分子标记（Molecular marker） | 第19-21页 |
| 1.5 猪基因组高密度SNP芯片 | 第21-23页 |
| 2 全基因组关联分析（GWAS） | 第23-33页 |
| 2.1 GWAS研究的条件及一般步骤 | 第23-24页 |
| 2.2 GWAS试验设计 | 第24-26页 |
| 2.3 GWAS分析统计模型 | 第26页 |
| 2.4 数据质量控制 | 第26-27页 |
| 2.5 GWAS结果多重检验校正 | 第27-28页 |
| 2.6 群体分层问题 | 第28-29页 |
| 2.7 GWAS研究进展 | 第29-33页 |
| 3 拷贝数变异（Copy Number Variation, CNV） | 第33-41页 |
| 3.1 CNV的形成的机理 | 第34-36页 |
| 3.2 CNV的作用机理 | 第36-37页 |
| 3.3 CNV的检测方法 | 第37-39页 |
| 3.4 CNV分析的算法和软件 | 第39-40页 |
| 3.5 CNVs的研究进展 | 第40-41页 |
| 4 研究的目的意义 | 第41-42页 |
| 第二章 材料与方法 | 第42-75页 |
| 1 材料、试剂、仪器 | 第42-46页 |
| 1.1 实验动物 | 第42页 |
| 1.2 分型芯片 | 第42页 |
| 1.3 常用试剂 | 第42-43页 |
| 1.4 试剂盒 | 第43页 |
| 1.5 实验仪器 | 第43-44页 |
| 1.6 常用试剂的配制 | 第44-46页 |
| 2 实验方法 | 第46-74页 |
| 2.1 样本采集 | 第46-47页 |
| 2.2 基因组的提取 | 第47-48页 |
| 2.3 样本纯合度检测 | 第48-49页 |
| 2.4 全基因组关联分析 | 第49-55页 |
| 2.5 全基因组拷贝数变异检测 | 第55-67页 |
| 2.6 关联基因克隆 | 第67-74页 |
| 3 研究中所用到的软件及数据库 | 第74-75页 |
| 第三章 研究结果 | 第75-115页 |
| 1 基因分型 | 第75-79页 |
| 1.1 基因组提取 | 第75页 |
| 1.2 个体纯合度检测 | 第75页 |
| 1.3 Illumina Porcine SNP 60K芯片分型 | 第75-77页 |
| 1.4 群体结构分析 | 第77-79页 |
| 2 香猪产仔数性状全基因组关联分析 | 第79-94页 |
| 2.1 数据质量控制 | 第79-81页 |
| 2.2 全基因组关联分析 | 第81-84页 |
| 2.3 群体分层评估 | 第84-85页 |
| 2.4 显著关联SNPs的基因注释 | 第85-93页 |
| 2.5 显著关联SNP位点验证 | 第93-94页 |
| 3 全基因组拷贝数变异检测 | 第94-115页 |
| 3.1 全基因组CNVs检测 | 第94-101页 |
| 3.2 基因及功能注释 | 第101-103页 |
| 3.3 与其它研究的比较 | 第103-104页 |
| 3.4 香猪和柯乐猪种之间CNVRs的差异 | 第104-106页 |
| 3.5 CNVRs在香猪群体间的差异 | 第106-109页 |
| 3.6 qPCR验证 | 第109-110页 |
| 3.7 香猪ADAMTS-1 基因克隆及多态性分析 | 第110-112页 |
| 3.8 香猪ADAMTS-1 遗传效应分析 | 第112-113页 |
| 3.9 香猪ADAMTS-1 拷贝数变异 | 第113-115页 |
| 第四章 讨论 | 第115-132页 |
| 1 群体结构 | 第115页 |
| 2 GWAS | 第115-123页 |
| 2.1 表型值的选择 | 第115-116页 |
| 2.2 统计模型及群体分层 | 第116页 |
| 2.3 GWAS结果 | 第116-118页 |
| 2.4 关联SNP位点的群体验证 | 第118-119页 |
| 2.5 重要候选基因 | 第119-123页 |
| 3 CNV检测 | 第123-132页 |
| 3.1 CNV检测 | 第123-124页 |
| 3.2 qPCR验证 | 第124-125页 |
| 3.3 香猪与柯乐猪CNV的差异 | 第125页 |
| 3.4 香猪高产群与低产群之间的差异 | 第125-126页 |
| 3.5 生物信息学及重要候选基因 | 第126-128页 |
| 3.6 候选基因ADAMTS-1 群体验证 | 第128-132页 |
| 第五章 全文结论 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-149页 |
| 致谢 | 第149-151页 |
| 附录 | 第151-152页 |
| 图版 | 第152-153页 |
| 附表 | 第153-159页 |
