| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| LIST OF ABBREVIATION | 第14-18页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第18-36页 |
| 1.1 BACKGROUND | 第18页 |
| 1.2 RICE | 第18-19页 |
| 1.3 RICE PRODUCTION AND CONSUMPTION | 第19页 |
| 1.4 RICE PRODUCTION AND SALINITY STRESS | 第19-24页 |
| 1.4.1 Effect of salinity at germination stage | 第22页 |
| 1.4.2 Effect of salinity at seedling stage | 第22页 |
| 1.4.3 Effects of salt on morphological parameters of rice | 第22-23页 |
| 1.4.4 Effects of salt on physiological parameters of rice | 第23页 |
| 1.4.5 Mechanism of salt tolerance | 第23-24页 |
| 1.4.6 Molecular achievements in Rice | 第24页 |
| 1.5 GENETIC MARKERS | 第24-26页 |
| 1.5.1 Single Nucleotide Polymorphism (SNP) | 第24-25页 |
| 1.5.2 High density SNP markers | 第25-26页 |
| 1.6 QUANTITATIVE TRAITS LOCI (QTL) | 第26页 |
| 1.7 GENETIC MAPPING FOR QTL | 第26-30页 |
| 1.7.1 Linkage Mapping | 第27-28页 |
| 1.7.2 Linkage mapping for salt tolerance QTL in rice genome | 第28-29页 |
| 1.7.3 Marker Assisted Breeding and cloned gene for salinity tolerance | 第29-30页 |
| 1.8 ASSOCIATION MAPPING (AM) | 第30-34页 |
| 1.8.1 Genome-wide association mapping | 第30-31页 |
| 1.8.2 Association mapping for salt tolerance QTL in rice genome | 第31-32页 |
| 1.8.3 Candidate gene identification | 第32-33页 |
| 1.8.4 Haplotype analysis | 第33-34页 |
| 1.9 AIMS AND PURPOSE OF THE STUDY | 第34页 |
| 1.10 SIGNIFICANCE OF THE STUDY | 第34页 |
| 1.11 RESEARCH TARGETS | 第34页 |
| 1.12 CONTENTS | 第34-36页 |
| CHAPTER 2 QTL MAPPING AND CANDIDATE GENE IDENTIFICATION FOR SALINITY TOLERANCE IN RICE USINGGENOME-WIDE ASSOCIATION APPROACH | 第36-60页 |
| 2.1 SUMMARY | 第36-37页 |
| 2.2 INTRODUCTION | 第37-39页 |
| 2.3 MATERIALS AND METHODS | 第39-42页 |
| 2.3.1 Germplasms | 第39页 |
| 2.3.2 Evaluation of salt tolerance at germination stage | 第39页 |
| 2.3.3 Evaluation of salt tolerance at seedling stage | 第39-40页 |
| 2.3.4 Measurement of Na+ and K+ concentrations | 第40-41页 |
| 2.3.5 Genotyping dataset | 第41页 |
| 2.3.6 Data analysis | 第41页 |
| 2.3.7 QTL mapping | 第41-42页 |
| 2.3.8 Candidate gene identification | 第42页 |
| 2.4 RESULT | 第42-51页 |
| 2.4.1 Phenotype variation and traits correlations | 第42-44页 |
| 2.4.2 SNP markers | 第44-45页 |
| 2.4.3 Population structure | 第45-46页 |
| 2.4.4 Genetic similarity analysis | 第46页 |
| 2.4.5 QTL for germination stage salt tolerance (ST) | 第46页 |
| 2.4.6 QTL for seedling stage ST | 第46-48页 |
| 2.4.7 Candidate Genes for Important QTL | 第48-51页 |
| 2.5 DISCUSSION | 第51-58页 |
| 2.5.1 Relationship of salt tolerance between germination and seedling stages | 第51-53页 |
| 2.5.2 Comparison of present QTL with previously reported QTL and cloned genes | 第53-55页 |
| 2.5.3 Candidate gene identification for the important salt tolerance QTL | 第55-58页 |
| 2.5.4 Limitations of GWAS and Gene-Based Association Analysis | 第58页 |
| 2.5.5 Benefits and application of the study in Rice Breeding | 第58页 |
| 2.6 CONCLUSION | 第58-60页 |
| CHAPTER 3 IDENTIFICATIONS OF SALT TOLERANT QTL AT GERMINATION AND SEEDLING STAGE USING (INDICA XJAPONICA) RILS POPULATION | 第60-75页 |
| 3.1 SUMMARY | 第60-61页 |
| 3.2 INTRODUCTION | 第61-63页 |
| 3.2.1 QTL Mapping | 第61-62页 |
| 3.2.2 QTL Mapping for salt tolerance | 第62-63页 |
| 3.3 MATERIALS AND METHODS | 第63-65页 |
| 3.3.1 Germplasms | 第63页 |
| 3.3.2 Screening under salt condition at germination stage | 第63-64页 |
| 3.3.3 Screening under salt condition at seedling stage | 第64页 |
| 3.3.4 Genotyping and data analysis | 第64-65页 |
| 3.3.5 Data analysis | 第65页 |
| 3.4 RESULTS | 第65-73页 |
| 3.4.1 Phenotypic and trait evaluation | 第65-67页 |
| 3.4.2 Pearsons‘s correlation analysis | 第67-69页 |
| 3.4.3 Significant QTL | 第69页 |
| 3.4.4 Graphical genotyping and analysis | 第69-73页 |
| 3.5 DISCUSSION | 第73-75页 |
| 3.5.1 Relationship of salt tolerance between germination and seedling stages | 第73页 |
| 3.5.2 Comparison of identified ST QTL with GWAS and earlier studies | 第73-74页 |
| 3.5.3 Graphical genotyping and analysis | 第74-75页 |
| CHAPTER 4 CONCLUSION | 第75-76页 |
| REFERENCES | 第76-91页 |
| APPENDICES | 第91-98页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第98-99页 |
| RESUME | 第99-100页 |
